IV108 Bioinformatika II

8.týden - Moderní algoritmy na sekvencích (suffixové stromy, minimizéry, deBruijnovy grafy) 6. 11. 2024

Uloha 9 (2b)

+ bonus 1b za vlastni implemetaci SA, LCP a RA.

Sestrojte suffixove pole pro retezec:

 "ACGATGAAATGCCGCATCTGATAGCATCGATGACATCGAAGCGACTTTTAGGGGATAAAAGATCA"

jakoz i podpurne pole "rank array" a "lcp (height) array". Odevzdejte jako tabulku s 3 sloupci cisel + zdrojovy kod (ve Vam blizkem jazyce, spustitelny na beznem fakultnim stroji). Popiste slovne kroky ktere by mohl obsahovat vyhledavaci algoritmus zalozen na techto datovych strukturach pri vyhledavani vsech vyskytu podretezce "GAT" v zadanem retezci.