PCR IL-ip +3953C/T RS1143634 (Kornman, 1997, Bořilová Linhartová, 2013)
Délka produktu: CC 97bp + 85bp +12bp, CT 182bp + 97bp + 85bp + 12bp, TT 182bp +12bp Primery:
IL-1BF CTC AGG TGT CCT CGA AGA AAT CAA A - forward (Ta = 58,79°C) IL-1BR GCT TTT TTG CTG TGA GTC CCG - reverse (Ta = 58,80°C)
Reakční směs pro PCR 25,0 u.1:
MM		
roztok	Množství v u.1 na 1 vzorek	
PCRvoda	12,5	
Pufr DYNEX	2,5	
MgCI2 (25mM)	4,0	
IL-1BF	1,25	
IL-1BR	1,25	
dNTP	0,5	
Taq polymerasa (lUu.11)	1,0	
23,0 u.1 MM + 2,0 u.1 templátové DNA (50 ngu.1"1) + 1 kapka minerálního oleje na 1 vzorek		
Vzorky:
Průběh PCR v termocykleru Sensoquest labcycler (Schoeller):
1. 95°C 5 minut
2. 95°C 1 minuta
3. 60°C 1 minuta
6. 72°C 1 minuta krok 2.- 4. - cyklus 35x
7. 72°C 7 minut 6. 10°C 10 minut
Reštrikční analýza 31,0 u.1: enzym Taql
MM		
roztok	Množství v u.1 na 1 vzorek	
Voda pro RA	2,0	
Pufr pro Taql	2,4	
enzym	0,6	
6,0 u.1 MM + 25,0 u.1 pCR produktu + 1 kapka minerá		ního oleje na 1 vzorek
65°C/4 hodiny nebo i přes noc
ELFO: 3,0% agarosa Serva, 4,0 u.1 velikostní standard GeneRuler Fermentas, 25,0 u.1 PCR RA produktu, 2,0 u.1 Loading buffer