Systémy HACCP mohou být certifikovány podle mezinárodních norem (aktuálně norma ISO 22000), avšak veškeré aktivity spojené s certifikacemi systémů jsou nepovinné a přesahují rámec platné legislativy. Význam spočívá především ve snahách o ještě větší důvěryhodnost podniků a zařízení, které jsou v případě úspěšných certifikačních procesů pod kontrolou institucí, které certifikační značky žadatelům propůjčují.

Principy certifikace jsou také také obecným doporučením, které navazují na strategické cíle programu Zdraví 2020, a to dosažení vysokého standardu v prevenci přenosu infekčních onemocnění potravinami.