NanoDrop, Qubit, TapeStation
NanoDrop
• Spektrofotometrie
• Koncentrace a čistota
• DNA, RNA, proteiny
NanoDrop
• Nukleové kyseliny - čistota
• A 260/280 = 1,8 - 2,0
• A 260/230 = 1,8 – 2,2
NanoDrop 3300 Fluorospectrometer
• Koncentrace
• Bílé LED světlo
• Excitační spektrum 460 – 650 nm
• Blank, standardy
• Nukleové kyseliny – dsDNA, RNA
• Proteiny
+
NanoDrop
•
Jednoduchá obsluha
• Nízká spotřeba vzorku
• Měření čistoty
• Není selektivní
• Nepřesnost při nízkých
koncentracích
Qubit
• Detekce fluorescence
• Koncentrace
• Standardy -> kalibrační křivka
• dsDNA, ssDNA
• RNA, miRNA
• Protein
• HighSensitivity kity
• Pracovat v šeru
Qubit RNA IQ assay
• Integrity & Quality
• 2 barvy
• Velká, neporušená, strukturovaná RNA
• Malá, degradovaná RNA
• RNA IQ skore: 1-10
+
Qubit
•
Lze měřit nízké koncentrace
• Selektivní vazba fluorochromu
• Potřeba připravit vzorky
• Nestanovuje čistotu
NanoDrop vs Qubit
• Qubit
• Citlivý
• Specifický
• NanoDrop
• rozpozná kontaminace
• Ideálně kombinace
TapeStation
• Kapilární elektroforéza
• Kontrola kvality vzorků
• koncentrace, velikost, integrita
• RIN – RNA Integrity Number
• 1-10
• DNA, RNA
Agilent D1000 ScreenTape
• DNA 35 – 1000 bp
• Citlivost 0,1 ng/μl
• Kvantitativní rozmezí 0,1 – 50 ng/μl
• 16 vzorků, <20 min; 96 vzorků, ≈100 min
Agilent High Sensitivity D1000 ScreenTape
• DNA 35 – 1000 bp
• Citlivost 5 pg/μl
• Kvantitativní rozmezí 10 – 1000 pg/μl
• 16 vzorků, <20 min; 96 vzorků, ≈100 min
Agilent RNA ScreenTape assay
• Eukaryotní/prokaryotní RNA
• Citlivost 5 ng/μl
• Kvantitativní rozmezí 25-500 ng/μl
• Denaturace vzorku
• D5000 ScreenTape
• 100 – 5000 bp; 0,1 ng/μl; 0,1 – 50 ng/μl
• HS D5000 ScreenTape
• 100 – 5000 bp; 5 pg/μl; 10 – 1000 pg/μl
• Genomic DNA ScreenTape
• 200 bp až >60 000 bp; 0,5 ng/μl; koncentrační rozmezí 10 – 100 ng/μl
• RNA ScreenTape
• Eukaryoní/prokaryotní celková RNA; 5 ng/μl
• HS RNA ScreenTape
• Eukarytní/prokaryotní celková RNA; 100 pg/μl
• P200 ScreenTape
• Protein
TapeStation
• Sudý počet vzorků
• Příprava vzorků C03
• ScreenTape
• Napsat datum otevření, počet vzorků
• Otevřená max 2 týdny
• Na CEITEC
• ISIC, USB
• Strip se vzorky + ScreenTape
• Špičky, rukavice
• Výsledky uložit v programu na PC (plocha->UPF) + PDF