HGVS-NOMENKLATURA
üautorizovaná Human Genome Variation Society (HGVS), the Human Variome Project (HVP), Human Genome
Organization (HUGO)
Ømezinárodní standard pro pojmenovávání sekvenčních variant nalezených v DNA, RNA či proteinech
publikace DEN DUNNEN, Johan T., Raymond DALGLEISH, Donna R. MAGLOTT, et al. HGVS Recommendations
for the Description of Sequence Variants: 2016 Update. Human Mutation [online]. 2016, 37(6),
564-569 [cit. 2019-04-05].
DOI: 10.1002/humu.22981. ISSN 10597794.
Dostupné z: http://doi.wiley.com/10.1002/humu.22981
online verze http://www.HGVS.org/varnomen

DŮVODY PRO ZAVEDENÍ
!vlastní pravidla vedou jen ke zmatkům a chybám!
üsprávné označení varianty zamezí nedorozuměním

HLAVNÍ PRAVIDLA
1)Pravidlo číslo jedna: užívej oficiální symboly (HGNC pro geny)!
„Pravidlo číslo nula“:
Dodržuj doporučení a netvoř si vlastní pravidla!
3)Pravidlo číslo tři: Vždy uveď typ sekvence na níž variantu pojmenováváš!
2)Pravidlo číslo dvě: Vždy uváděj referenční sekvenci! (číslo i verzi)

KLÍČOVÉ MOLEKULY MOLEKULÁRNÍ GENETIKY
https://www.khanacademy.org/science/high-school-biology/hs-molecular-genetics/hs-rna-and-protein-sy
nthesis/a/hs-rna-and-protein-synthesis-review

NM_000020.2:c.[1232G>A];[=]
číslo a verze refseq
předpona – dle typu refseq
pozice změny
popis změny jako takové

REFERENČNÍ SEKVENCE (RefSeq)
•veřejně dostupná, ověřená sekvence NK či proteinu
•představuje aktuálně nejspolehlivější zdroj sekvence považované za standardní sekvenci dané
molekuly
•
Ø„ta sekvence, vůči které hledáme odchylky
 u vyšetřovaných vzorků“

NM_000020.2:c.[1232G>A];[=]
číslo a verze refseq
předpona – dle typu refseq
pozice změny
popis změny jako takové

>

TYP REFERENČNÍ SEKVENCE
•DNA
•A,T,C,G
•g. (genomická) vs c. (kódující)
•RNA
•a,u,c,g
•r.
•PROTEIN (většinou odvozeno)
•jednopísmenné/třípísmenné zkratky amk
•p.
•
Související obrázek

NM_000020.2:c.[1232G>A];[=]
číslo a verze refseq
předpona – dle typu refseq
pozice změny
popis změny jako takové

>

ČÍSLOVÁNÍ REZIDUÍ
•nukleotid 0 neexistuje!
-3, -2, -1, 1, 2, 3, 4
•začátek 1
•u genomické sekvence 1 = první nukleotid daného souboru
•u kódující DNA 1 = A start kodonu ATG
•
•nepřekládané oblasti
•před start kodonem ATG přidáváme mínus
-3, -2, -1, A, T, G
•za terminačním kodonem přidáváme *
STOP, *1, *2, *3

ČÍSLOVÁNÍ REZIDUÍ
•introny – spec. označení pouze u kódující DNA
•čísluje se ze strany, kde je exonu blíže
•plus/mínus k poslednímu/prvnímu nukleotidu nejbližšího exonu
→ v polovině intronu se + láme na –
c.589+15, c.590-5
c.589
c.590
exon
exon
intron
intron
intron

NM_000020.2:c.[1232G>A];[=]
číslo a verze refseq
předpona – dle typu refseq
pozice změny
popis změny jako takové

>

UŽÍVANÉ ZNAČKY A ZKRATKY
•„+“ u číslování nukleotidů
•
•„-“ „mínus“ u číslování nukleotidů
•
•„*“ u číslování nukleotidů
•
•„_“ „až“ označení rozpětí/rozsahu
•
•„[ ]“ pro alely
•
•„ ; “ odděluje různé varianty nacházející se
na jedné alele nebo alely

UŽÍVANÉ ZNAČKY A ZKRATKY
•„:“ odděluje ozn. refseq od zápisu varianty
•
•„( )“ označení nejistoty nebo predikcí
•
•„?“ označení neznámé pozice
•
•„>“ označení substituce
•
•„=„ označení testované pozice beze změny

UŽÍVANÉ ZNAČKY A ZKRATKY
•„>“ substituce
•
•„del“ delece
•
•„dup“ duplikace
•
•„ins“ inzerce
•
•„inv“ inverze
•
•„fs“ frame shift = posun čtecího rámce
•

NM_000020.2:c.[1232G>A];[=]
číslo a verze refseq
předpona – dle typu refseq
pozice změny
popis změny jako takové

VYBRANÉ NEJČASTĚJŠÍ TYPY ZMĚN
•jednoduché
•substituce c.123A>G,
„>“ neužívá se na úrovni proteinu p.(Gln182Leu)
•delece c.123del (c.123delA), p.(Phe508del)
•duplikace c.123dup (c.123dupA)
•inzerce c.123_124insT – rozsah + sekvence!
•
•komplexní
•indel c.123delinsGTAT
•
•kombinace více variant
•změna na obou alelách c.[123A>G];[456delC]
•více jak 1 varianta na 1 alele c.[123A>G;456delC];[=]

PŘÍKLADY: stop kodon -> protein
•př. gen CFTR delece na DNA: c.2250delT
→ posun čtecího rámce – změna amk + vznik terminačního kodonu → p.(Arg751AlafsTer4)

PŘÍKLADY: geny na chromozomu X
•
MUŽI
•muži – pouze 1 alela (1 chromozom X, 1 chromozom Y)
•c.[76A>G];[0] → hemizygot
•
•
•
ŽENY
•ženy – 2 alely (2 chromozomy X)
•c. [76A>G];[=]

PŘÍKLADY: více změn, cis/trans??
1)detekovány 2 sekvenční varianty v poloze trans (na odlišných alelách)
c.[2657+5G>A];[3528delC]
•
•
•
2)detekovány 2 sekvenční varianty v poloze cis (na stejné alele), druhá alela je beze změny
c.[12C>G;21A>G];[=]

PŘÍKLADY: více změn, cis/trans??
1)detekovány 2 sekvenční varianty, zda jsou v poloze cis nebo trans nevíme
c.2657+5G>A(;)3528delC
•
•
•
2)detekovány 3 sekvenční varianty, u 2 víme, že jsou v poloze cis, u 3. nevíme
c.[12C>G;21A>G](;)423dupG
•

PŘÍKLADY: MLPA
introny + rozsah + nejistota
1)DELECE
c.[(6438+1_6439-1)_(6614+1_6615-1)del];[0]
•
•
•
2)DUPLIKACE
c.[(649+1_650-1)_(2168+1_2169-1)dup];[0]
•
exon
exon
intron
intron
intron
?

KDYŽ NEVÍŠ
→ HLEDEJ
http://varnomen.hgvs.org/
•
rada na závěr…