Systém finanční kontroly v České republice je upraven :

Zákonem č. 320/2001 Sb., o finanční kontrole ve veřejné správě a o změně některých zákonů (zákon o finanční kontrole), ve znění pozdějších předpisů.

Vyhláškou č. 416/2004 Sb., kterou se provádí zákon č. 320/2001 Sb., o finanční kontrole ve veřejné správě a o změně některých zákonů (zákon o finanční kontrole), ve znění pozdějších předpisů. Vyhláška zahrnuje nezbytnou právní regulaci kontrolních postupů v oblasti řízení veřejných financí a správy veřejných prostředků s využitím dosavadních nejlepších mezinárodních zkušenosti.

Finanční kontrola má za cíl zajistit finanční řízení a nakládání s veřejnými prostředky tak, aby byly vynaloženy hospodárně, účelně a efektivně. Tím slouží k ochraně veřejných prostředků před zneužitím. Systém se skládá ze tří podsystémů:

• veřejnosprávní kontrola - finanční kontrola skutečností rozhodných pro hospodaření s veřejnými prostředky, zejména při vynakládání veřejných výdajů včetně veřejné finanční podpory u kontrolovaných osob, a to před jejich poskytnutím, v průběhu jejich použití a následně po jejich použití;
• vnitřní kontrolní systém - probíhá uvnitř každé organizace veřejné správy jako integrální součást jejího řízení. Skládá se z řídících kontrolních mechanismů a interního auditu;
• systém finanční kontroly vykonávané podle mezinárodních smluv - systém zahrnuje finanční kontrolu zahraničních prostředků vykonávanou mezinárodními organizacemi podle vyhlášených mezinárodních smluv, kterými je Česká republika vázána.

Systém finanční kontroly dopadá na celou veřejnou správu, tedy nejen na výkon státní správy ale i na výkon samosprávy. Obce a kraje mají v tomto systému obdobné povinnosti jako ministerstva.  

VEŘEJNOSPRÁVNÍ KONTROLA

Veřejnosprávní kontrolu vykonávají Ministerstvo financí, správci kapitol veřejného rozpočtu a územní samosprávné celky u podřízených organizací a také u žadatelů a příjemců veřejné finanční podpory.

Ministerstvo financí dále vykonává veřejnosprávní kontrolu u:

• organizačních složek státu,
• státních fondů,
• Regionálních rad regionů soudržnosti,
• ostatních státních organizací,
• poskytovatelů veřejné finanční podpory, s výjimkou územních samosprávných celků,
• žadatelů o veřejnou finanční podporu a u příjemců této podpory,
• právnických a fyzických osob, které jsou napojeny do systému řízení nebo využívání prostředků Evropské unie.

Předmětem veřejnosprávní kontroly je kontrola skutečností, které jsou rozhodující pro hospodaření s veřejnými prostředky, zejména při vynakládání veřejných výdajů včetně veřejné finanční podpory u žadatelů a příjemců veřejné finanční podpory. Do systému veřejnosprávní kontroly spadá i výkon auditu podle přímo použitelných předpisů Evropské unie v odpovědnosti Auditního orgánu.

Podle zákona č. 250/2000 Sb., o rozpočtových pravidlech územních rozpočtů, ve znění pozdějších předpisů, ÚSC a dobrovolné svazky obcí vykonávají kontrolu svého hospodaření podle zvláštního právního předpisu upravujícího finanční kontrolu ve veřejné správě a kontrolu hospodaření jimi zřízených nebo založených právnických osob po celý rozpočtový rok. V případě prostředků poskytovaných v režimu zákona č. 250/2000 Sb., o rozpočtových pravidlech územních rozpočtů, ve znění pozdějších předpisů, posuzování porušení rozpočtové kázně přísluší orgánům územních samosprávných celků, resp. regionálních rad.
Proces výkonu veřejnosprávní kontroly se řídí kontrolním řádem, pokud zákon o finanční kontrole nestanoví odlišnou úpravu.

VNITŘNÍ KONTROLNÍ SYSTÉM

Vnitřní kontrolní systém probíhá uvnitř každé organizace veřejné správy jako integrální součást jejího řízení. Vnitřní kontrolní systém se skládá z řídicích a kontrolních mechanismů a interního auditu.

Řídicím a kontrolním mechanismem se rozumí jakékoli opatření nebo postup přijatý za účelem poskytnutí přiměřeného ujištění, že rizika související zejména s hospodařením s veřejnými prostředky jsou ošetřena. Řídicím a kontrolním mechanismem tak může být např. řízení rizik, procesy řídicí kontroly, nastavení podpisových oprávnění, opatření organizační povahy nebo reporting. S ohledem na skutečnost, že proces realizace příjmových a výdajových operací je z hlediska kontroly veřejných prostředků jedním z nejrizikovějších, zákon o finanční kontrole a jeho prováděcí vyhláška č. 416/2004 Sb., stanoví přesná pravidla schvalování výdajových a příjmových operací – řídicí kontrolu.

Řídicí kontrola je součástí vnitřního řízení orgánu veřejné správy, které počíná přípravou operací před schválením, pokračuje průběžným sledováním daných operací a končí vypořádáním a vyúčtováním. Následně dochází k ověřování těchto operací, jež se hodnotí s již dosaženými výsledky. Účelem řídící kontroly je, aby subjekty mající pravomoc rozhodovat, měly dostupné informace potřebné k učinění kvalifikovaného rozhodnutí. Řídicí kontrola probíhá u všech příjmových a výdajových operací. Za její nastavení je odpovědný vedoucí orgánu veřejné správy (ten, kdo stojí v čele organizace) a je zajišťována odpovědnými vedoucími zaměstnanci. Na procesu schvalování se vedoucí orgánu veřejné správy již přímo podílet nemusí.

Řídící kontrola sestává ze tří fází, a sice kontroly předběžné (kontrola plánovaných a připravovaných operací), průběžné a následné (zajišťována uvnitř orgánu veřejné správy vedoucími zaměstnanci organizačních útvarů nebo pověřenými zaměstnanci k hospodaření s veřejnými prostředky; cílem je eliminace nehospodárného nakládání s těmito prostředky či protiprávního jednání; vedoucí zaměstnanci pak mají povinnost učinit opatření k nápravě těchto nedostatků).

Schvalování operací (předběžná řídicí kontrola) je v odpovědnosti osob, které zákon o finanční kontrole označuje jako příkazce operace, správce rozpočtu a hlavní účetní. Aby byla zachována zásada, že operace nebude pod kontrolou jediné osoby, zákon o finanční kontrole stanoví, že výkon funkce příkazce operace je neslučitelný s výkonem funkce správce rozpočtu nebo hlavního účetního. Zákon o finanční kontrole klade důraz zejména na předběžnou řídicí kontrolu, která má dvě fáze: předběžná kontrola před vznikem nároku na příjem resp. před vznikem závazku a předběžná kontrola po vzniku nároku na příjem, resp. po vzniku závazku, a to v souladu s jeho prováděcí vyhláškou č. 416/2004 Sb.

Interní audit je nezávislé a objektivní přezkoumávání a vyhodnocování operací vnitřního kontrolního systému orgánu veřejné správy, které zjišťuje, zda jsou dodržovány právní předpisy, přijatá opatření a stanovené postupy v činnosti orgánů veřejné správy, zda rizika vztahující se k činnosti orgánů veřejné správy jsou včas rozpoznána a zda jsou přijímána odpovídající opatření k jejich vyloučení nebo zmírnění a zda jsou plněna provozní a finanční kritéria. Zajišťuje se funkčně nezávislým útvarem, popřípadě k tomu pověřeným zaměstnancem, který je organizačně oddělen od vedení organizace a pracuje nezávisle na něm. Tento nezávislý útvar není účasten na řízení organizace a zároveň není odpovědný za případné nedostatky a jde tedy o tzv. decentralizovaný systém. Provádí též dohled nad vnitřním kontrolním systémem, především nad jeho účinností. Interní audit je v souladu se zákonem o finanční kontrole trojího druhu: finanční (zjišťuje, zda všechny položky vykázané v účetních či finančních výkazech skutečně ukazují veškerý majetek a současně i jiné zdroje a řádné hospodaření a nakládání s nimi), audit systému (vyhodnocuje příjmy týkající se orgánů veřejné správy, dále zajištění řádné správy a financování veřejných prostředků a vymáhání pohledávek) a audit výkonu (zjišťuje soulad jednotlivých operací s principem hospodárnosti, efektivnosti a účelnosti).

Interní audit není zaveden ve všech organizacích. Podle zákona o finanční kontrole může zřizovatel rozhodnout, že u podřízených organizací bude jeho funkce nahrazena výkonem veřejnosprávní kontroly. Interní audit představuje organizačně oddělené a funkčně nezávislé přezkoumávání a vyhodnocování přiměřenosti a účinnosti řídící kontroly, včetně prověřování správnosti vybraných operací (příjmových, výdajových, majetkových) a nastavení řídicích a kontrolních mechanismů. Jeho účelem je zejména poskytnout ujištění, že

• rizika související s činností organizace a zejména s hospodařením veřejných prostředků jsou řízena a minimalizována,
• zavedený vnitřní kontrolní systém je dostatečně účinný,
• jsou dodržovány právní předpisy.

FINANČNÍ KONTROLA PODLE MEZINÁRODNÍCH SMLUV

Jde o zbytkovou kategorii. Zahrnuje jen kontrolu prováděnou ze strany mezinárodních organizací podle mezinárodních smluv v případě, že tyto mezinárodní organizace poskytují na území České republiky finanční prostředky. Ustanovení mělo význam zejména v době před vstupem do Evropské unie. V současnosti může jít například o kontrolu prováděnou ze strany Severoatlantické aliance. Severoatlantická aliance v rámci svých promočních a výzkumných programů nabízí účastníkům z členských i nečlenských zemí možnosti finanční účasti na akademických projektech, vědecké spolupráci či aktivitách nevládních organizací. Na základě mezinárodních dohod, kterými je Česká republika vázána, musí být těmto mezinárodním organizacím umožněno ověřování nebo poskytnuta spolupráce při prověřování poskytovaných prostředků.