Právní úprava vodního práva v českých zemích byla od počátku výrazně ovlivněna Římským právem. Ve středověku nebylo vodní právo upraveno komplexně jako celek, ale byly vydávány předpisy pro jednotlivé části vodního práva, např. pravidla pro stavbu vodních mlýnů a s tím související stavby jezů a využívání vodní síly, nebo o plavbě, rybnikářství apod. Za přímého předchůdce vodních zákonů jsou označovány tzv. mlýnské řády. Až do roku 1812 byly v našich zemích v platnosti zejména tyto předpisy upravující vodní právo – Obnovené zřízení zemské (z let 1628 a 1627), v příslušném znění včetně Deklaratorií a novel a Práva městská království českého z roku 1579, dále jednotlivé drobnější předpisy zmíněné v předchozích kapitolách a hospodářské řády a instrukce. Od roku 1811 začal platit pro Rakouské země tzv. ABGB, obecný zákoník občanský, který oddělovat vody soukromé od vod veřejných. Tento zákoník byl doplněn v roce 1850 vodním řádem, který stanovil, že vodní právo je pouze veřejnoprávní záležitostí. V roce 1869 byl vydán zákon č. 93/1869 (říšský vodní zákon).
Pro ostatní země Rakousko – Uherska byly vydány tyto právní předpisy upravující vodní právo pro České země zákon č. 71/1870 – vodní zákon, pro Slezsko zákon č. 65/1870, dále zákon č. 51/1870, o používání vod a ochraně před nimi. Výše uvedené zákony platili až do roku 1942, kdy bylo vydáno nařízení č. 305/1942 Sb. z. a n. o rozšíření platnosti českého zemského vodního zákona ze dne 28. srpna 1870, č. 71 čes. z.z. na celé území Protektorátu Čechy a Morava a o změně a doplnění některých předpisů tohoto vodního zákona.[5] V období přelomu 19. a 20. století a následně období 1. republiky existovala ještě celá řada předpisů a nařízení upravujících evidenci vodních práv, evidenci vodních sil a tzv. silotvorných vodních děl, apod., např. zákon č. 66/1901 ř.z. o stavbě vodních cesta a provedení úpravy řek. V roce 1921 byla zavedena daň z vodní síly zákonem č. 338/1921 Sb. z. a n. Dále v roce 1925 bylo vydáno vládní nařízení č. 160 a 161/1925 Sb. z. a n. a instrukce Ministerstva zemědělství č. 27.022/XVI-1926, kterými se upravuje zařízení a vedení vodních knih se sbírkami listin, map a plánů v Československé republice. Nařízení č. 161 platilo pro Podkarpatskou Rus a Slovensko a nařízení č. 160 platilo pro ostatní země Československé republiky. Obě vládní nařízení zavedla soustavnou revizi a doplňování zápisů do vodních knih, včetně povinnosti pořízení opisů původních povolení a jejich změn. Vodní předpisy upravovaly jak dozor vodoprávních úřadů, jejich soustavu, tak dále ochranu před znečišťováním vod (odpadní vody), vodní díla (rybníky, údolní přehrady, apod.). Za velmi zajímavé můžeme označit i řešení otázky ochrany veřejných zájmů.[6] Taktéž byla v tomto období velmi podrobně řešena povolení k plavebním účelům, a to dokonce na mezinárodní úrovni, kdy četné mezinárodní smlouvy vycházely z proklamace francouzské revoluce, která proklamovala svobodu plavby. Po první světové válce byla řada těchto mezinárodních smluv nahrazena mírovými smlouvami a následně novými mezinárodními smlouvami, např. smlouva uzavřená mezi Belgií, Francií, Velkou Británií, Řeckem, Itálií, Rumunskem, královstvím Srbů, Chorvatů a Slovinců a Československem o svobodné plavbě na mezinárodním Dunaji ratifikovaná Československou republikou a publikovaná pod č. 356/1922 Sb. z a n.[7] Další zákonnou úpravou byl zákon č. 11/1955 Sb., o vodním hospodářství s účinností od dne 1. 1. 1955. Tento zákon neupravoval některé velmi zásadní instituty, které se objevují ve vodním právu, a to např. ochranu před povodněmi, která byla úplně opominuta. Dalším předpisem v historickém vývoji vodního práva v Českých zemích je zákon č. 138/1973 Sb. zákon o vodách (vodní zákon), s účinností ode dne 1. 4. 1975. Dále zákon České národní rady o státní správě ve vodním hospodářství č. 130/1974 Sb. Tyto předpisy přejaly celou řadu zásad, ze kterých vycházel předchozí zákon z roku 1955. Upravovaly však již některé instituty, které v původní právní úpravě chyběly, např. ochranu před povodněmi. Prozatím poslední zákonnou úpravou vodního práva je zákon č. 254/2001 Sb., ve znění pozdějších předpisů, který nabyl účinnosti k 1. 1. 2002. K provádění vodního zákona byla vydána řada prováděcích předpisů.
