Systémy HACCP mohou být certifikovány podle mezinárodních norem (norma ISO 22000), avšak veškeré aktivity spojené s certifikacemi systémů jsou nepovinné a přesahují rámec platné legislativy. Význam spočívá především ve snahách o neustálé posilování důvěryhodnosti podniků a zařízení poskytujících služby.

Principy certifikace jsou také obecným doporučením, které navazují na strategické cíle programu Zdraví 2020, konkrétně dosažení vysokého standardu v prevenci přenosu infekčních onemocnění potravinami.