Tento druh kontroly je vykonáván především ministerstvy a ostatnímu ústředními orgány státní správy, místní orgány státní správy a dále orgány místní správy, pokud vykonávají státní správy a rovněž i ostatními orgány státní správy, do jejichž působnosti náleží specializovaná kontrola, odborný dozor či inspekce, přičemž tyto orgány označuje základní právní předpis pro tento druh kontroly -  zákon č. 255/2012 Sb., kontrolní řád, ve znění účinném ke dni 30. 11. 2015, za kontrolní orgány. Kontrolní řád se využívá zejména při kontrole činnosti orgánů moci výkonné, orgánů územních samosprávných celků, jiných orgánů, právnických a fyzických osob, včetně kontroly činností právnických osob založených nebo zřízených státem nebo územním samosprávným celkem vykonávané ze strany zakladatele nebo zřizovatele s výjimkou kontroly činnosti těchto právnických osob upravenou předpisy soukromého práva.

Kontrolní řád tedy neupravuje jen postupy v rámci správního dozoru, ale využívá se i při jiných kontrolních činnostech. Předmětem kontroly je hospodaření s finančními prostředky a plnění dalších povinností vyplývající pro kontrolované z obecně závazných právních předpisů.

Samotná kontrola se zahajuje buď předložením pověření, doručením oznámení o zahájení dozoru či kontrolním úkonem bezprostředně předcházejícím předložení pověření. Osoby provádějící kontrolu jsou vybaveny řadou oprávnění, avšak zároveň je jim uložena řada povinností. Především kontrolující mohou vstupovat na pozemky, do staveb a jiných prostor, požadovat prokázání totožnosti, odebírat vzorky, provádět kontrolní nákupy, provádět obrazové a zvukové záznamy, vyžadovat součinnost. Jsou povinni zjistit stav věci v rozsahu nezbytném pro dosažení účelu kontroly a doložit kontrolní zjištění podklady, šetřit práva a oprávněné zájmy, předložit pověření, vyhotovit protokol a zachovávat mlčenlivost.

Na oprávnění a práva kontrolujících osob navazují práva a povinnosti kontrolovaných osob. Mezi ně řadíme právo namítat podjatost, účastnit se kontrolních úkonů na místě, nebrání-li to účelu, seznámit se s obsahem protokolu, podávat námitky proti kontrolním zjištěním v kontrolním protokolu. Kontrolovaní musí umožnit výkon dozoru a výkon kontrolních pravomocí a poskytnout při kontrole součinnost.

Výsledkem kontroly pak je protokol o kontrole. Kontrolní řád stanovuje jako minimální náležitosti označení kontrolního orgánu a kontrolujícího, označení ustanovení zákona vymezujícího pravomoc kontrolního orgánu, označení kontrolované osoby, označení předmětu kontroly, kontrolní úkon, jímž byla kontrola zahájena, datum, poslední kontrolní úkon předcházející vyhotovení protokolu o kontrole, datum, kontrolní zjištění, obsahující zjištěný stav věci s uvedením nedostatků a označení právních předpisů, které byly porušeny, včetně uvedení podkladů, z kterých tato kontrolní zjištění vycházejí, poučení o možnosti podat námitky, datum vyhotovení, podpis kontrolujícího.

Protokol se vyhotovuje ve lhůtě 30 dnů ode dne provedení posledního kontrolního úkonu, případně ve zvláště složitých případech do 60 dnů. Stejnopis protokolu se doručuje kontrolované osobě. Proti obsahu protokolu pak mohou kontrolované osoby podat námitky proti kontrolnímu zjištění uvedenému v protokolu o kontrole, a to do 15 dní od doručení protokolu (může být stanovena lhůta delší) písemně, u kontrolního orgánu. Kontrolovaný musí označit napadená kontrolní zjištění a námitky odůvodnit. Námitky vyřizuje kontrolující, případně vedoucí kontrolní skupiny do 7 dní od doručení, pouze však za situace, kdy námitkám plně vyhoví („autoremudura“), jinak o námitkách rozhoduje nadřízený kontrolujícího, a to do 30 dní. Proti rozhodnutí o námitkách není opravný prostředek přípustný.

Při kontrole výkonu státní správy je kontrolující orgán oprávněn ukládat opatření k odstranění nebo prevenci nedostatků zjištěných kontrolou. Toto opatření je pak uvedeno v protokolu o kontrole. Při dalších kontrolách prováděných v režimu kontrolního řádu kontrolující orgány nemohou ukládat opatření k nápravě a svá zjištění postupují příslušným správním orgánům. Pokud je však kontrolní orgán oprávněn k ukládání opatření k nápravě na základě speciálních právních předpisů, může v takové situaci přímo uložit opatření k nápravě.

zdroj: JEMELKA, Luboš. Zákon o kontrole: komentář. Vyd. 1. V Praze: C.H. Beck, 2014, xxii, 269 s. ISBN 978-80-7400-271-7.

Zákon č. 255/2012 Sb., o kontrole (kontrolní řád)

§ 1 odst. 1

Tento zákon upravuje postup orgánů moci výkonné, orgánů územních samosprávných celků, jiných orgánů a právnických nebo fyzických osob, pokud vykonávají působnost v oblasti veřejné správy (dále jen „kontrolní orgán“), při kontrole činnosti orgánů moci výkonné, orgánů územních samosprávných celků, jiných orgánů, právnických a fyzických osob (dále jen „kontrolovaná osoba“).

§ 1 odst. 2

             Kontrolní orgány postupují podle tohoto zákona rovněž při kontrole výkonu státní správy a dále při kontrole činnosti právnických osob založených nebo zřízených státem nebo územním samosprávným celkem vykonávané ze strany zakladatele nebo zřizovatele, nejde-li o kontrolu činnosti těchto právnických osob upravenou předpisy soukromého práva.

Pozn. Podle kontrolního řádu se při kontrole subsidiárně, pokud složkový předpis neobsahuje zvláštní úpravu.

Zákon č. 251/2005 Sb., o inspekci práce

§ 2 odst. 1

Zřizují se Státní úřad inspekce práce (dále jen „úřad“) a oblastní inspektoráty práce (dále jen „inspektorát“), které jsou správními úřady.

§ 3 odst. 1

Úřad a inspektoráty kontrolují dodržování povinností vyplývajících z

a) právních předpisů, z nichž vznikají zaměstnancům, příslušnému odborovému orgánu nebo radě zaměstnanců nebo zástupci pro oblast bezpečnosti a ochrany zdraví při práci2) práva nebo povinnosti v pracovněprávních vztazích včetně právních předpisů o odměňování zaměstnanců, náhradě mzdy nebo platu a náhradě výdajů zaměstnancům, (…)

§4 odst.1

Inspektorát

a) vykonává kontrolu v rozsahu stanoveném v § 3,

b) ukládá opatření k odstranění nedostatků zjištěných při kontrole, určuje přiměřené lhůty k jejich odstranění,

c) kontroluje plnění opatření k odstranění zjištěných nedostatků, (…)

Z důvodové zprávy k zákonu č. 255/2012 Sb., kontrolní řád.

„Účelem kontrolního řádu je především sjednocení, zpřehlednění a zjednodušení procesu kontroly vykonávané v rámci veřejné správy orgány státní správy a územní samosprávy u jim nepodřízených právnických a fyzických osob, ale též v rámci vztahů nadřízenosti a podřízenosti, a to zejména odstraněním neodůvodněných rozdílů ryze procesní povahy, a s tím související minimalizace zachovávání nebo vytváření odlišných kontrolních postupů či duplicitní právní úpravy. Cílem nového kontrolního řádu je však též zohlednění aktuálního stavu v oblasti kontroly a trendů, jež se v moderní veřejné správě v současné době vyskytují. Sem patří především zefektivnění výkonu kontrol, větší transparentnost kontroly prostřednictvím informování veřejnosti, hospodárnost, efektivita a zrychlení kontrolního procesu, odstranění nadbytečných regulací a byrokratické zátěže, a to díky zakotvení zásady spolupráce a vzájemného informování orgánů veřejné moci v oblasti kontroly či možností provedení kontroly nadřízeným kontrolním orgánem, namísto příslušného kontrolního orgánu, je-li to efektivnější a účelnější. V praxi by tato podpora koordinace a spolupráce měla vést k možnosti provázání jednotlivých kontrol, popř. k současnému koordinovanému provedení několika kontrol, týkajících se různých oblastí, u jednoho subjektu (např. v případě územních samosprávných celků koordinace kontrol jednotlivých agend vykonávaných v přenesené působnosti, anebo kontrol v oblasti samostatné působnosti a přezkoumávání hospodaření). Výkon kontroly nadřízeným kontrolním orgánem byl vyvolán rovněž potřebou praxe, a to s ohledem na odpovědnost jednotlivých ústředních správních úřadů za jim svěřené úseky (viz část třetí zákona č. 2/1969 Sb., o zřízení ministerstev a jiných ústředních orgánů státní správy České republiky, ve znění pozdějších předpisů). Z tohoto hlediska je tedy vhodné, aby měly možnost vykonat též příslušné kontroly namísto jim podřízených kontrolních orgánů, mají-li za to, že kontrola provedená ústředním správním úřadem bude s ohledem na konkrétní okolnosti přínosnější.

            Kontrolní řád se vztahuje na většinu klíčových kontrolních postupů uskutečňovaných ve veřejné správě. Konkrétně lze zmínit např.:

            - vnější správní kontroly, tzn. kontroly vykonávané správními úřady na základě zmocnění ve zvláštních zákonech z různých oblastí veřejné správy vůči nepodřízeným fyzickým a právnickým osobám, v právním řádu označované nejčastěji jako státní dozor, dohled, inspekce, státní kontrola apod., pro něž se dosud používají pravidla zákona č. 552/1991 Sb., o státní kontrole, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „zákon o státní kontrole“), ale ještě častěji pravidla zčásti odchylná, umístěná ve zvláštních zákonech; v této oblasti kontroly, která se týká všech odvětví veřejné správy, bude uplatnění kontrolního řádu nejširší (jedná se např. o vnější kontroly v oblasti zdravotnictví, sociální péče, kultury, dopravy, peněžnictví, životního prostředí, požární ochrany apod.);

            - kontroly výkonu přenesené působnosti subjektů územní samosprávy, pro něž se dosud používají pravidla obsažená zejména v zákonech o územních samosprávných celcích (sem ovšem nespadá dozor nad vydáváním nařízení a dalších aktů územních samosprávných celků vydaných v přenesené působnosti, jenž je ve své podstatě nikoli kontrolou, nýbrž již realizací opatření k nápravě, a proto je realizován na základě komplexní zvláštní právní úpravy);

            - kontroly dodržování zákonných povinností subjektů územní samosprávy při výkonu jejich samostatné působnosti, pro něž se dosud používají pravidla obsažená zejména v zákonech o územních samosprávných celcích (sem ovšem nespadá dozor nad vydáváním obecně závazných vyhlášek a dalších aktů územních samosprávných celků vydaných v samostatné působnosti, jenž je ve své podstatě nikoli kontrolou, nýbrž již realizací opatření k nápravě, a proto je realizován na základě komplexní zvláštní právní úpravy a je vždy v případě neochoty napravit nesoulad se zákonem na základě výzvy k nápravě završen soudním zásahem);

            - kontroly dodržování zákonných povinností subjektů zájmové samosprávy, tzn. profesních komor a zájmových svazů, ze strany ústředních správních úřadů a dalších oprávněných subjektů, pro něž se dosud používají často velmi útržkovitá a mezerovitá pravidla zvláštních zákonů upravujících zájmovou samosprávu;

            - kontroly dodržování povinností dekoncentrovaných orgánů státní správy, pro něž se dosud používají roztříštěná pravidla obsažená v některých zvláštních zákonech nebo interní normativní instrukce; jedná se např. o kontrolu Ministerstva financí nad územními finančními orgány, kontrolu Ministerstva práce a sociálních věcí nad správami sociálního zabezpečení, kontrolu jiných krajských správních úřadů nad podřízenými správními úřady apod.“