Institut finančního arbitra vznikl v České republice k 1. 1. 2003 na základě zákona č. 229/2002 Sb., o finančním arbitrovi. Jedním ze základních motivů pro zřízení institutu finančního arbitra byla snaha o harmonizaci českého právního řádu s právem Evropské unie v období před přijetím České republiky za členský stát. Požadavek na harmonizaci českého práva s právem komunitárním vyplýval zejména z:

- čl. 10 směrnice Evropského parlamentu a Rady 97/5/ES ze dne 27. 1. 1997, o přeshraničních převodech (zrušena Směrnicí Evropského parlamentu a Rady 2007/64/ES),

- doporučení Evropské komise 98/257/ES ze dne 30. 3. 1998, o principech uplatňovaných pro osoby odpovědné za mimosoudní urovnání spotřebitelských sporů,

- doporučení Evropské komise 2001/310/ES ze dne 4. 4. 2001 o zásadách, jež se týkají mimosoudních orgánů při konsensuálním řešení spotřebitelských sporů,

- Nařízení Evropského parlamentu a Rady (ES) č. 2560/2001 ze dne 19. 12. 2001 o přeshraničních platbách v eurech.

Naplnění shora popsaných požadavků a doporučení předpokládalo přijetí speciálního zákona, tedy zákona o finančním arbitrovi, ohledně mimosoudního rozhodování sporů při převodu peněz podle zákona č. 124/2002 Sb., o převodech peněžních prostředků, elektronických platebních prostředcích a platebních systémech (zákon o platebním styku), s tím, že se spory, které vzniknou mezi převádějícími institucemi a jejich klienty při provádění převodů peněžních prostředků, se mohou klienti obracet na orgán pro řešení sporů působící podle zvláštního právního předpisu. Stejně tak ve sporech, které vznikly mezi vydavateli a držiteli při vydávání a užívání elektronických platebních prostředků, se mohli držitelé začít obracet na orgán pro řešení sporů působící podle zvláštního právního předpisu, tedy finančního arbitra. Právo zákazníka obrátit se na soud tím však nebylo dotčeno.

Přijetím zákona o finančním arbitrovi byl zřízen v českém právním řádu nový specializovaný správní orgán, který je příslušný rozhodovat spory (Viz Rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 19.4. 2007, sp. zn. 11 Ca 116/2007, č.j. 2 Afs 176/2006 - 96.) z hlediska osobního mezi soukromými osobami, z hlediska věcného spory povahy soukromoprávní, z hlediska právní povahy spory mezi zákonem definovanými osobami, kdy rozhoduje o subjektivních soukromých právech. Z hlediska procesních prostředků jde o řízení fakultativní a návrhové, z hlediska postavení finančního arbitra se jedná o rozhodování orgánu veřejné moci (který však není součástí soudního systému České republiky), přičemž předmětem rozhodování jsou individuální práva sporných stran a výsledkem rozhodování je individuální správní akt, který je závazný a nuceně vykonatelný. V souladu s ústavním pořádkem byla ponechána možnost přezkoumání rozhodnutí finančního arbitra (nálezu, rozhodnutí o uložení pokuty) soudem.

Zcela výjimečné postavení finančního arbitra při rozhodování sporů bylo zakotveno ustanovením, že finanční arbitr je smírčím orgánem. Rozhodování sporů spotřebitelů pokud možno smírčím řízením je trend, který je v rámci zemí EU výslovně požadován.

Náklady na činnost finančního arbitra byly od počátku existence finančního arbitra hrazeny z rozpočtu České národní banky. Svoji rozhodovací činnost finanční arbitr zajišťoval pomocí dočasně přidělených zaměstnanců České národní banky, která ve svém rozpočtu vytvořila samostatnou kapitolu „Finanční arbitr“ a měla možnost kontrolovat, prostřednictvím rozpočtu a uzavřené dohody s finančním arbitrem, jeho hospodaření.

V oblasti působnosti finančního arbitra dochází k postupnému odstraňování limitů pro rozhodování sporů a rozšiřování oblastí, v nichž může finanční arbitr rozhodovat. V souvislosti s přijetím nového zákona o platebním styku č. 284/2009 Sb., který byl přijat zejména z důvodu transpozice směrnice Evropského parlamentu a Rady 2007/64/ES o platebních službách na vnitřním trhu, směrnice Evropského parlamentu a Rady 98/26/ES o neodvolatelnosti zúčtování v platebních systémech a v systémech vypořádání obchodů s cennými papíry, byla související novelou zákona o finančním arbitrovi rozšířena pravomoc finančního arbitra v oblasti platebního styku. Od 1. 11. 2009 tak je finanční arbitr příslušný k rozhodování sporů mezi poskytovateli platebních služeb a uživateli platebních služeb při poskytování platebních služeb, nebo vydavateli elektronických peněz a držiteli elektronických peněz při vydávání a zpětné výměně elektronických peněz.  

S účinností od 1. 7. 2011 byla zákonem č. 180/2011 Sb. rozšířena pravomoc finančního arbitra k rozhodování sporů o další oblasti finančního trhu, konkrétně o

- spory mezi věřiteli nebo zprostředkovateli a spotřebiteli při nabízení, poskytování nebo zprostředkování spotřebitelského úvěru,

- spory mezi investičními fondy, investičními společnostmi nebo zahraničními investičními společnostmi a spotřebiteli ze standardních fondů kolektivního investování a speciálních fondů kolektivního investování, které shromažďují peněžní prostředky od veřejnosti.

S účinností od 1. 11. 2013 byla zákonem č. 278/2013 Sb. a zákonem č. 241/2013 Sb. rozšířena pravomoc finančního arbitra k rozhodování sporů mezi

- pojišťovnou nebo pojišťovacím zprostředkovatelem a zájemcem o pojištění, pojistníkem, pojištěným, oprávněnou osobou nebo obmyšleným při nabízení, poskytování nebo zprostředkování životního pojištění,

- provozovatelem směnárenské činnosti a zájemcem o provedení směnárenského obchodu nebo osobou, se kterou byl směnárenský obchod proveden.

S účinností od 1. 2. 2016 byla zákonem č. 378/2015 Sb. rozšířena pravomoc finančního arbitra k rozhodování sporů mezi spotřebitelem a

- i jiného než spotřebitelského úvěru, zápůjčky, či obdobné finanční služby,

- stavební spořitelnou nebo zprostředkovatelem při nabízení, poskytování nebo zprostředkování stavebního spoření,

- obchodníkem s cennými papíry, vázaným zástupcem, obhospodařovatelem investičního fondu nebo zahraničního investičního fondu nebo investičním zprostředkovatelem při poskytování investičních služeb nebo při výkonu činností podle § 11 odst. 1 písm. c) až f) zákona o investičních společnostech a investičních fondech.

Současně k témuž datu došlo k omezení pravomoci finančního arbitra ve všech oblastech (zejm. v oblasti platebního styku) výlučně na řešení spotřebitelských sporů, tedy takových, v nichž je navrhovatelem spotřebitel, tedy člověk, který mimo rámec své podnikatelské činnosti nebo mimo rámec samostatného výkonu svého povolání uzavírá smlouvu s podnikatelem nebo s ním jinak jedná.

Samotný zákon o finančním arbitrovi zakotvil pouze některé prvky procesního práva, ve zbytku odkazuje na (do 31.1.2016 "přiměřené") použití správního řádu. Řízení před finančním arbitrem je tak v důsledku nekomplexní procesní úpravy v zákoně o finančním arbitrovi řízením specifickým.

Financování činnosti finančního arbitra z rozpočtu České národní banky bylo dlouhodobě předmětem opakovaných kritik ze strany Evropské komise a Evropské centrální banky pro hrubý nesoulad s komunitárním právem. Tato kritika se objevila např. v konvergenčních zprávách Evropské komise a Evropské centrální banky za období 2006-2008. Po České republice bylo požadováno změnit stávající právní úpravu a uvést ji do souladu s principem zákazu měnového financování a s požadavkem na zajištění nezávislosti národních centrálních bank.

Vedle rozšíření působnosti finančního arbitra byla s cílem odstranění vytýkaného nedostatku ve financování finančního arbitra s účinností od 1. 7. 2011 zřízena jako organizační složka státu Kancelář finančního arbitra. Kancelář finančního arbitra plní úkoly spojené s odborným, organizačním a technickým zabezpečením činnosti finančního arbitra a je samostatnou účetní jednotkou, jejíž příjmy a výdaje jsou součástí rozpočtové kapitoly ministerstva financí. Finanční arbitr stojí v čele Kanceláře finančního arbitra. S účinností od 1. 7. 2011 jmenuje a odvolává finančního arbitra a jeho zástupce vláda na návrh ministra financí. Finanční arbitr za výkon své funkce odpovídá vládě. Zprávy o své činnosti a nákladech vynaložených na zajištění výkonu činnosti předkládá finanční arbitr jak vládě, tak i Poslanecké sněmovně. 

Pracovní poměr a odměňování arbitra, zástupce arbitra a dalších zaměstnanců v Kanceláři finančního arbitra se řídí zákoníkem práce (do 30. 6. 2011 určovala plat arbitrovi a jeho zástupci Poslanecká sněmovna a pracovníkům institutu finančního arbitra byla mzda stanovena podle standardů České národní banky). Ode dne 1. 7. 2011 stanovuje plat finančnímu arbitrovi a jeho zástupci vláda a zaměstnancům Kanceláře finančního arbitra stanovuje plat finanční arbitr.

Funkci finančního arbitra dosud vykonávali:

- JUDr. Ing. Otakar Schlossberger (2003 – 2008)

- Dr. Ing. František Klufa (2008 – 2011)

- Mgr. Monika Nedelková (2011 - )