LÉKAŘSKÁ FAKULTA MASARYKOVY UNIVERSITY
Interní hematoonkologická klinika LF MU a FN Brno
Centrum molekulární biologie a genové terapie
Moderní metody analýzy genomu
Aplikace II
28.4. 2011
Boris Tichý
Aplikace nových technologií
Protein kódující RNA
Nekódující RNA – miRNA, snoRNA, lincRNA
Analýza RNA
Počet = digitální genová exprese
Sekvence, struktura – mutace, sestřihové varianty
Microarrays vs. NGS
Pro NGS není bezpodmínečně nutné znát sekvenci RNA (microRNA)
Expresní profily
Soubor exprese všech/vybraných genů v určité tkáni (orgán, nádor,...)
Porovnání vzorků navzájem
Posouzení vlivu externího faktoru
Reálné využití expresních profilů v medicíně
Omezené
Technické i interpretační problémy
MammaPrint (70 genů)
OncotypeDX (21 genů) – už > 150.000 pacientek
Breast Cancer
GC vs. ABC DLBCL
Lymfomy
Využití výzkum
Integrace s dalšími metodami
Chromatinová imunoprecipitace (ChIP)
Bioinformatika (motivy, protein-protein interakce)
Interpretace dat
UP/DOWN geny
Asociace mezi geny (transkripční faktory, miRNA, protein-protein,...)
Příklad
Gen TP53 → protein p53
Transkripční faktor, buněčný cyklus, apoptóza, DNA repair
Otázka:
Rozdíl mezi wt a mut TP53