LÉKAŘSKÁ FAKULTA MASARYKOVY UNIVERSITY Interní hematoonkologická klinika LF MU a FN Brno Centrum molekulární biologie a genové terapie Lékařská fakulta MU Moderní metody analýzy genomu Úvod do genomiky Doc. RNDr. Šárka Pospíšilová, PhD. Brno, 24. 2. 2011 FN Brno_modra_ctverec Logo CMBGT_verze 5 final zakladni_CZ SYLABUS - Moderní metody analýzy genomu 1. Úvod do genomiky (Pospíšilová) 2. Microarrays 1 (genom – CGH, SNP, resekvenační) (Malčíková) 3. Microarrays 2 (transkriptom, proteom – expresní, proteinové) (Malčíková) 4. NGS I – 454, SMRT (Tichý) 5. NGS II – sequencing by synthesis, sequencing by ligation - Illumina (Tichý) 6. NGS III – IonTorrent (Tichý) 7. Metody analýzy miRNA a dalších nekódujících RNA (Mráz) 8. Aplikace – Genomika (Tichý) 9. Aplikace - Trankriptomika(Tichý) 10.Aplikace – Epigenomika (Tichý) 11.Aplikace – miRNA (Mráz) 12.Analýza extrahumánního genomu – problematika oportunních infekcí (Hrnčířová) 13.Molekulárně genetické monitorování pacientů po transplantaci – využití fragmentační analýzy a real time PCR (Malčíková) 14.Další technologie – Fluidigm, Sequenom, Luminex, Nanostring (Tichý) v Lidský genom a historie jeho analýzy v Metodické přístupy a jejich možnosti v v Čipové technologie expresní DNA čipy CGH čipy proteinové čipy re-sekvenační čipy příklady využití v medicíně v v Nová generace sekvenování a její možnosti Lidský genom 3 Organismus Velikost genomu [bp] Počet genů [tis.] člověk 3.2 x 109 20-25 pes 2.4 x 109 19,3 octomilka 122,6 x 106 13,4 hlíst C. elegans 100,3 x 106 19,4 huseníček - Arabidopsis 157 x 106 28 Amoeba dubia 670 x 109 ?? Haemophilus influenzae 1,8 x 106 1,7 Mycoplasma genitalium 580 x 103 0,485 Velikosti genomů http://genome.purdue.edu/helix.gif Soubor:Human male karyotpe high resolution.jpg http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/4/4c/Drosophila_melanogaster_-_side_%28aka%29.j pg/180px-Drosophila_melanogaster_-_side_%28aka%29.jpg http://upload.wikimedia.org/wikipedia/en/thumb/a/a0/Tasha50-300.jpg/180px-Tasha50-300.jpg Informační obsah haploidního lidského genomu – rozdělení do chromozómů Chromozóm total (XY) total (XX) 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 X Y milion [bp] 3,08 3,02 247 243 199 191 181 171 159 146 140 135 134 132 114 106 100 89 79 76 63 62 47 50 155 58 megabytes (raw data) 770 756 61.8 60.7 49.9 47.8 45.2 42.7 39.7 36.6 35.1 33.9 33.6 33.1 28.5 26.6 25.1 22.2 19.7 19.0 16.0 15.6 11.7 12.4 38.7 14.4 Lidský genom sky-barevný karyotyp s_1252476852 http://api.ning.com/files/e*QiRsjv-t989gWSd1eYPT4D7MF9xnt5GsDPZd1gYEkddXTD3dbktYW6ajHyFF4oaJzNQjufz K-TPfXnL82cMKd3Qg3cKHy4/Result1.jpg Lidský genom 3 Variabilita genomu § Nukleotidové polymorfismy (Single Nucleotide Polymorphisms - SNP) § Změny v počtu kopií genetického materiálu (Copy Number Variations – CNV) § Epigenetické změny § § Genetická variabilita (např. v důsledku homologní rekombinace) § Velikost repetitivních sekvencí v genomu Human Faces p16-17 http://urgi.versailles.inra.fr/projects/GnpSNP/images/snp_dble_helice2.png http://stevensadmissions.typepad.com/photos/uncategorized/2007/11/16/dna1.gif DNA pod lupou Sekvenace DNA – základní metoda analýzy mutací http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/3/3d/Radioactive_Fluorescent_Seq.jpg/180px-Radi oactive_Fluorescent_Seq.jpg 1.Sekvenace terminační metodou (inkorporace 2´,3´-dideoxyNTP) 1977 Frederik Sanger, University of Cambridge (1958 a 1980 Nobelova cena za chemii) 2.Sekvenace pomocí chemické modifikace DNA 1977 Allan Maxam and Walter Gilbert, Harvard University (1980 Nobelova cena za chemii) 3.Využití kapilární elektroforézy pro sekvenování DNA (od 1996) LIMITACE: délka analyzované sekvence, senzitivita File:Sanger sequencing read display.gif 225px-Craigventer2 J. Craig Venter, *1946 Publikování sekvenace lidského genomu 2001 File:James Watson.jpg James D. Watson, *1927 Sekvenace lidského genomu http://genomics.energy.gov/gallery/basic_genomics/originals/770.jpg International Human Genome Sequencing Consortium 1990 - Human Genome Project (plánovány 3 biliony USD, 15 let) 1998 CELERA Genomics J. Craig Venter – The Institute for Genomic Research (TIGR) nyní J. C. Venter Institute CELERA – sekvence genomů - člověk, myš, Drosophila, Ahopheles, Haemophilus influenzae… potřeba vysokokapacitních přístupů pro analýzy lidského genomu Buňka DNA RNA v každé buňce člověka cca 25 tisíc genů část genů je exprimována RNA proteiny DNA čipy Vysokokapacitní sekvenování Potřeba genomických přístupů Pospíšilová Š., Tichý B., Mayer J.: Sekvenování lidského genomu – technologie nové generace. Časopis lékařů českých (2009); 148(7):296-302. 1995 - Mark Schena – „Quantitative monitoring of gene expression patterns with a complementary DNA microarray“, Science (1995); 270(5235): 467-70. Analýza exprese 45 genů Arabidopsis 1996 - Affymetrix GeneChip 2009 – publikováno více než 30 tisíc prací využívajících microarrays (PubMed database) Další čipové platformy: Agilent Technologies Illumina (Illumina BeadLab 2002) spotované čipy (oligonukleotidy x cDNA) Čipové technologie (microarrays) DSCN0163 DSCN0164 Cartridge without bg DNA čipové technologie Typy čipů podle účelu: genomové (analýza DNA) – CGH, SNP expresní (analýza RNA, microRNA) „CHIP on chip“ (analýza interakcí DNA - protein) proteinové – expresní, funkční buněčné, tkáňové… Typy čipů podle technologie výroby: spotované, syntetizované na sklíčku Composite-24-(06-30-04) Array_Production Inkjet Printing (Agilent) Spotování (ArrayIt) Manuf_inkjets Inkjet Printing DNA oligonukleotidů na čip (sklíčko) VIDEO: Syntéza oligonukleotidů na čipu a hybridizace Čipové technologie - platformy AFFYMETRIX GeneChip Systém – krátké oligonukleotidy (25-mery) image Reagent family Cartridge without bg Analýza DNA sekvence (genotypizace, CNV analýza) Re-sekvenační čipy (až 300 tis. párů bazí) SNP čipy (1,8 mil.markerů – 906 tisíc SNP a 946 tisíc CNV sond pro detekci ztráty heterozygotnosti (LOH) a uniparentální disomie (UPD) Analýza genové exprese – analýza genové exprese u 25 organismů Exonové čipy Genové čipy microRNA čipy Analýza interakcí DNA-Protein (pro 7 organismů) chromatinová imunoprecipitace transkripční mapování Affymetrix.com Více než 6 500 000 spotů s různými oligonukleotidovými sondami 5 µm V každém spotu jsou lokalizovány miliony kopií specifického oligonukleotidu * * * * * 1,28 cm Affymetrix Gene Chip System GeneChip Probe Arrays NOTE OUR SPACE 11 micron and 1.3 million features !!, no one can even approach this Agilent Human Oligo Microarray Chip 848-STA-ET2 848-STA-ET2 Čipová analýza Nanodrop-kapka Nanodrop-cely Buňky, tkáň… Amplifikace a značení Příprava čipu Hybridizace materiálu (RNA,proteinů…) s čipem Skenování čipu Analýza dat, statistické zpracování Spektrofotometr Nanodrop Izolace DNA, RNA, proteinů… Bioanalyzer WhatIsMicroarray_02 DNA Oligonukleotidy Microarray (DNA čip) RNA Vzorek A RNA Vzorek B Obraz A Obraz B Scan B Scan A Hybridizace Kombinace a vyhodnocení obrazů pomocí softwaru DNA čipy pro analýzu genové exprese RNA Vzorek A RNA Vzorek B Obraz A Obraz B Separace buněk Izolace RNA Amplifikace a značení RNA Hybridizace a skenování čipu Biostatistická analýza dat Validace dat pomocí RT-qPCR PŘÍKLADY využití DNA čipových technologií v hematologii a onkologii http://csem.flinders.edu.au/research/laboratories/CG/dna.jpg 848-STA-ET2 1. Chronická lymfocytární leukémie Expresní Čipy CGH Čipy MicroRNA Čipy Proteinové Čipy • Lymfoproliferativní onemocnění způsobené monoklonální expanzí zralých B-lymfocytů exprimujících CD5+; • Nejčastější typ leukémie u dospělých v západním světě; • Klinicky velmi heterogenní onemocnění • Snaha o zavedení nových molekulárně-biologických metod predikce průběhu onemocnění • Nejvýznamnější prognostický marker: Mutační status genu pro těžký řetězec imunoglobulinu (IgVH). Mutace v IgVH znamenají lepší prognózu (medián přežití 8 vs. 25 let) • Další prognostické markery: p53 (del17p13), ATM (del11q22), del13q14, trizomie 12, exprese ZAP-70, CD38 … Figure_1 Expresní čipy u B-CLL buněk IgVH nemutovaný IgVH mutovaný up-regulované geny down-regulované geny Výsledky čipové analýzy CLL • v Exprese 3 genů (LAG3, LPL a ZAP70) u CLL pacientů velmi významně koreluje s mutačním stavem IgVH a prognózou onemocnění v Stanovení exprese těchto genů poskytuje zásadní informaci o průběhu onemocnění a slouží lékařům jako parametr při rozhodování o aplikaci a typu léčby v Toto stanovení může doplnit resp. nahradit náročné sekvenování imunoglobulinových genů Nejčastější změny genomu: * hyperdiploidie * translokace t(12;21)/TEL-AML1 * translokace t(9;22)/BCR-ABL * translokace t(4;11)/MLL-AF4 * translokace t(1;19)/E2A-PBX1 2. Akutní lymfatická leukémie u dětí Nejčastější nádorové onemocnění dětského věku 002c Provedená analýza genové exprese u akutní lymfatické leukémie dětí (ALL) umožnila identifikovat geny rozlišující jednotlivé subtypy onemocnění (s translokací TEL-AML1, hyperdiploidní…) • Výsledky čipové analýzy u ALL 848-STA-ET2 3. Komparativní genomová hybridizace na čipech (array CGH) Trisomie 12 Delece 13q14 Delece 17p13 Pacient C Trisomie 12 Delece 18q Delece 13q14 Pacient A Pacient B červeně = amplifikace, zeleně = delece arrayCGH – platforma Agilent 4 x 44K Array-CGH pro detekci nebalancovaných chromozomových aberací vAgilent Human Genome CGH Microarray; 4x44k CGH Microarrays v43,000 60-mer oligonukleotidových sond vpokrytí celého genomu vprůměrná vzdálenost sond 30-35 kb v84% sond navrženo do intragenových oblastí (50% do intronů, 50% do exonů) + 16% sond do intergenových oblastí vdobře charakterizovaný gen – 1 sonda vgeny související s nádory – 2 a více sond chromozom 13 Výsledky Array-CGH CLL Pacienta Z: del 13q14.2-q14.3 Využití array-CGH u onkologických pacientů vKomplexní analýza genomu vInformace o amplifikacích a delecích jednotlivých genů včetně genů pro microRNA vMožnost průběžného sledování změn genomu v průběhu onemocnění (vliv léčby, změny při relapsu…) vVýborné doplnění stávajících cytogenetických metod 4. Proteinové čipy Detekce genové exprese na úrovni proteomu a proteinových funkcí LCK (236-501) Staurosporin BCCP (Biotinylated Carboxyl Carrier Protein ) Biotin Streptavidin na skleněném povrchu Architektura čipu myc A pictorial representation of of BCCP-fusion proteins on an array surface. Cartoon showing tethering and orientation of a BBCP-LCK fusion protein on a streptavidin surface. •Protein target (LCK) is lifted away from the surface by BCCP and is therefore available to molecules in the medium. •Flexibility of the attachment is likely to allow movement of the construct to allow accommodation of molecules seeking to bind to the protein target. •Such flexibility could allow formation of multimers on the surface if these are necessary for biological activity. The cartoon displays the anticipated orientation of BCCP-tagged proteins on the streptavidin coated glass surface of the Panorama Protein Function Arrays. The example of immobilised BCCP-tagged Lymphocyte-Specific Kinase (LCK) is shown. Note that the LCK structure is only partially displayed. The presented part comprises residues 236-501 out of 509 residues in total – containing the C-terminal domain, which is the catalytic domain of LCK, in essentially full length and which is fused to the BCCP tag. The LCK domain is complexing Staurosporine, a broad specificity kinase inhibitor. BioMark 48.48 dynamic array biomark The NanoFlex™ IFC Controller BioMark™ 6.96 Dynamic Array Fludigm BioMark pro high-throughput analýzu genové exprese a single-cell analýzu Využití: • mikrofluidní kvantitativní PCR • až 9216 reakcí v jednom běhu • vysokokapacitní detekce genové exprese (až 96 vzorků pro 96 genů najednou), • absolutní kvantifikace genů – 12 vzorků (schopnost rozlišit 4 kopie od 5), • genotypizace (až 96 vzorků pro 96 SNPs) Další perspektivní genomické technologie SEQUENOM – MASS ARRAY pro analýzu genové exprese, SNP a metylací využívající principu hmotnostní spektrometrie MALDI-TOF Aplikace v medicíně: • OncoCarta pro detekci somatických mutací (238 mutací, 19 genů) • Neinvazivní prenatální diagnostika: analýza cirkulujících fetálních nukleových kyselin z mateřské krve – detekce pohlaví a trisomií Další perspektivní genomické technologie Sekvenování genomů Technologie nové generace http://www.genome.gov/images/feature_images/1000genomes_lrg.jpg Nové technologické přístupy pro sekvenaci lidského genomu q Paralelizace sekvenačních reakcí za účelem zvýšení kapacity sekvenátorů a snížení ceny q Klonální amplifikace DNA molekul in vitro pro zvýšení senzitivity reakce – emulzní PCR nebo amplifikace ve shlucích q q Vazba DNA molekul k povrchu (destičce) a paralelní sekvenování q q Sekvenování syntézou – přidávání reverzibilních terminátorů reakce a detekce fluorescence (Illumina, Helicos); pyrosekvenování – detekce uvolněných pyrofosfátů (454/Roche) q Sekvenování ligací (SOLiD) – hybridizace a ligace oligonukleotidů fixní délky, preferenčně ligují komplementární sekvence ABI 5500xL SOLiD Illumina HiSeq2000 Roche Genome Sequencer FLX bazí / běh až 300 Gb až 200 Gb až 600 mil. bazí / den až 30 Gb až 25 Gb až 1 mld genomů / běh (30x pokrytí) 2 2 1/150 multiplexing 96 12 12 (141 customer generated) multiplexing (dělením) 12 16 16 čtení / běh 2,4 mld. 1 mld 1 mil. max. délka čtení 75 b 100 b > 600 b (prům. 400 b) délka čtení paired-end 75 b + 35 b 100 b + 100 b nepodporuje délka čtení mate-pair 60 b + 60 b 100 b + 100 b 200 b + 200 b Srovnání nových technologií celogenomového sekvenování 225px-Craigventer2 J. Craig Venter, *1946 File:James Watson.jpg James D. Watson, *1927 Sekvenace individuálních lidských genomů Institut J. C. Ventera – první individuální genom (kompletní diploidní sekvence konkrétního člověka) Použitá technologie: Sangerovo kapilární sekvenování Levy, S., Sutton, G., Ng, P.C., et al.: The diploid genome sequence of an individual human. PloS Biol., 2007, 5 (10), s. 254-286. Výsledky: identifikováno 2,81 miliardy nukleotidů (7,5 nás. pokrytí) 4,1 milionu variant (44 % změn heterozygotních), z toho 3,2 mil. SNP, 292 tis. malých inzercí/delecí Baylor College, Texas – druhý individuální genom (kompletní diploidní sekvence konkrétního člověka) Použitá technologie: sekvenování nové generace Wheeler, D.A., Srinivasan, M., Egholm, M., et al.: The complete genome of an individual by massively parallel DNA sequencing. Nature, 2008, 452, s. 872-877. Výsledky: identifikováno 3,3 mil. SNP (7,4 nás. pokrytí), z toho 10 tis. ovlivňuje záměnu aminokyseliny v proteinovém produktu genů Závěr: společných 1,68 mil. SNP, liší se 7648 AK záměnami Sekvenace individuálních lidských genomů Mapování strukturní variability 8 individuálních genomů (2 jedninci z Evropy, 2 z Asie, 4 z Afriky – nigerijský kmen Yoruba) Kidd, J.M., Cooper, G.M., Donahue, W.F., et al.: Mapping and sequencing of structural variation from eight human genomes. Nature, 2008, 453 (7191), s.56-64. Sekvenace prvního kompletního diploidního genomu z Asie 36 násobné pokrytí (technologie Illumina), Výsledky: získána sekvence 99,97% genomu (117,7 Gigabazí dat) 3,07 milionu SNP, 135 tis. inzercí/delecí, 2682 strukturních variací Wang, J., Wang, W., Li, R., et al.: The diploid genome sequence of an Asian individual. Nature, 2008, 456 (7218), s. 60 - 65. Sekvenace genomu z Korei – 27,8 násobné pokrytí Výsledky: pokrytí 27,8 x, 3,45 mil. SNP, 170 tis. inzercí/delecí Kim J.I., Ju Y.S., Park H., et al.: A highly annotated whole-genome sequence of a Korean individual. Nature. 2009 Aug 20;460(7258):1011-5. Sekvenace genomů z Japonska, Jižní Afriky… (Nature 2010 Feb 18;463:943-7.) Počty SNP společných pro jednotlivé genomy Převzato z Kim et al., 2009 773 SNP AK1 asociovaných s klinickým fenotypem Srovnání sekvencí individuálních genomů Sekvenování genomů Genomic distribution of SNP density on human chromosomes 1 to 22. The colours show the SNP density, with red indicating higher densities and blue indicating lower densities. Note high rates of SNP variation near the ends of the chromosomes. Genomická distribuce nukleotidových polymorfismů (Single Nucleotide Polymorphisms - SNP) v jednotlivých lidských chromozomech 1 – 22. Červená – vyšší hustota Modrá – nižší hustota Projekt 1000 genomů – „A deep catalog of human genetic variations“ http://urgi.versailles.inra.fr/projects/GnpSNP/images/snp_dble_helice2.png A map of human genome variation from population.scale sequencing. 1000 Genomes Project Consortium, Durbin RM, Abecasis GR, Altshuler DL, Auton A, Brooks LD, Durbin RM, Gibbs RA, Hurles ME, McVean GA., Nature. 2010 Oct 28;467(7319):1061-73. (Sanger Institute, 179 human genomes) Diversity of human copy number variation and multicopy genes. Sudmant PH, Kitzman JO, Antonacci F, Alkan C, Malig M, Tsalenko A, Sampas N, Bruhn L, Shendure J; 1000 Genomes Project, Eichler EE, Abecasis GR, Altshuler DL, Auton A, Brooks LD, Durbin RM, Gibbs RA, Hurles ME, McVean GA., Science. 2010 Oct 29;330(6004):641-6. (University of Washington, Seattle, 159 human genomes) Již bylo v lidském genomu identifikováno: 15 milionů SNP 1 milion krátkých inzercí/delecí 20 tisíc strukturních variací Sekvenace genomů nádorových buněk Cancer genome project (Wellcome Trust, Sanger Institute) Cancer genome atlas (NIH, Bethesda, National Cancer Institute) Sekvenování pacientů s AML (Washington University, St. Louis) 1) Ley, T.J., Mardis, E.R., Ding, L., et al.: DNA sequencing of a cytogenetically normal acute myeloid leukaemia genome. Nature, 2008, 456 (7218), s. 66-72. p 2) Walter M.J., Payton J.E., Ries R.E., et al.: Acquired copy number alterations in adult acute myeloid leukemia genomes. PNAS, 2009, 2009 Aug 4;106(31):12950-5. p 3) Mardis, E.R., Ding, L., Dooling D.J., et al.: Recurring mutations found by sequencing an acute myeloid leukemia genome. N. Engl. J. Med., 2009, Sep10, 361(11): 1058-66. Identifikace 12 somatických mutací v kódujících sekvencích (NRAS, NPM1…) a 52 somatických mutací v regulačních oblastech genomu, celkem 750 mutací Nová mutace: IDH1 gen (nalezena u 15 z 187 následně analyzovaných AML pacientů) Molekulární markery AML •Přibližně 50% AML pacientů má cytogenetické abnormality, např. • •RUNX1/RUNX1T1 (AML1/ETO) – t(8;21) - subtyp podle FAB klasifikace M2 •CBFB/MYH11 – inv(16) - subtyp podle FAB klasifikace M4 •PML/RARa (APL) – t(15;17) - subtyp podle FAB klasifikace M3 •MLL translokace (11q23) • •U AML s normálním karyotypem se mohou vyskytovat mutace : • gen NPM1 (nucleophosmin) – cca u 50% pacientů s normálním karyotypem • gen FLT3 (FMS-related tyrosine kinase) • gen CEBPA (CCAAT/enhancer-binding protein alpha) » Potřeba identifikace a validace nových markerů pro sledování MRD (zejména pro skupinu AML pacientů s normálním karyotypem, kteří nemají mutace v NPM1 genu) převzato z Hematologica, Educational Book, 2008:491-506 Frekvence molekulárních markerů u AML pacientů s normálním karyotypem (analýza 1447 pacientů) Mutace v IDH1 genu •chromosom 2q33.3 , 10 exonů •cytoplasma and peroxisomy •bodové mutace detekovány u mozkových nádorů (Parsons et al., Science 2008) Korelace výskytu s normálním karyotypem a s mutacemi v NPM1 genu Mutace IDH1 - exon 4, kodon 132 p.R132H c.395G > A (AML) p.R132C c.394C > T (AML) p.R132S c.394C > A p.R132G c.394C > G p.R132L c.395G > T p.V71G c.211G > A Mutace v IDH2 genu •chromosom 15q26.1, 11 exonů •mitochondrie •u AML jsou bodové mutace častější než u IDH1 genu • Korelace výskytu s normálním karyotypem a s mutacemi v NPM1 genu Mutace IDH2 – exon 4, hotspot kodony 140 a 172 p.R140Q c.419G > A p.R140W c.418C > T p.R140L c.418G > T p.R172K c.515G > A Sekvenace genomů - PROJEKTY Cancer genome project (Cancer genome atlas) – AML Center: Washington University, St. Louis Ley, T.J., Mardis, E.R., Ding, L., et al.: DNA sequencing of a cytogenetically normal acute myeloid leukaemia genome. Nature, 2008, 456 (7218), s. 66-72. Walter M.J., Payton J.E., Ries R.E., et al.: Acquired copy number alterations in adult acute myeloid leukemia genomes. PNAS, 2009, 2009 Aug 4;106(31):12950-5. Mardis, E.R., Ding, L., Dooling D.J., et al.: Recurring mutations found by sequencing an acute myeloid leukemia genome. N. Engl. J. Med., 2009, Sep10, 361(11): 1058-66. Projekt 1000 genomes – A deep catalog of human genetic variations Sangerův institut v Hinxtonu, National Institute of Health v Bethesdě, Genomický institut v Pekingu ClinSeq Project National Institute of Health, Bethesda, USA Plánována analýza 1000 genomů a jejich korelace s rodinnou a osobní anamnézou a klinickým hodnocením - využití znalosti sekvencí lidského genomu v medicíně – lékařská genomika gxp button X Prize Foundation Cíl: vývoj metod umožňujících celogenomové sekvenování ARCHON X PRIZE : 10 milionů USD http://www.bio.purdue.edu/research/images/genome.jpg Sekvenace genomů – PERSPEKTIVY Počátek éry personalizované medicíny "the first Team that can build a device and use it to sequence 100 human genomes within 10 days or less, with an accuracy of no more than one error in every 100,000 bases sequenced, with sequences accurately covering at least 98% of the genome, and at a recurring cost of no more than $10,000 (US) per genome“ LF MU a FN BRNO Interní hematoonkologická klinika (IHOK) Centrum Molekulární Biologie a Genové Terapie IHOK Jiří Mayer Martin Trbušek Boris Tichý Jitka Malčíková Marek Mráz Karla Malinová Jana Kotašková Kateřina Staňo-Kozubík Šárka Pavlová Petr Dobeš Jana Lochmanová Ludmila Ročňová Jan Verner Jitka Kabáthová Jana Šupíková Lenka Juračková a další Poděkování Bez názvu9 Bez názvu8 Lékařská fakulta MU logo