IV108 Bioinformatika II

6. týden - Struktura DNA/RNA dle sekvence, Tm metodou NN, Nussinové algoritmus, mfold - 23. 10. 2024

Ukol 7 (1b)
Je dana sekvencia RNA GCAGCACCCAAAGGGAAUAUGGGAUACGCGUA.
Vytvorte predpovede sekundarnej struktury pomocou algoritmu 
Nussinovej (Okrem vlastneho kodu, mozete pouzit existujuce 
implementacie a prisposobit ich tejto ulohe. Napr. 
https://github.com/cgoliver/Nussinov alebo 
https://ad-publications.cs.uni-freiburg.de/student-projects/rna-google/.
Ukol 8 (1b)
Porovnajte predpovedane struktury, pripadne struktury ziskane 
online (napr. https://rna.informatik.uni-freiburg.de/Teaching/index.jsp?toolName=Nussinov) 
so strukturou, ktoru ziskate pomocou programu Vienna RNA package, mfold alebo Unafold