Mikrobiologický ústav LF MU a FN u sv. Anny v Brně Miroslav Votava Vladana Woznicová Ondřej Zahradníček Klinická mikrobiologie Program • Typy vzorků pro klinicko-mikrobiologické vyšetření • Původci respiračních infekcí • Původci infekcí zažívacího systému • Etiologie septických stavů • Etiologie infekcí CNS • Původci močových infekcí • Původci pohlavně přenosných infekcí • Původci infekcí ran • Infekce měkkých tkání, kostí a kloubů • Původci infekcí kůže • Zkouškové termíny Typy vzorků (MUDr. O. Zahradníček) Typy vzorků v klinické mikrobiologii Tekuté a kusové vzorky představují odebrané tkáně, tělní tekutiny, tekutiny, kterými bylo vyplachováno, umělé materiály vyňaté z těla a podobně Stěry a výtěry jsou odběry vatovým tamponem na špejli či drátku Ostatní vzorky: otisky, urikulty, sklíčka apod. Každý typ vzorku vyžaduje jiný přístup, jiné zpracování, jiné hodnocení výsledku. Jak různé typy vzorků ovlivňují vyšetření Vzorky typu výtěr ze spojivkového vaku. U zdravého člověka mikroby nejsou, i malá množství mohou být významná. Není vhodné nebo možné přímo očkovat na pevné půdy, proto se nejprve pomnoží v půdách tekutých Vzorky typu rána. Opět u zdravého člověka mikroby nejsou, i malá množství mohou být významná, zároveň je však třeba rychle zachytit případná velká množství. Očkuje se zároveň na tekuté i pevné půdy, často různorodé pevné půdy. Vzorky typu výtěr z krku. U zdravého člověka obsahují běžnou flóru. Pomnožení v tekuté půdě nemá smysl, dává se na různé pevné půdy. Výtěry a stěry § Dnes již prakticky neexistuje kultivační indikace suchého tamponu bez transportního média. Tento tampon je indikován praktický výhradně pro vyšetření metodou PCR a některé průkazy antigenů § Používají se tedy transportní média. Na bakteriologii je to zpravidla médium Amiesovo (na obrázku) § Speciální média vyžadují houby (Fungiquick), houby + trichomonády z genitálií (C. A. T.), viry, chlamydie § Potřebuji-li se dostat „za roh“, použiji tampon na drátu a nikoli na špejli. Některé odběrové soupravy Odběrové soupravy ještě jednou Přehled „výtěrovek“ Odběrové nádobky § Odběrové nádobky se používají na kusové a tekuté vzorky. Na rozměrech fakticky příliš nezáleží, stejně tak barva uzávěru nemá samozřejmě reálný dopad. Má však někdy význam organizační – záleží na dohodě v rámci konkrétní laboratoře § U anaerobní kultivace je lépe zaslat přímo stříkačku s.jehlou zabodnutou do sterilní gumové zátky § Vzorky se snažíme vždy dopravit do laboratoře co nejdříve, zásadní je to však u moče – do dvou hodin Příklady nádobek § Vlevo klasická zkumavka, např. na sérum, vpravo kontejnerek na střevní parazity Co se například posílá, a jak rychle se to musí dopravit § Moč – do dvou hodin, pokud nelze, nutno dát do ledničky (výjimka!!!) § Sérum (srážlivá krev) – na čase tolik nezáleží, ani na teplotě (ale lépe nechat v ledničce) § Punktáty, exsudáty, různé podobné tekuté materiály – co nejrychleji, ale není dán přímo časový limit. Nelze-li zpracovat hned, je lépe nechat při pokojové teplotě, ne do ledničky! § Odstřižené katétry – vhodné zalít bujonem či fyziologickým roztokem, aby nevyschly. I zde je vhodné rychlé zaslání event. pokojová teplota. Jiné typy odběrů než „výtěrovky“ a odběrové nádobky § nátěr na podložní sklíčko: kapavka, aktinomykóza, přímo zaslaná tlustá a tenká kapka apod. § v kožním lékařství otisky přímo na kultivační půdu, která je pro tento účel nalita až po okraj Petriho misky § urikult – zvláštní způsob zasílání moče na půdu; z.různých důvodů se příliš neujalo. § rychlé diagnostické soupravy, většinou založené na přímém průkazu antigenu; jednoduchá manipulace, dostupná i pro nemikrobiologický personál. Při pochybách o výsledku použít klasické zaslání do laboratoře. Původci respiračních infekcí Význam respiračních infekcí • Jsou nejvýznamnějšími infekcemi v ordinaci praktického lékaře (respirační trakt = ideální inkubátor) • Mají obrovský ekonomický dopad jak všeobecně, tak v oblasti nákladů na zdravotní péči • Obvykle mají kolektivní ráz a často také epidemický charakter • ¾ respiračních infekcí je způsobena viry! (ještě více u dětí) Lokalizace infekce v respir. traktu • Lokalizace infekce – ovlivňuje klinickou symptomatologii – umožňuje předpokládat podíl specifických původců • Je nezbytné rozlišovat: – Infekce horních cest dýchacích (a okolních orgánů) – Infekce dolních cest dýchacích (infekce nižších etáží dýchacích cest a plic) Infekce horních cest dýchacích (a okolních orgánů) Klasifikace: – infekce nosu a nasopharyngu – infekce oropharyngu vč. tonsil – infekce paranasálních sinusů – otitis media – conjunctivitis Infekce dolních cest dýchacích (infekce nižších etáží dýchacích cest a plic) • Infekce DCD – infekce epiglottis – infekce laryngu a trachey – infekce bronchů – infekce bronchiolů • infekce plic Běžná flóra dýchacích cest • K rozlišení patologických a běžných nálezů je třeba vědět, které baktérie jsou typicky přítomny v běžné orofaryngeální flóře zdravého člověka • Dutina nosní: obvykle S. epidermidis, méně často je sterilní, nebo nález koryneformních tyčinek, S. aureus, pneumokoky • Pharynx: vždy neisseriae a streptokoky (viridující), často hemofily, občas (či zřídka) pneumokoky, meningokoky, enterobakterie, kvasinky • DCD: většinou sterilní; materiál z těchto míst často kontaminován běžnou flórou HCD Etiologie rhinitidy a nasopharyngitidy • Viry – nejčastější („nachlazení“): – více než 50 % rhinoviry – coronaviry – další resp. viry (ne chřipka!!) • Bakterie: – Akutní infekce: obvykle sekundární • Staph. aureus, Haem. influenzae, Strep. pneumoniae, Moraxella catarrhalis – Chronické infekce: • Klebsiella ozaenae, Kl. rhinoscleromatis Léčba • Virová etiologie v drtivé většině u rhinitid a nasopharyngitid - nevyžaduje ATB terapii a dokonce ani bakteriologickévyšetření! • V nutných případech (hnis s polymorfonukleáry, vysoké CRP à markery bakt. infekce) léčba by měla odpovídat výsledky bakteriol. vyšetření • Výjimečně léčíme i bez přítomnosti symptomů – nosiči epidemiologicky významných patogenů - individuální přístup Infekční rhinitis je třeba odlišit od alergické/vasomotorické rýmy Etiologie sinusitidy a otitis media – I • Akutní sinusitida a otitida obvykle začíná jako virová infekce - respirační viry, M. pneumoniae (myringitida) Sekundární pyogenní zánět způsobují: • S. pneumoniae, H. influenzae typ b, Moraxella catarrhalis, Staph. aureus, Str. pyogenes • anaeroby: rod Bacteroides, Prevotella, Porphyromonas, Peptostreptococcus • Komplikace: mastoiditis, meningitis purulenta Etiologie sinusitid a otitis media – II • Sinusitis maxillaris chronica, sinusitis frontalis chronica: Staph. aureus, rod Peptostreptococcus • Otitis media chronica: Pseudomonas aeruginosa, Proteus mirabilis Vyšetření a léčba • Bakteriologické vyšetření u otitis media a sinusitid jen tam, kde je k dispozici vhodný klinický vzorek tj. • Punktát ze středního ucha nebo paranasál. dutin; NE výtěr z nosu, NE výtěr z ucha (kontaminace, ne patogen) • Léčba obvykle aminopenicilin nebo cefalosporin 1. generace Zánět paranasálních dutin (sinusitis acuta) • Přechodný nález běžný při rýmě, není důvodem pro léčbu • Léčba se zahajuje při bolestivé sinusitidě s doprovodnou bolestí zubů, hlavy, horečkou trvajících několik dnů, event. neuralgii N. trigeminus Sinusitis acuta Otitis media Vyšetření a léčba při otitis media • Léčba ATB - když symptomatická protizánětlivá terapie není dostatečná • Lék volby amoxicillin, alternativa co-trimoxazol • Výtěr z ucha - zbytečný, význam pouze po paracentéze, nebo perforaci bubínku • Pyogenní tekutina - odběr při paracentéze – nejvhodnější materiál Etiologie konjunktivitidy – I • Konjunktivitida je obvykle virová • Doprovází akutní infekce HCD U adenovirů typicky: folikulární conjunctivitis, faryngokonjunktivální horečka (adenoviry 3, 7), epidemická keratokonjunctivitis (adeno 8,19) • Další: hemorrhagická conjunctivitis (enterovirus 70) herpetická keratoconjunctivitis (HSV) Léčba pouze lokální Etiologie konjunktivitidy – II • Bakteriální • Akutní: – hnisavá conjunctivitis: S. pneumoniae, S. aureus, u dětí i jiné – inclusní conjunct.: C. trachomatis D – K • Chronická: – S. aureus, C. trachomatis A – C (trachoma) • Alergická, mechanická (cizí těleso) Orofaryngeální infekce • Akutní tonsillitis a pharyngitis: viry (rhinoviry, coronaviry, adenoviry, EBV – inf. mononucleosa, coxsackieviry – herpangina) • bakterie: akut. tonsillitis či tonsillopharyngitis - S. pyogenes (= β-haemolytický streptococcus, sk. A) • Streptokoky sk. C, F, G, pneumokoky, Arcanobacterium haemolyticum, H. influenzae?, N. meningitidis?, anaeroby? • Vzácné, ale důležité: Corynebacterium diphtheriae, Neisseria gonorrhoeae Léčba orofaryngeálních infekcí • Bakteriologické vyšetření vždy, včetně „typické tonsilitidy“ • Streptococcus pyogenes - penicilin ! • Makrolidy - azithromycin, clarithromycin - jen u alergiků • stanovení CRP (marker zánětu) Virová tonsilopharyngitis Tonsilopharyngitis Purulentní bakt. tonsilitis Respirační viry • Nejdůležitější: – influenzavirus A a B – adenoviry – RSV and metapneumoviry – parainfluenzaviry (typy 1+3 = Respirovirus, typy 2+4 = Rubulavirus) – rhinoviry – coronaviry (vč. SARS) Respirační agens • Bacterie - atypické pneumonie : • Mycoplasma pneumoniae • Coxiella burnetii – Q-fever • Chlamydia psittaci – ornithosis • Chlamydophila pneumoniae Epiglottitis Etiologie epiglottitidy • Epiglottitis acuta: Haemophilus influenzae typ b („Hib“) George Washington Etiologie laryngitidy a tracheitidy • Respirační viry, jiné než u nasofaryngitid: v. parainfluenzy, influenzy A a RSV • Baktérie: Ch. pneumoniae, Mycoplasma pneumoniae, sekundárně: S. aureus and H. influenzae, laryngotracheitis pseudomembranosa (croup) - Corynebacterium diphtheriae Vyšetření a léčba: výtěr z krku obvykle zbytečný, symptomatická terapie Lagyngitis acuta Etiologie bronchitidy • Akutní: Viry: influenza, parainfluenza, adenoviruses, RSV Baktérie, sekundárně po virech: pneumokoky, haemofily, stafylokoky, moraxely Baktérie, primárně: Mycoplasma pneumoniae, Chlamydia pneumoniae, Bordetella pertussis • Chronická (cystická fibróza): Pseudomonas aeruginosa, Burholderia cepacia Etiologie bronchiolitidy • Izolovaná bronchiolitida u novorozenců a kojenců: Pneumovirus (= RSV) Metapneumovirus Bronchitis acuta Pneumonie Typy pneumonií • Akutní – komunitní – u primárně zdravých • dospělých • dětí – u oslabených – po kontaktu se zvířetem • Akutní – nosokomiální • ventilátorové – časné – pozdní • jiné • Subakutní a chronické pneumoniae Etiologie pneumonií – I Akutní – komunitní, u zdravých dospělých • bronchopneumonie a lobární pneumonie: – Streptococcus pneumoniae – Staphylococcus aureus – Haemophilus influenzae type b • atypická pneumonie: – Mycoplasma pneumoniae – Chlamydophila pneumoniae – Influenza A virus Etiologie pneumonií – II Akutní – komunitní, u zdravých dětí • Bronchopneumonie: – Haemophilus influenzae – Streptococcus pneumoniae – Moraxella catarrhalis – novorozenci: Streptococcus agalactiae enterobacteriae • atypická pneumonie: – respirační viry (RSV, infl. A, adenoviruses) – Mycoplasma pneumoniae – Chlamydophila pneumoniae – novorozenci: Chlamydia trachomatis D-K Etiologie pneumonií– III Akutní – komunitní, u oslabených jedinců • pneumokoky, stafylokoky, haemofily – Klebsiella pneumoniae (alkoholici) – Legionella pneumophila • u imunodeficitů: – Pneumocystis jirovecii – CMV – atypická mykobacteria – Nocardia asteroides – aspergily, kandidy Etiologie pneumonií– IV • Po kontaku se zvířetem: • Bronchopneumonie – Pasteurella multocida – Francisella tularensis (tularémie) • Atypická pneumonie – Chlamydia psittaci (ornitóza) – Coxiella burnetii (Q-horečka) Etiologie pneumonií – V • Akutní nosokomiální: • VAP (ventilator-associated pneumonia) – časná (do 4. dne hospitalizace): citlivé komunitní kmeny – pozdní (od 5. dne): rezistentní nemocniční kmeny • dalsí – viry (RSV, CMV) – legionely Etiologie pneumonií – VI • Subakutní a chronické: – aspirační pneumonia a plicní absces • Prevotella melaninogenica • Bacteroides fragilis • peptokoky and peptostreptokoky – Plicní TBC a mykobakteriózy • Mycobacterium tuberculosis • Mycobacterium bovis • atypická mycobacteria Pneumonie Bronchopneumonie Lobární a lobulární pneumonie Vyšetření u infekcí plic • Klinické vyšetření a RTG, rozlišit klasická × atypická pneumonie • Klasická pneumoniae - sputum, event. (u septických průběhů) krev na hemokultivaci • Atypická pneumonie - serologie -mykoplasma a chlamydophila • U nemocničních legionela Léčba infekcí DCD a plic • U klasické komunitní pneumonie amoxicilin, event. dle citlivosti • U atypické pneumoniae tetracykliny nebo (zvl.děti < 8 a těhotné ženy) makrolidy • U nemocničních infekcí podle citlivosti – pseudomonády a burkholderie rezistentní! • TBC kombinace 3 – 4 léčiv Původci infekcí zažívacího systému Zažívací trakt • „…Its both ends are the „buggiest“ parts of the body“…. • střevo: asi 10^12 bakterií/g • Normální flóra tlustého střeva: 99 % anaerobů (Bacteroides, Fusobacterium, Clostridium, Peptostreptococcus), jen 1 % enterobaktérie (hlavně E. coli) a enterokoky Dutina ústní Běžná flóra: • viridující (= α-hemolytické) streptokoky • ústní neisserie (př. Neisseria subflava) • hemofily (př. Haemophilus parainfluenzae) Zubní plak: adherující mikrobiální povlak na povrchu zubů, směs živých a mrtvých baktérií, jejich produktů a součástí slin Zubní plak je biofilm Vznik biofilmu • Na začátku je pevný povrch a plovoucí bakterie + • Bakterie adheruje na povrch • Následuje agregace dalších bakterií • Bakterie začnou produkovat polysacharidovou matrix • Až vznikne třídimenzionální struktura zvaná biofilm Biofilm může být jedno- či vícedruhový Význam tvorby biofilmu u bakterií • Baktérie mohou lépe regulovat početnost populace –informace - produkce určitých látek (tzv. quorum sensing) • Baktérie se stávají odolnější vůči vnějším vlivům, např.: – desinfekčním prostředkům – antibiotikům – imunitní reakci hostitele • Biofilm tvoří jak bakterie běžné flóry (z hlediska organismu spíše pozitivní), tak i patogeny. Etiologie infekcí v dutině ústní – II Zubní kaz: chronická infekce působená normální ústní flórou → localizovaná destrukce tkání zubu Etiologie: Strept. mutans a další baktérie tvořící kyseliny ze sacharózy Soor: Candida albicans Herpetická stomatitida: primární infekce HSV 1 Ludwigova angína: polymicrobiální anaerobní infekce sublingvální a submandibulární oblasti (Porphyromonas, Prevotella etc.) Soor v ústní dutině Infekce jícnu Nikdy infekce u zdravých jedinců! Pouze u těžce imunokompromitovaných (AIDS): • Candida albicans • Cytomegalovirus (CMV) Infekce žaludku Žaludek = „sterilizátor“ - HCl Výjimka: Helicobacter pylori Produkuje účinnou ureázu a rozštěpením tkáňové urey zvyšuje pH v okolí (1 molekula urey → 1 CO[2] + 2 NH[3]) H. pylori působí • chronickou gastritidu • peptický vřed (Nobelova cena 2005) Helicobacter pylori Infekce žlučových cest a jater – I Akutní cholecystitis (kolika, žloutenka, horečka): obstrukce kameny Etiologie: střevní baktérie (E. coli etc.) Komplikace: ascendentní cholangitis Chronická cholecystitis: nejdůležitější Salmonella Typhi (nosiči tyfu) Granulomatosní hepatitis: Q fever, tbc, brucellosis Parazitární infekce jater: Amoebiáza (Entamoeba histolytica: absces jater) Malárie (počínající, klinicky němá část žiotního cyklu malarického plasmodia) Leishmaniáza (Leishmania donovani: kala-azar, L. infantum) Schistosomiasa (vajíčka Schistosoma japonicum, méně často S. mansoni) Střevní tyfus a paratyfus: Salmonella Typhi, Salmonella Paratyphi A, B and C Listerióza: Listeria monocytogenes Peritonitis: střevní flora (Bacteroides fragilis + anaeroby + směs fakultativních anaerobů) Virové hepatitidy: HAV, HBV, HCV, HDV, HEV Tenké a tlusté střevo „Syndrom narušené mikrobiální rovnováhy“: Po operacích, obleněná peristaltika nebo achlorhydrie - bakterie v tenkém střevě se přemnoží → steatorrhea, deficit vitamínu B[12], průjem, malabsorpce vitaminů A a D Průjem: zvýšený počet vodnatých stolic – běžná reakce střeva na mnoho původců Dysenterie: akutní zánět střeva → bolest břicha & malý objem stolice, hnis a sliz Průjmové infekce Infekční: • Bakteriální (nejčastěji) • Virové • Parazitární • Mykotické Neinfekční: • Otravy z potravy Kdo je autorem? 1 Bakteriální původci průjmu a dysenterie – I Escherichia coli Většina E. coli součást (approx. 1 %) běžné flóry střeva - důležité - prospěšné - ve střevě nepatogenní Některé E. coli patogenní, dokonce i ve střevě Escherichia coli Bakteriální původci průjmu a dysenterie – II Escherichia coli : • ETEC (enterotoxická E. coli): děti v rozvojových zemích, cestovatelský průjem; 2 enterotoxiny (termolabilní a termostabilní) • EPEC (enteropatogenní E. coli): O55, O111; malé děti; narušení struktura mikroklků • EIEC (enteroinvasivní E. coli): podobnost - Shigella; invaze do buněk colon • EHEC (enterohemoragická E. coli): O157:H7; 2 cytotoxické shigatoxiny, destrukce mikroklků; hemoragická colitis & hemolyticko-uremický syndrom Bakteriální původci průjmu a dysenterie – III Salmonella Taxonomické poznámky: >4.000 salmonel (serotypů) Oficiálně: • Salmonella enterica subspecies enterica serotyp enteritidis nejčastější • Salmonella enterica subspecies enterica serotyp typhi nejzávažnější Užíváme tato označení: • Salmonella Enteritidis • Salmonella Typhi Salmonella - MAL agar Bakteriální původci průjmu a dysenterie – IV Dva typy salmonelóz: • Systémové infekce: S. Typhi, S. Paratyphi A – C • Gastroenteritidy (salmonelózy): >4.000 serotypes Patogeneze obou začíná invazí do střevního epitelu U 1) invaze pokračuje a infekce generalizuje → není průjem, ale horečka U 2) infekce lokalizována v ileocékálním regionu → průjem, nausea & zvracení, bolest břicha, může být zvýšená teplota Bakteriální původci průjmu a dysenterie – V Diagnostika & léčba salmonelových infekcí: • Tyfus, paratyfus (rezervoár - člověk): Detekce salmonel v krvi, moči a stolici (spec.média), později protilátky (Widalova reakce), u nosičů vyšetření duodenální tekutiny Léčba: antibiotika (chloramfenikol, fluorochinolony, ampicilin, cotrimoxazol) 2) Gastroenteritida (rezervoár: drůbež & zvířata): Vyšetření stolice stačí Léčba: jen symptomatická, NE ATB Bakteriální původci průjmu a dysenterie – VI Campylobacter jejuni Dnes i častější než salmonela, invaze do epitelu jejuna; rezervoár: drůbež Speciální médium, snížená tenze kyslíku, 42 °C Shigella sonnei, S.flexneri, S.boydii, S.dysenteriae Velmi nízká infekční dávka → epidemie Přenos jen mezi lidmi Invaduje do buněk kolon a rekta Onemocnění - bakteriální dysenterie Campylobacter jejuni Bakteriální původci průjmu a dysenterie – VII Yersinia enterocolitica gastroenteritida, u dětí též mesenteriální lymfadenitida (dif.dg. akutní appendicitis) vektor: kontaminovaná potrava Množí se při 4 °C! Vibrio cholerae Cholerový toxin aktivuje adenylátcyklázu → hypersekrece vody & electrolytů → dehydratace V. cholerae se množí ve vodách & působí epidemie Vibrio parahaemolyticus: syrové ryby & mušle Vibrio cholerae Průjem během ATB terapie Často po tetracyklinech; excesívně zmnožené mikroorganismy - Staphylococcus aureus, Pseudomonas aeruginosa či Candida albicans Po linkomycinu nebo klindamycinu (i jiných ATB) → !! pseudomembranosní colitis !! způsobená Clostridium difficile - kontaminace nemocničního prostředí rezistentními sporami, terapie Metronidazol Přímý průkaz toxinu A (Clostridium difficile) jako antigenu. Průkaz toxinu je důležitější než samotný nález klostridia – to mohou mít i zdraví! Den 0. (přijatá stolice) Negativní výsledek je za 48h Pozitivní za 72h a déle Etiologie virových průjmů Malé, acidorezistentní a neobalené viry Rotaviry (Reoviridae) vážné průjmy malých dětí, epidemie v zimě Noroviry a sapoviry (Caliciviridae) epidemie dětí i dospělých Astroviry (hvězdicové virions) Adenoviry typ 40 a 41 Etiologie parazitárních průjmů U jinak zdravých osob: Entamoeba histolytica: amébová dysenterie Giardia lamblia: giardiasis Cryptosporidium parvum: cryptosporidiosis Cyclospora cayetanensis Při AIDS: Isospora belli (coccidium) Enterocytozoon bieneusi (microsporidium) Strongyloides stercoralis (červ) Lamblia Další střevní parazité (červi) Tenké střevo: Ascaris lumbricoides Ancylostoma duodenale Necator americanus Strongyloides stercoralis Fasciolopsis buski Taenia saginata Taenia solium Hymenolepis nana Diphyllobothrium latum Tlusté střevo: Enterobius vermicularis Trichuris trichiura Vajíčko škrkavky Otravy z potravin 1. Intoxikace toxinem vytvořeným v jídle: Staphylococcus aureus: termostabilní enterotoxin Clostridium perfringens: termolabilní enterotoxin Bacillus cereus: termostabilní enterotoxin a toxin vyvolávající zvracení (hlavně v rýži) Clostridium botulinum: termolabilní neurotoxin 2. Intoxikace invazivními mikroorganismy: Salmonella gastroenteritis ETEC a EHEC Listeria monocytogenes Řešení 1 Harmenszoon Rembrandt van Rijn (1606-1669) Anatomie doktora Tulpa (1632) Kdo je autorem? 2 Etiologie septických stavů Etiologie septických stavů Klinické příznaky Endokarditidy • Akutní - S.aureus, S.pyogenes, S.pneumoniae • Subakutní a chronické – alfa-streptokoky, enterokoky, Haemophilus aphrophilus, Actinobacillus actinomycetemcomitans • Na umělých chlopních – KNS, corynebacteria, nokardie Staphylococcus epidermidis Diagnostika • Krev na hemokultivaci – přísně asepticky • Minimálně dva odběry, lépe tři – v odstupech • Před nasazením ATB • 10 ml krve, kojenci 1-2 ml • Kultivace – automaty • Trvá 7 dní • Mikroskopie • Telefonické sdělování výsledků • Citlivost na ATB - MIC Hemokultura s G+ koky Etiologie infekcí CNS Etiologie infekcí CNS Akutní menigitidy • Purulentní (bakterie) – polymorfonukleáry • Diagnostika: krev na hemokultivaci a likvor – transport rychlý, ideálně při 37°C, latexová aglutinace, mikroskopie, kultivace, telefonické sdělení výsledku • Aseptická (viry) – lymfocyty • Diagnostika: likvor – kultivace na tkáňových kulturách, krev na sérologii - protilátky (KFR, ELISA) Bakteriální antigeny detekované při antigenní analýze likvoru • Neisseria meningitidis A • Neisseria meningitidis B teenageři, batolata • Neisseria meningitidis C • N. meningitidis Y/W135 • Haemophilus influenzae b batolata (dříve) • Streptococcus pneumoniae senioři, dospělí • Streptococcus agalactiae novorozenci Zeleně vždy uvedena věková skupina, u které je daná infekce nejtypičtější Meningokoky Chronické menigitidy • Likvor může být čirý • Basilární meningitis – Mycobacterium tuberculosis • Aspergily • Cryptococcus neoformans (kutivace 10 – 14 dnů) Encefalitidy • Klíšťová encefalitida • Virus herpes simplex • Enteroviry • Virus parotitidy • Diagnostika: likvor – viz asept. meningitidy, • PCR • Očkování proti KE Akutní mozkové abscesy • Bakteriální – smíšená flóra • S.aureus, beta-streptokoky A, D, nokardie • Punkce a vyšetření obsahu abscesu, nátěr na sklíčko, krev, likvor Chronické mozkové abscesy • Bakteriální – M. tuberculosis, Nocardia asteroides • Mykotické - aspergily • Parazitární cysticerkóza (Taenia solium) hydatidóza (Echinococcus granulosum) Řešení 2 Leonardo da Vinci (1452-1519): Plod v děloze (1510-1512) Kdo je autorem? 3 Původci močových infekcí Infekce močových cest Frekvence: 2. nejčastější infekce (po infekcích DC) U dospělých: nejčastější infekce v ordinaci praktického lékaře Hlavně ženy (kratší uretra) Příklady močových infekcí (MI) Nejčastější: cystitis, rozvoj ascendentně způsobena střevní mikroflórou Symptomy: dysurie (obtížné močení doprovázené ostrou, pálivou bolestí) pollakisuria (časté močení malého množství moče) Další: pyelonefritis (původ: ascendentní či hematogenní uretritis – STD Etiologie MI § Nekomplikovaných MI § Infekcí doprovázejících strukturální abnormality (hypertrofie prostaty, močové kameny, striktury, těhotenství, kongenitální defekty, permanentní katétry) § Infekce provázející funkční potíže (vesicoureterální reflux, neurologické obtíže, diabetes mellitus) Etiology nekomplikovaných MI 80 % Escherichia coli 10 % enterococci (Enterococcus faecalis) 5 % Proteus mirabilis enterobacteria (Klebsiella pneumoniae, Kl. oxytoca, Ent. cloacae, C. freundii etc.) Streptococcus agalactiae KN stafylokoky (S. epidermidis, S. saprophyticus, S. haemolyticus etc.) kvasinky (hl. Candida albicans) Etiologie komplikovaných MI asi 80 %: Escherichia coli Klebsiella pneumoniae Proteus mirabilis Pseudomonas aeruginosa enterokoky ostatní: další enterobakterie acinetobactery další G-neg. nefermentující tyčinky candidy Lege artis odběr vzorku moči • Po pečlivém omytí genitálu vč. zevního ústí uretry mýdlem a vodou • Pouze střední proud moči • Sterilní nádobka • Přelít do sterilní zkumavky • Zpracovat během 2hodin, jinak do 4 °C po 18 hodin nejvýše Semikvantitativní vyšetření moči– I Hodnotíme § nejen druh mikroba v moči, ale hlavně množství mikrobů Proč stanovujeme počet mikrobů v 1 ml moči? Protože § Vysoké počty znamenají MI § Nízké počty obvykle značí kontaminaci Semikvantitativní vyšetření moči – II Moč se inokuluje na kultivační půdy pomocí kalibrované kličky - 1 μl moči Tedy: 1 kolonie znamená 10^3 CFU/ml 10 kolonií znamená 10^4 CFU/ml 100 kolonií znamená 10^5 CFU/ml (CFU = colony-forming unit = 1 baktérie/kvasinka) Signifikantní koncentrace baktérií v moči Řešení 3 Paulus Peeter Rubens (1577-1640): Bohyně Hygiena (1615) Paulus Peeter Rubens (1577-1640) Kdo je autorem? 4 Původci klasických pohlavně přenosných infekcí Klasické STD § Gonorrhoea (kapavka) Neisseria gonorrhoeae § Syphilis (lues) Treponema pallidum § Měkký vřed (ulcus molle) Haemophilus ducreyi § Lymphogranuloma venereum Chlamydia trachomatis L[1], L[2], L[2a], L[3] Kapavka ♂ § Urethritis § Epididymitis ♀ § Cervicitis § Urethritis § Bartholinitis § Endometritis § Salpingitis, adnexitis (PID, pelvic inflammatory disease) → sterilita! GO: další lokalizované infekce ♂ a ♀ proctitis pharyngitis blenorrhoea neonatorum ♀ peritonitis (Fitz-Hugh syndrome) perihepatitis (Curtis syndrome) GO: diseminované infekce ♂ & ♀ § kůže (pustulae), klouby (purulentní artritis zápěstí, kolena, kotníku), nebo tendosynovitis § monoartikulární septická artritis § endocarditis (vzácně) § meningitis (vzácně) GO: komplikace ♂ prostatitis periuretrální absces ♀ cervicitis chronica tuboovariální absces adnexitis chronica → sterilita graviditas extrauterina GO: laboratorní diagnostika – I Přímý průkaz: mikroskopie kultivace molekulární biologie Vzorky: ♂ uretra ♀ cervix, uretra podle situace: rectum, pharynx GO: laboratorní diagnostika – II § vždy 2 stěry první inokulace přímo na média (temperovaná), nebo do transportního média, transport při pokojové teplotě, ze druhého nátěr na sklíčko § Mikroskopie (Gram): zásadní hlavně při akutní kapavce GO: laboratorní diagnostika – III Media pro gonokoky: čokoládový agar čerstvé (vlhké), CO[2],[ ] odečet za 24 a 48 hod. Identifikace: § biochemie (oxidáza +, glukóza+, maltóza -) § serologie (sklíčková aglutinace) § PCR aj. Terapie kapavky Ceftriaxon nebo ciprofloxacin …..mnoho kmenů N. gonorrhoeae rezistence na peniciliny & tetracykliny Syfilis: průběh syfilis = systémová choroba! Časná: primární (ulcus durum) sekundární (rash) časná latentní Pozdní syfilis: latentní terciární (gummata, aortitis, paralysis progressiva, tabes dorsalis) Vrozená syfilis: časná a pozdní Syfilis: laboratory dg – I Přímý průkaz: zástin PCR imunofluorescence Nepřímý průkaz (sérologie): Dva typy testů: s nespecifickým antigenem (kardiolipin) se specifickým antigenem (Treponema pallidum) Syfilis: laboratorní dg. – II Netreponemální testy (kardiolipin): RRR, VDRL, RPR Treponemální testy: TPHA, ELISA, WB, FTA-ABS Měkký vřed (ulcus molle) Haemophilus ducreyi, tropy průběh: genitální vřed (snazší přenos HIV) & purulentní lymfadenitis Dg.: jen kultivace na obohacených médiích (čokoládový agar se suplementy), 3 dny ve 33 °C a v 10% CO[2] Lymfogranuloma venereum Chlamydia trachomatis serotypy L[1], L[2], L[2a], L[3][] [ ] Tropy a subtropy Průběh: purulentní lymfadenitis & lymphangoitida a píštělemi & jizvami Dg.: hlavně serologie – KFR Homework 4 – solution Gerrit van Honthorst (1590-1656): Dentist (1622) Další STD, jiné než klasické • Papillomaviry • Chlamydiae • Kvasinky další STD: HBV HCV HIV HSV 2 Mycoplasma & Ureaplasma Gardnerella vaginalis Klebsiella granulomatis Trichomonas vaginalis Sarcoptes scabiei Phthirus pubis Papilomaviry Genotypy 6, 11 a další: jak ♂ & ♀: anogenitální bradavice (condylomata accuminata) Genotypy 16, 18 a další ♀: infekce cervixu → Ca Vakcinace! Dg. Molekulární metody Chlamydie Chlamydia trachomatis serotypy D - K ♂: nongonokoková & postgono. uretritis ♀: cervicitis → blenorrhoea neonatorum Terapie: makrolidy a tetracykliny Lab. dg: přímá: detekce antigenu detekce DNA kultivace (tkáňová kultura) nepřímý průkaz (serologie): pomocná metoda, nižší význam Kvasinky Candida albicans ♂: balanoposthitis ♀: vaginální mykóza (candidosis, vulvovaginitis) Terapie: topické imidazoly (clotrimazol) systémové triazoly (fluconazol) Lab. dg: mikroskopie kultivace (Sabouraudův agar) Trichomonády Trichomonas vaginalis (bičíkovec) ♂: 0 ♀: vaginitis, cervicitis, urethritis Terapie: metronidazol (oba partneři) Lab. dg: mikroskopie (nativní, Giemsa) & kultivace na speciálních médiích Mycoplasmata Mycoplasma hominis Ureaplasma urealyticum ♂ & ♀: uretritis ♀: poporodní horečka, PID? Terapie: makrolidy a tetracykliny Lab. dg.: přímý – kultivace na speciálních médiích Gardnerely Gardnerella vaginalis ♂: 0 ♀: bakteriální vaginosis Terapie: metronidazol Lab. dg: přímý průkaz – „fish odour test“ mikroskopie („clue cells“) kultivace - spec. půdy Viry působící STD – HSV 2 Herpes simplex virus 2 ♂ & ♀: herpes genitalis, primární rekurentní Terapie: acyclovir Lab. dg: izolace na TK detekce DNA pomocí PCR sérologie (prim.infekce) Viry působící STD – HBV Hepatitis B ♂ & ♀: virová hepatitis B, akutní a chronická § rekombinantní vakcína (HBsAg) Terapie: chronická VHB: interferon Lab. dg: HBsAg, anti-HBs HBeAg, anti-HBe anti-HBc HBV DNA HCV Hepatitis C virus ♂ & ♀: virová hepatitida C, akutní a chronická Terapie: interferon + ribavirin Lab. dg: detekce virové RNA detekce protilátek (anti-HCV) HIV Human immunodeficiency virus (HIV-1 and HIV-2) ♂ & ♀: AIDS (acquired immunodeficiency syndrome) Terapie: kombinace HAART = highly active antiretroviral treatment Lab. dg: detekce protilátek (& konfirmace) speciální testy: detekce antigenů viral load Parazité působící STD Sarcoptes scabiei ♂ & ♀: scabies (svrab) Terapie: antiscabiotika (permetrin, lindan) Lab. dg: mikroskopie z kůže Phthirus pubis (muňka) ♂ & ♀: pediculosis pubis (phthiriasis) Terapie: lindan Lab. dg: parazit či vajíčka Řešení 4 Gerrit van Honthorst (1590-1656): Zubař (1622) Původci infekcí ran Běžné povrchové rány • Staphylococcus aureus • Streptococcus pyogenes • beta-hemolyticé streptokoky (hlavně G, F, C) ! Cizí těleso v ráně (tříska apod.) a hluboká kontaminovaná rána („vpich vidlemi s koňským trusem“): Clostridium tetani Zhmožděné rány • Klostridiové myonekrózy (Clostridium perfringens, C. septicum, C. novyi, C. histolyticum) anaerobní traumatózy = plynatá sněť • Clostridium tetani Rány vzniklé ve vodě • Sladkovodní: Pseudomonas aeruginosa Aeromonas hydrophila a další pseudomonády a aeromonády • Slaná: Vibrio parahaemolyticus, V. vulnificus Mycobacterium marinum (též sladkovodní bazény a akvária apod.) Chirurgické rány Staphylococcus aureus koaguláza-negativní stafylokoky (hl. Staphylococcus epidermidis) Enterobacteriaceae (Escherichia coli, Proteus mirabilis) Streptococcus pyogenes anaeroby (Peptostreptococcus micros, Peptostreptococcus anaerobius, Bacteroides fragilis) Popáleniny Pseudomonas aeruginosa Staphylococcus aureus Streptococcus pyogenes a další streptokoky enterokoky kandidy a aspergily Rány kousnutím - člověk zástupci orální mikroflóry - „ústní streptokoky“ (Streptococcus sanguinis, S. oralis, S. anginosus) - anaeroby (Fusobacterium nucleatum ssp. nucleatum, Porphyromonas gingivalis) Staphylococcus aureus Pokousání zvířetem Pasteurella multocida (kočky, psi) Staphylococcus aureus Capnocytophaga canimorsus (pes) Streptobacillus moniliformis (krysa) Spirillum minus (myš, krysa, pes, kočka ) Další poranění zvířaty Francisella tularensis (hlodavci, zajíci – tularémie) Bartonella henselae (nemoc z kočičího škrábnutí) Kdo je autorem? Etiologie infekcí ran, měkkých tkání, kostí a kloubů - SOUHRN Diagnostika • Stěr z rány AMIES • Punktát v injekční stříkačce • Excize • Nátěr na sklíčko • Anaerobní kultivace • Mikroskopie, kultivace – 10 % NaCl agar Infekce měkkých tkání, kostí a kloubů Osteomyelitidy • 90 % akutních S.aureus – hnisavý aspirát a krev na hemokulturu • Chronická – píštěl, kultivace hnisu nebo granulační tkáně – etiologie S.aureus, anaeroby, G-tyčinky, M.tuberculosis • Chirurgické řešení Artritidy • Hnisavé – S.aureus, Y.enterocolitica, děti H.influenzae, N.gonorrhoeae • Kloubní náhrady – kožní flóra • Virové – nehnisavé – též para a postinfekční • Po očkování • Kloubní punktát a hemokultura, kultivace granulační tkáně, anaerobní kultivace, kultivace na ČA Původci infekcí kůže Infekce s kožnímy symptomy • primární • sekundární infekce porušené kůže • Kožní příznaky systémových infekcí Etiologie: - bakteriální - virové - plísňové - parazitární Primární akutní bakteriální infekce kůže – I acne vulgaris – Propionibacterium acnes carbunculus nuchae – Staphylococcus aureus ecthyma gangraenosum – Pseudom. aeruginosa Primární akutní bakteriální infekce kůže – Ib ! erysipelas – Streptococcus pyogenes erysipeloid – Erysipelothrix rhusiopathiae Primární akutní bakteriální infekce kůže – Ic erythema migrans – Borrelia burgdorferi erythrasma – Corynebacterium minutissimum Primární akutní bakteriální infekce kůže – IIa folliculitis - Staph. aureus, - P. aeruginosa furunculosis - Staph. aureus hidradenitis suppurativa - Staph. aureus Primary acute bacterial skin infections – IIb hordeolum (ječné zrno) – Staph. aureus Impetigo – Staph. aureus, - Str. pyogenes lymphangoitis – Strept. pyogenes Primary acute bacterial skin infections – IIc panaritium – Staph. aureus paronychium – Staphylococcus aureus sycosis barbae – Staphylococcus aureus Primární chronické bakteriální infekce kůže actinomycosis – Actinomyces israelii chronický podkožní absces – A. israelii, Nocardia asteroides, Rhodococcus equi kožní granulomy – Mycobacterium marinum, M. haemophilum, M. chelonae lepra – Mycobacterium leprae lupus vulgaris – Mycob. tuberculosis scrofuloderma – M. tuberculosis, M. bovis Řešení Edvard Munch (1863-1944): Smrt v pokoji Sekundární infekce kůže • dekubity, trofický vřed – okolní endogenní flóra (stafylokoky, streptokoky, enterokoky, střevní tyčinky, pseudomonády a další Gram-negativní nefermentující tyčinky, anaeroby, kvasinky) • infikované intertrigo – S. aureus, P. acnes • sec. inf. dermatomykózy – S. pyogenes • Infikované rány Kožní příznaky systémových bakteriálních infekcí • roseola (rash u tyfu) – Salmonella Typhi • diseminovaná kapavka – Neisseria gonorrhoeae • infekční endokarditis – sepse • meningococcemia – Neisseria meningitidis • spála (scarlatina) – Streptococcus pyogenes • SSSS (staphylococcal scalded skin syndrome) – Staphylococcus aureus • syndrom toxického šoku – S. aureus, S. pyogenes • syfilis – Treponema pallidum Etiologie kožních mykotických infekcí Etiologie se liší: • povrchové – Malassezia furfur • mukokutánní – Candida albicans • kožní – typicky dermatofyty • subkutánní • oportunní Etiologie kožních mykóz tinea pedis – Trichophyton rubrum, Trich. mentagrophytes var. interdigitale, Epidermophyton floccosum onychomycosis – T. rubrum, E. floccosum tinea corporis – T. rubrum, Microsporum canis, M. gypseum, T. mentagrophytes var. mentagrophytes, E. floccosum tinea capitis – M. gypseum, M. canis, M. audouinii, T. mentagrophytes var. mentagrophytes, T. tonsurans favus – Trichophyton schoenleinii Kožní symptomy virových chorob – I Makulární exantém: morbilli – morbilli virus, Morbillivirus genus rubella – rubella virus, Rubivirus genus erythema infectiosum (the fifth disease) – parvovirus B19, Erythrovirus genus exanthema subitum (roseola infantum, šestá nemoc) – HHV 6, Roseolovirus genus Kožní symptomy virových chorob – II Puchýřky: • herpes simplex (OPAR) – HSV 1, Simplexvirus • herpes genitalis – HSV 2, Simplexvirus • varicella (plané neštovice) – varicella-zoster virus, VZV, Varicellovirus • herpes zoster (pásový opar) – varicella-zoster virus, VZV, Varicellovirus • variola vera (neštovice) – variola, Orthopoxvirus Kožní symptomy virových chorob – IV Petechiae: Hemoragické horečky – Ebola, Marburgská nemoc, horečka Lassa fever Generalizovaná kongenitální CMV infekce – cytomegalovirus, Cytomegalovirus genus Kožní příznaky u parazitóz • scabies – Sarcoptes scabiei • pediculosis capitis – Pediculus capitis • pediculosis corporis – Pediculus humanus (syn. Pediculus corporis) • pediculosis pubis (phthiriasis) – Phthirus pubis Zkouška • Leden, únor • Max. 10 studentů • Protokoly s sebou • Krátká příprava • Stručná odpověď • Diskuse • Oděv