IV108 Bioinformatika II

4.týden - Pymol - 9. 10. 2024

Pouzivame pymol na biolinux.fi.muni.cz ke kteremu ted mate pristup. Alternativne si lze nainstalovat vlastni kopii nebo spustit vzdaleny stroj na https://www.onworks.net/programs/pymol-online

SEZNAMENI S PYMOL

  • nacteni z PDB
  • pohyb modelom a kolem modelu
  • reprezentacie molekul (lines, cartoon, sticks,...)
    • atomy a vazby
    • farby
    • znacky (labels)
  • reprezentacie molekul (lines, cartoon, sticks,...)
  • menu (hore, vpravo)
  • skripty (Pymol a Python)
Chyba: Odkazovaný objekt neexistuje nebo nemáte právo jej číst.
https://is.muni.cz/el/fi/podzim2024/IV108/um/IV108-03-lab.txt
UKOL 5 (1b)

Napište skript v Pymolu a obdobný program v Pythonu (s využitím API do Pymolu), které spočítají a barevně vyznačí atomy dusíka na postranních řetězcích všech aminokyselin. Odevzdejte obrázek a zdrojový kód.