KLINICKÁ MIKROBIOLOGIE- SHRNUTÍ M. Hanslianová A. Ševčíková OKM FN Brno Logo Klinická mikrobiologie ¡Zajišťuje diagnostiku infekčních onemocnění vyvolaných baktériemi, viry, parazity a mykotickými agens ¡ ¡Stanovuje citlivost/rezistenci mikrobiálních agens k antimikrobiálním látkám ¡ ¡Ve spolupráci s klinickými lékaři poskytuje konzultace k mikrobiologického nálezu a konzultace k antimikrobiální terapii Preanalytická fáze ¡Správný výsledek mikrobiologického vyšetření začíná lsprávným odběrem biologického materiálu lsprávným transportem do mikrobiologické laboratoře Obecné zásady ¡Správná volba vzorku ¡Správný odběr lze správného místa lve správnou dobu lsprávným způsobem ldo správných souprav ¡Správné označení odběrové nádoby a žádanky ¡Správné zasílání do laboratoře l ¡ Speciální požadavky lLikvor lSputum lBAL lVýtěr z krku, nosu, nosohltanu, laryngeální výtěr lHnis, punktát lVýtěry z ran a hnisavých lézí lVýtěry z pochvy lStolice ¡ Speciální požadavky lKrev na hemokulturu ¡Doba odběru ¡Čas odběru ¡Místo odběru ¡Množství odebrané krve ¡Počet lahviček Speciální požadavky ¡ ¡Vzorky na mykologické vyšetření lslizniční a orgánové mykózy lpovrchové mykózy (kožní šupiny, seškraby z nehtů, vlasy, chlupy) l ¡Vzorky na parazitologické vyšetření lprůkaz střevních, krevních parazitů lpoševní, uretrální sekret Virologické vyšetření ¡Nepřímý průkaz – průkaz protilátek lrespirační infekce (chřipky, RS, Mycopl. pn.) lneuroinfekce (KE, HSV, varicella-zoster) lexantematické infekce (zarděnky spalničky, mononukleóza, HSV, varicella-zoster) lostatní (hepatitidy A,B,C, CMV, EBV, parotitida, HIV) ¡Přímý průkaz lantigenů lizolace viru lPCR Speciální požadavky ¡Transport materiálu ¡ lideálně do 2 hodin po odběru lpři pokojové teplotě lna tajícím ledu ¡ ¡Výtěr z krku vAMIES ¡Vyšetření na toxin Clostridium difficile vKusová (tekutá) stolice ¡PCR vyšetření vSuchý tampon Vyšetření biologického materiálu v laboratoři ¡Kontrola a zavedení do systému ¡ ¡Stanovení pravděpodobného původce infekce Vyšetření biologického materiálu ¡Mikroskopie ¡Kultivace ¡Průkaz antigenů, toxinů ¡Průkaz metabolitů Helicobacter pylorii (ureáza) ¡Průkaz nukleových kyselin (PCR) ¡Průkaz protilátek (nepřímý průkaz) Mikroskopie vNativní preparát ¡Trichomonas vaginalis vBarvený preparát ¡Barvení dle Grama ¡Barvení dle Giemsy ¡Barvení dle Ziehl- Nielsena ¡Barvení spor ¡Barvení pouzder ¡Fluorescenční barvení ¡ ¡ Barvení podle Grama ¡Hans Christian Joachim Gram, 1884 ¡ ¡Dělí bakterie do dvou základních skupin ¡ lGrampozitivní G +, modrofialové lGramnegativní G -, růžovočervené l Dánský bakteriolog Barvení podle Grama-Gramnegativní P1010132 Barvení podle Grama- význam ¡Diagnostické barvení – základ klasifikace a taxonomie bakterií ¡ ¡Možnost okamžité a racionální antibiotické terapie Mikroskopie hemokultur, sputa Fluorescenční barvení ¡Pomocí fluoreskujícího barviva ¡Imunofluorescence lNa hledaný antigen se naváže protilátka označená fluoreskujícím barvivem ¡Pozorování pomocí fluorescenčního mikroskopu Fluorescenční barvení ¡ fapos Kultivační průkaz ¡Základní mikrobiologický postup ¡Cílem je získat mikroba z klinického materiálu v čisté kultuře ¡Identifikovat ho ¡Určit citlivost k antibiotikům ¡ ¡Kultivační půdy (tuhé, tekuté, diagnostické, selektivní, selektivně diagnostické…) ¡Očkování biologického materiálu ¡Diagnostická antibiotika ¡Kalibrované kličky Kultivační půdy vTekuté:masopeptonový bujon vTuhé: ¡Krevní agar ¡Čokoládový agar ¡Levinthalův agar ¡Mc Conkey agar (Endova půda) ¡Sabouraudův agar ¡Desoxycholát – citrátový agar ¡Chromagary ¡ ¡ Podmínky kultivace ¡Dostatečná vlhkost prostředí ¡Optimální teplota - 37° C (4° C, 40° C) ¡Optimální pH půdy – 7,2 – 7,4 ¡Dostatek vhodných živin ¡Vhodné plynné prostředí (aerobní, anaerobní, mikoraerofilní kultivace, zvýšená tenze CO²) Anaerostat P1010162 Identifikace bakterií ¡Podle morfologie ¡Podle růstových vlastností ¡Hmotnostní spektrometrie (MALDI) ¡Podle biochemických vlastností lSelektivní půdy lKomerční diagnostické soupravy ¡Podle antigenní struktury lLatexová aglutinace l ¡ Úskalí dokonalé identifikace ¡Stafylokoky koaguláza negativní a jejich různá jména ¡Jiné- Finegoldia magna Biochemická identifikace bakterií P1010151 Průkaz antigenů ¡Latexová aglutinace ¡Rychlá vyšetřovací metoda l ¡Nález primárního patogena- většinou jednoznačná situace (Neisseria gonorrhoeae) ¡ ¡Nález oportunního patogena- nutná komunikace s klinikem!! ¡ častější situace Stanovení citlivosti k antibiotikům ¡ ¡Disková difúzní metoda ¡ ¡Stanovení hodnot MIC antibiotika vůči danému mikroorganismu ¡ ¡Semikvantitativní metody (mykoplazmata, ureoplazmata) přelévaný test destička MIC 2 Průkaz nukleových kyselin (PCR) ¡Polymerázová řetězová reakce (Polymerase Chain Reaction) ¡Možnost průkazu mikroba i při kultivační negativitě (meningitidy, infekce TEP) ¡Průkaz nekultivovatelných nebo pomalu rostoucích agens ¡Riziko kontaminace Průkaz protilátek ¡Průkaz odezvy makroorganismu na infekční agens ¡ELISA, komplementfixační reakce, automaty ¡Obtížně kultivovatelné baktérie (chlamydie, borélie) ¡mykologie ¡ ¡Spolupráce mikrobiologa s klinikem a jejich vzájemná komunikace linformace o konkrétním pacientovi lkonzultace mikrobiologického nálezu lkonzultace antibiotické terapie ¡Spolupráce mikrobiologa s epidemiologem Septické stavy Jednotka intenzivní péče. Nemocnice. Nemocniční lůžko. Ilustrační foto - ilustrační foto ¡ Sepse ¡Primární – patogen jen v krevním řečišti – po i.v. aplikaci léčiv, drog ¡Sekundární – v těle je primární ložisko a sekundárně se patogeny vyplaví do krevního oběhu ¡Katetrové – původce pochází z kolonizace zavedeného cévního katetru Původci sepse ¡Ranné sepse – Streptococcus pyogenes, Staphylococcus aureus ¡Urosepse – Escherichia coli ¡Intraabdominální sepse – enterobakterie, anaeroby ¡Nosokomiální sepse – Pseudomonas aeruginosa, enterobakterie s produkcí beta-laktamáz, kvasinky, Staphylococcus koaguláza negativní Infekce centrálního nervového systému ¡ OFF1ab604_brain Infekce centrálního nervového systému ¡Zdroj lHematogenní – meningokoky lPer continuitatem – pneumokoky, hemofily lPodél nervů – virus herpes simplex, virus vztekliny lPřímo – při poranění hlavy ¡ Meningitidy ¡Meningitidy aseptické – virové lEnteroviry, virus herpes – simplex, varicella-zoster, virus klíšťové menigoencefalitidy ¡Meningitidy purulentní lStreptococcus agalactiae, Haemophilus influenzae, Neisseria meningitidis, Streptococcus pneumoniae, Listeria monocytogenes ¡ l Meningitidy ¡Chronické meningitidy lMycobacterium tuberculosis (bazilární meningitida), lCryptococcus neoformans lListeria monocytogenes Mozkový absces ¡ mabsc1e Mozkové abscesy ¡Akutní – bakteriální lSmíšená aerobní a anaerobní flóra, Staphylococcus aureus, nokardie ¡Chronické – bakteriální, mykotické, parazitární lMycobacterium tuberculosis, Nocardia asteroides lCryptococcus neoformans, Aspergillus spp. lCysticerkosa (Taenia solium), echinokokosa l Respirační infekce ¡Infekce nosu a nosohltanu lRýma, zánět nosohltanu ¡Rhinoviry,koronaviry ¡Haemophilus influenzae, Staphylococcus aureus,Streptococcus pneumoniae ¡Nosičství ¡Neisseria meningitidis 506671 Infekce dutiny ústní a mandlí ¡Virové lRhinoviry, koronaviry, adenoviry, EB virová tonsilitida, herpangína ¡Bakteriální : angína lStreptococcus pyogenes, Corynebacterium diphteriae, anaerobní Plautova-Vincentova ¡Kvasinkové lsoor Tonsillitis Infekce středního ucha a vedlejších nosních dutin ¡Akutní zánět středního ucha a dutin lRespirační viry lbakteriální: Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae, Branhamella catharralis, Staphylococcus aureus, Streptococcus pyogenes, Bacteroides spp., Peptostreptococcus spp. Infekce středního ucha a vedlejších nosních dutin ¡Chronické ¡ lbakteriální: Pseudomonas aeruginosa, Proteus mirabilis, peptostreptokoky Infekce příklopky hrtanové ¡Epiglottitis ¡ lHaemophilus influenzae typ b Infekce laryngu a trachey ¡Virové lViry influenzy, parainfluenzy, RS virus ¡Chlamydia pneumoniae, Mycoplasma pneumoniae ¡Bakteriální lCorynebacterium diphteriae, ostatní infekce sekundární po virech Infekce bronchů ¡Virové lViry chřipky, adenoviry, RS virus ¡Bakteriální lprimární: Mycoplasma pneumoniae, Chlamydia pneumoniae, Bordetella pertussis lSekundární: Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae, Branhamella catharralis, Staphylococcus aureus, Pseudomonas aeruginosa, Burkholderia cepacia Infekce plic ¡Akutní zánět ¡ lChřipka A,B, RS virus lMycoplasma pneumoniae, Chlamydia pneumoniae lStreptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae, Staphylococcus aureus, Branhamella catarrhalis, Klebsiella pneumoniae Infekce plic u oslabených jedinců ¡Enterobakterie – Klebsiella pneumoniae ¡Legionella pneumophila ¡Pneumocystis jirovecii ¡Nocardia asteroides ¡Aspergillus spp. ¡Cytomegalovirus ¡ Ventilátorové pneumonie ¡Časné lStreptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae, Staphylococcus aureus, Branhamella catharralis ¡Pozdní lKlebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa Infekce ran ¡Povrchové zranění – Staphylococcus aureus, Streptococcus pyogenes ¡ ¡Anaerobní traumatosy – Clostridium perfringens, Clostridium septicum, Clostridium tetani (toxin) Infekce operačních ran ¡Infekce endogenní – z okolí rány, ze střeva: ¡ Staphylococcus aureus, Streptococcus pyogenes, čeleď Enterobacteriacae, Bacteroides sp. ¡ Infekce endogenní (nozokomiální): ¡ Klebsiella pneumoniae, Enterobacter sp., Pseudomonas aeruginosa ¡ ¡ Infekce po kontaktu se zvířetem ¡Pokousání - ústní mikroflóra zvířete lStaphylococcus aureus, Pasteurella multocida, Capnocytophaga canimorsus lVzteklina ¡Kontakt bez kousnutí (zoonózy) ¡ – Francisella tularensis, Erysipelothrix rhusiopathiae, Bartonella henselae ¡ Osteomyelitidy ¡Akutní: Staphylococcus aureus, Streptococcus pyogenes, Haemophilus influenzae, Salmonella spp. ¡Chronická: Pseudomonas aeruginosa, enterobakterie, Mycobacterium tuberculosis Infekce kůže ¡Bakteriální lImpetigo: Staphylococcus aureus, Streptococcus pyogenes lFolliculitis : Staphylococcus aureus lAcne vulgaris: Propionibacterium acne lErysipel: Streptococcus pyogenes l Bakteriální infekce projevující se na kůži ¡Produkce toxinů způsobujících vyrážky: lSpála – Streptococcus pyogenes lSyndrom toxického šoku – Staphylococcus aureus ¡Neisseria meningitidis disseminovaná intravaskulární koagulopatie ¡Erytema chronicum migrans – Borrelia spp. ¡ Virová onemocnění projevující se na kůži ¡Exantematické virózy lSpalničky, zarděnky, erytema infectiosum (5.dětská nemoc, parvovirus B19), exantema subitum (HHV 6) ¡Vesikulární exantém (puchýřky) lHerpesviry, poxviry ¡Bradavice lPapillomaviry ¡Petechie lHemoragické horečky (Lassa, Ebola, u nás Hantaan) Kožní mykosy ¡Candida albicans – intertrigo, vulvovaginitida, soor ¡ ¡Dermatofyta – tinea pedis (Trichophyton rubrum) Parazitární onemocnění kůže ¡Svrab ¡ ¡Pedikulóza – zavšivení ¡ ¡Poštípání členovci Infekční průjmy ¡Bakteriální lSalmonely, shigely, kampylobaktery, yersinie lEnterotoxická, enteroinvazivní enterohemoragická Eschericha coli lToxin Clostridium difficile lAeromonas spp., Plesiomonas shigeloides l Infekční průjmy ¡Virové lRotaviry, adenoviry, kaliciviry (Norwalk), astroviry, noroviry ¡Parazitární lGiardia lamblia, Entamoeba hystolytica, Cryptosporidium parvum Otravy z potravin ¡Bakterie vylučující toxiny ¡ lStaphylococcus aureus, Bacillus cereus, Clostridium botulinum Močové infekce ¡Escherichia coli, Enterococcus faecalis, Streptococcus agalactiae ¡Chlamydia trachomatis, Ureaplasma urealyticum, Mycoplasma hominis ¡Candida albicans ¡Trichomonas vaginalis Sexuálně přenosné infekce ¡Bakteriální lNeisseria gonorrhoeae, Treponema pallidum,(Haemophilus ducrey, Calymmatobacterium granulomatis) ¡Chlamydia trachomatis ¡Virové lHIV, HSV 2, papilomaviry, molluscum contagiosum, Hepadnavirus (hepatitida B) ¡Parazitární lTrichomonas vaginalis, ektoparazité ¡ Infekce v souvislosti s těhotenstvím ¡Virové infekce se závažným průběhem lHepatitida E, chřipka ¡Bakteriální infekce lStreptococcus pyogenes (porod či potrat, horečka omladnic), Staphylococcus aureus, Streptococcus agalactiae (mastitidy) Infekce plodu a novorozence ¡Vrozené lVirové: zarděnky, cytomegalovirus,varicella-zoster, HIV lBakteriální: syfilis, listeriosa lParazitární: toxoplasmosa Infekce plodu a novorozence ¡Perinatální a neonatální lBakteriální: Neisseria gonorrhoeae, Streptococcus agalactiae, Listeria monocytogenes lChlamydia trachomatis lVirové: hepatitida B, HIV, Nosokomiální infekce ¡Nákazy získané v souvislosti s pobytem ve zdravotnickém zařízení ¡Endogenní – infekce vlastní mikroflórou ¡Exogenní – infekce zavlečená zvenčí (ruce personálu) Nosokomiální infekce ¡Bakteriální lBakterie citlivé na ATB lBakterie rezistentní na ATB ¡Selekce rezistentních kmenů působením ATB na citlivé kmeny lMRSA, VRE, Pseudomonas aeruginosa, Stenotrophomonas maltophilia ¡Indukce tvorby betalaktamáz působením ATB lŠirokospektré batalaktamázy, induktivní betalaktamázy l Nosokomiální infekce ¡Virové lHepatitidy, rotaviry, adenoviry ¡Parazitární lRoupy, svrab Kasuistika ¡ ¡Pacient VCH, 1960 ¡Přijatý v březnu 2015 pro bolesti zad, crp 275, leukocytóza, febrílie ¡Paraplegik po autonehodě, kovový materiál na rozhraní Th a L páteře ¡Bolesti zad: ØRanná infekce ØSpondylodiscitida ØInfekce ledvin ØInfekce v dutině břišní (pankreas) ØInfekce v malé pánvi (gynekologické infekce) Kasuistika ¡Paraplegik po autonehodě, kovový materiál na rozhraní Th a L páteře ¡ ¡Odběr biologického materiálu: ØHemokultivace ØMoč Ø BactAlert 1 Kasuistika ¡ ¡Diagnostikována spondylodiscitida v oblasti Th páteře ¡Hemokultura? ¡Empirická antibiotická terapie? ¡Původce? ¡ Staphylococcus aureus představuje nejčastější mikrobiální agens vyvolávající spondylodiscitidu. Lze jej předpokládat zejména u spondylodiscitid anamnesticky spojených se stafylokokovou infekční endokarditidou, u pacientů s předchozí katétrovou infekcí krevního řečiště, nebo infekcí kůže a měkkých tkání v anamnéze. Rizikovou skupinu pro spondylodiscitidu vyvolanou Staphylococcus aureus představují také nitrožilní narkomani. U pacientů s touto předpokládanou etiologií je pro empirickou terapii doporučený oxacilin v kombinaci s gentamicinem. ¡Anamnéza: ¡ ØInfekční fokus (kariézní chrup, abscesy, IE…) ØPředchozí infekce (infekce spojené se zavedením CVK, uroinfekce, jiné infekce spojené a bakterémií…) ¡Anamnéza: Ø11-12/2014 hospitalizován pro absces v ledvině ØNefrektomie ØRevize pro krvácení do lůžka po ledvině Ø11/2014 pozitivní hemokultura s nálezem Klebsiella pneumoniae s ESBL produkcí Kasuistika ¡Vstupně nasazený potencovaný aminopenicilin (Augmentin) ¡Pro vysokou suspekci na klebsielovou etiologii spondylodiscitidy doporučena terapie meropenemem ¡Monoterapie- solitární ledvina s horší funkcí, kreatinin 370 umol/l, alergie na ciprofloxacin Kasuistika ¡Kultivace: půdy, inokulum, antibiotické disky ¡Atmosféra, doba kultivace ¡Hodnocení: identifikace mikroorganismu a stanovení citlivosti Kasuistika ¡Pozitivní hemokultura s nálezem Klebsiella pneumoniae s ESBL produkcí ¡Ponechána terapie meropenem + přidaný amikacin v redukovaných dávkách ¡Pokles hodnot crp i leu, stabilizace stavu Kasuistika ¡Délka terapie? ¡Perorální pokračování terapie? ¡Ertapenem? (OPAT- zatím ne v ČR) ¡P.o. tetracyklin? Kasuistika ¡Hospitalizace pokračuje….. 1582 Kasuistika ¡Opakovaná antibiotická konzultace ØPacient s crp opět 270, zhoršení stavu ØKlindamicin v terapii osteomyelitidy v kombinaci s amikacinem ØPo CDI (Clostridium difficile) ØKl.pneumoniae ESBL ze sputa ØMRSA z hrudních drénů ØPolyrezistentní Pseudomonas aeruginosa z moči Ø Kasuistika ¡Původce spondylodicitidy zřejmě ne S.aureus, tedy zbytečný klindamycin ¡Riziko clostridiové kolitidy ¡Amikacin není vhodný v monoterapii plicních infekcí ¡Amikacin není vhodný v monoterapii stafylokokových infekcí Kasuistika ¡Opět doporučený do terapie meropenem ¡ ¡Výhled pacienta? ¡ ¡Klinická mikrobiologie – spolupráce mikrobiologa s klinickým lékařem ¡ ¡Na konci/ na začátku každého mikrobiologického vyšetření je nemocný člověk Děkuji za pozornost confused