Zuzana Holubcová zholub@med.muni.cz 2. Výzkum reprodukce PROPEDEUTIKA ASISTOVANÉ REPRODUKCE (podzim 2024) Typy medicínského výzkumu PRIMÁRNÍ VÝZKUM SEKUNDÁRNÍ VÝZKUM Základní výzkum Aplikovaný výzkum Teoretický Experimentální Observační Intervenční - Diagnostické nástroje - Analytické přístroje - Zobrazovací metody - Biometrie - Vývoj funkčních testů - Vývoj reagencií/kitů/materiálů - Studie „in silico“ - Diagnostické studie - Prognostické studie - Terapeutické studie s/bez léků - Případové studie - Případové reporty - Klinické studie (clinical trials) - Randomizované (RCT) - Nerandomizované (non-RCT) - Průřezové studie (cross-sectional) - Kontrolní případové studie (case-control studies) - Kohortové studie - Monitoring/surveillance - Skupinové studie (group study) - Terénní studie (field study) - Deskriptivní - Korelační - Intervenční - in vitro studie - buněčné/tkáňové kultury - modelové organismy - Metaanalýza Review - Systemické - Jednoduché (narrative) Typy medicínského výzkumu - rozhovory - etnografický výzkum - studium záznamů - pozorování Dle typu hledané informace Kvalitativní Kvantitativní ❑ cíl: formulace hypotéz testování hypotéz hledání významů a korelací (explanatory research) ❑ analýza: čísla, statistikaslova, příběhy ❑ závěry: subjektivní individuální interpretace objektivní měřitelné a generalizovatelné ❑ nástroje: - experimenty - Simulace/modelování - statistická analýza - průzkumy mínění (škály, body) ❑ přístup: testování příčin a souvislostí (exploratory research) - cílem získat nové informace, rozšířit poznání A) teoretický – vývoj metod a nástrojů zkoumání B) experimentální – úsilí o pochopení podstaty, souvislostí a příčin - a) deskriptivní – popis jevů, morfologie, struktury,... - b) korelační - hledání souvislosti mezi jevy - c) intervenční - zjišťování kauzality (tj. příčiny-důsledek) - kontrola/treatment, wt/KO,KI, CRISPR - probíhá na buňkách/tkáních/modelových organismech v laboratorním podmínkách Základní výzkum reprodukce - pokud probíhá na lidských subjektech/tkáních/buňkách nutné etické povolení a informovaný souhlas účastníků/dárců biologického materiálu ≠ experimentální léčba, jejímž cílem je prospěch pacienta s použitím neověřených metod! mořský ježek (Echinoidea) =ang. sea urchin háďátko obecné (Caenorhabdities elegans) octomilka obecná (Drosophila melanogaster) drápatka vodní (Xenopus laevis) morče domácí (Cavia porcellus) = ang. guinea pig myš (Mus) mouse králík (Leporidae) rabbit (mini)prase (Sus) pig/porcine býk/kráva(skot) (Sus) bull/cow/cattle/bovine - při extrapolaci výsledků výzkumu na modelových organizmech směrem k člověku nutno zvážit rozdíly v reprodukční anatomii a fyzilogii! ❖ Modelové organismy Základní výzkum reprodukce ❖ Homo sapiens sapiens - dlouhá délka dožití - „monogamní“ (málo promiskuitní) druh - monoovulatorní druh (1 vajíčko) - pravidelná ovulace - oplození vnitřní - páření nesezónní, celoroční - obvykle jednočetné těhotenství - hemochoriální diskoidní placenta - nízká fekundita - vysoká míra aneuploidie vajíček a embryí - nesamostatnost novorozence, značná rodičovská investice do potomstva Výzkum reprodukce člověka naráží na technické, etické a legislativní limity! Základní výzkum reprodukce zobrazovací metody organoidy a „organ-on-chip“ technologie analytické přístupy umělé gamety and embrya editace genomu zárodečných buněk tkáňové inženýrství a buněčné terapie AI-technologie a personalizovaná medicína Základní výzkum reprodukce Aplikovaný výzkum reprodukce - cílem řešení praktických problémů, zlepšení života a zdraví lidí - probíhá v realném (klinickém) prostředí („klinický výzkum“) A) observační – pozorování, hledání souvislostí a příčin B) intervenční – zahrnující zásah, ovlivnění jevu Aplikovaný výzkum reprodukce o Observační studie Retrospektivní Prospektivní • Průřezová studie (cross-sectional/transverse/prevalence study) - typ observační studie, která analyzuje data získaná jednorázově v rámci určité populace - desktiptivní průřezové studie popisují prevalenci jevu/nemoci v dané populaci - korelační průřezové studie hledají vztahy mezi jevem/nemocí a dalšími charakteristikami zkoumané populace; pokud zahrnuje retrospektivní sběr údajů, mají tyto omezenou výpovědní hodnotu; možný vliv (bias) souběžně se vyskytujících faktorů (tzv. confounding factors) - váha studie závisí na velikosti vzorku a použití statistických metod - středně finančně náročný typ studie r (relation) = -1 až +1 !!! korelace proměnných neprokazuje kauzalitu !!! Aplikovaný výzkum reprodukce Aplikovaný výzkum reprodukce výpočet rizika onemocnění OR - odds ratio =(a/b)/(c/d) udává kolikrát větší je šance onemocnět a b c d • Kontrolní případová studie (case-control study) - typ observační studie korelačního charakteru, která porovnává rizika (expozice) ve skupině nemocných (cases) a zdravých (controls) - z principu retrospektivní (porovnání historické přítomnosti rizikového faktoru) - nutný dostatečná počet (1:4) kontrol, potenciální vliv confounding factors, někdy nutný tzv. matching (věk/pohlaví/bydliště) - naznačují příčinou souvislost resp. relativní riziko - nejčastější a nejlevnější studie, obvykle malé studie Aplikovaný výzkum reprodukce • Kohortová studie (cohort study, panelová studie) - typ observační deskriptivně-korelační studie, kdy je vzorek definovaná skupina probandů s definovanými charakteristikami (cohort, panel) dlouhodobě sledována (longitudiální studie) a průřezově analyzována - umožňuje získat informace o vývoji nemoci/jevu v čase v dané populaci - srovnání populace exponované a neexponované určitému faktoru umožňuje výpočet relativního rizika vývoje nemoci/jevu (risk ratio) - srovnání obvykle prospektivní sběr dat, méně často retrospektivní analýza záznamů registrů - časová a finanční náročnost výpočet relativního rizika (RR – risk ratio) • Randomizovaná klinická studie (RCT – Randomized Clinical Trial) - experimentální povaha: léčebná intervence vs. kontrola (placebo) - prospektivní design, rigorózní provedení, selekce populace (exkluzní/inkluzní kriteria) - randomizace vzorku = prevence zaujatosti (bias) - zaslepení: dvojitě zaslepená (double blinded) – proband ani ošetřující neví rozdělení treatment/placebo trojitě zaslepená (triple blinded) – proband, ošetřující lékař ani analytik dat neví rozdělení - striktní monitoring, vysoká nákladovost, vysoká vypovídací hodnota dat Aplikovaný výzkum reprodukce - výzkumník (single blinded study) případně i pacient (open label study) má vliv na alokaci subjektu do kontrolní vs. intervenční skupiny - paralelní kontrola – matchování např. věk, demografie, pohlaví - before-and-after study - pozorování efektu před a po intervenci ve srovnání s paralelní kontrolou - historická kontrola – dřívější individuální/skupinová pacietská data RCT non-RCT Aplikovaný výzkum reprodukce • Nerandomizovaná klinická studie (nonRCT – nonRandomized Clinical Trial) - kvaziexperimentální klinická studie (léčebná intervence vs. kontrola) - neselektovaná populace v běžném klinické praxi, delší ale méně častý reporting (follow-up) - nedochází k randomizaci vzorku = prevence zaujatosti (bias) Aplikovaný výzkum reprodukce • Případové studie (case series) - observační studie deskriptivního charakteru popisující expozici/diagnostiku/výsledek léčby skupiny pacientů s podobnými charakteristikami (diagnózou) - vhodné u vzácných diagnóz - edukační, slouží ke generování hypotózy, kterou je nutno uvěřit na větším vzorku • Hlášení případů (case reports) - zpráva popisující individuální zajímavý, vzácný pacientský případ, přip. výsledek experimentální léčby - sdílení zkušeností, ale malá vypovídací hodnota o obecných jevech a mechanismech • Review - přehled problematiky s důrazem na aktuální informace A) systematické (systematic) - rigórozní odborná rešerše specifické problematiky („vše co je známo“) - definovaná kritéria pro výběr zdrojů a posuzování dat - obvykle rozsáhlé a objektivizované (evidence-based) B) tradiční resp. vyprávěcí (narrative) - autorův kritický pohled na danou (obvykle širší) problematiku - někdý rozbor jen několika článků dle výběru autora - často subjektivní (biased) závěry, diskuze k danému tématu • Metaanalýza - přehled dříve publikovaných studií a statistické zhodnocení váhy jednotlivých publikovaných výstupů na základě velikosti a reprezentativnosti souboru, kvality provedení studie apod. - závěry o dostupných datech např. benefit specifické intervence - považována za nejsilnější v hierarchii důvěryhodnosti důkazů Sekundární výzkum tzv. forest pot (blobbogram) https://www.youtube.com/watch?v=Pxs0gl3hRKE - nejsou generována data, ale literární rešerše dostupných informačních pramenů Odborné práce dle kvality důkazu (in vivo) Clinical Practice Guidelines Typy vědeckých článků REVIEW LETTER TO THE EDITORCASE REPORT EDITORIAL • Název (Title) • Anotace (Abstract) • Klíčová slova (Keywords) • Úvod (Introduction) - kontext, nástin problematiky, identifikace problému, kriteria výběru literatury (u systematického review) • Vlastní text (Main text) • Téma 1 • Podtéma 1.1 • Podtéma 1.2 • Téma 2 • Podtéma 2.1 • Podtéma 2.2 • Téma 3 • Podtéma 3.1 • Podtéma 3.2 .... • Závěr (Conclusion) • Název (Title) • Anotace (Abstract) • Klíčová slova (Keywords) • Vlastní text (Main text) • Úvod (Introduction) - kontext, nástin problematiky, identifikace problému, existující literatura na téma, hypotéza) • Metodika (Materials and Methods) • Výsledky (Results) + obrázky, grafy, tabulky • Diskuze (Discussion) • Závěry (Conclusions) • Poděkování (Acknowledgements) • Informace o zdroji financování (Funding) • Literární odkazy (References) • Doplňující data (Supplemenatry data) A) Nestrukturovaný B) Strukturovaný Komerční sponzoring Konflikt zájmů Publikování vědeckých informací - vědecké práce jsou publikovány v odborných časopisech nakladatelských domů (např. Springer, Elsevier, Nature Publishing Group, MDPI) nebo odborných společností (ESHRE, ASRM) - Peer-review - recenzní proces před vlastní publikací článku v odborném časopise - editor časopisu osloví minimálně 3 odborné oponenty, kteří navrhují přijetí článku k publikaci/malé nebo rozsáhlé dopracování/odmítnutí publikace - přijaté publikace jsou editovány dle formátu žurnálu, indexovány (DOI, PMID) a uveřejněny (online/hardcopy) - publikační náklady přijatých recenzovaných článků hradí autorský tým (resp. jejich pracoviště) - zpoplatněný (předplatné/paywall) vs. otevřený přístup (open-access) pro čtenáře - přijatý článek je indexován (doi, PMID) - licenční omezení (copyright) týdny -měsíce Publikování vědeckých informací hodiny - dny - zrychluje šíření vědeckých publikací - zdarma pro autory - volně dostupné - lze citovat (prvenství práce) - širší zpětná vazba - lze transferovat k editorům různých žurnálů - primární verze může být nahrazena aktualizací PREPRINT = nerecenzovaná vědecká publikace (+) (-) - neověřená kvalita vědeckých dat - riziko misinterpretace neodborníky Zdroje vědeckých informací Klinické oborové žurnály: • Human Reproduction • Human Reproduction Update • Fertility Sterility • Molecular Human Reproduction • Reproductive Biomedicine Online • Reproductive Biology and Endocrinology • Biology of Reproduction • Journal of Assisted Reproduction and Genetics • Reproductive Medicine and Biology • Reproductive Health • Reproduction • Journal of Reproductiove Imunology • Placenta • Andrology • Journal of Reproduction and Infertlity • Zygote,... Vědecké žurnály: • Nature • Science • The New England Journal of Medicine • Lancet • Cell • Molecular Cell • Cell reports • Nature Communications • Nature Cell Biology • Nature Biotechnology • Nature Methods • Nature Medicine • Science Translation Medicine • Science Advances • BMJ • eLife,... IMPACT FACTOR (IF) = míra citovanosti žurnálu www.pubmed.gov www.medline.com www.webofscience.com www.scopus.com MUNI síť nebo VPN! Autorství a financování výzkumu - (mezi)národní) veřejné zdroje (GAČR, AZV, EU, NIH) - filantropické nadace (Gates Foundation, Neuron) - crowdfunding - komerční např. farmaceutické firmy (!) ❑ Financování výzkumu senior/corresponding author author White et al. White a kolektiv first author Odborná kvalifikace a vzdělávání embryologů Zákon č. 96/2004 Sb. o podmínkách získávání a uznávání způsobilosti k výkonu nelékařských zdravotnických povolání (1) Odborná způsobilost k výkonu povolání odborného pracovníka v laboratorních metodách a v přípravě léčivých přípravků se získává absolvováním a) akreditovaného zdravotnického magisterského studijního oboru pro přípravu odborného pracovníka v laboratorních metodách, nebo b) akreditovaného magisterského studijního oboru přírodovědného zaměření a akreditovaného kvalifikačního kurzu odborné zdravotnické laboratorní metody nebo akreditovaného kvalifikačního kurzu laboratorní metody v asistované reprodukci nebo akreditovaného kvalifikačního kurzu výroba, příprava a kontrola léčivých přípravků nebo c) akreditovaného magisterského studijního oboru přírodovědného, elektrotechnického nebo matematicko-fyzikálního zaměření a akreditovaného kvalifikačního kurzu odborné laboratorní metody v ochraně a podpoře veřejného zdraví. (2) Do doby získání specializované způsobilosti odborný pracovník v laboratorních metodách a v přípravě léčivých přípravků pracuje u poskytovatele zdravotních služeb pod odborným dohledem pracovníka způsobilého k výkonu povolání bez odborného dohledu, z toho prvních 6 měsíců pod jeho přímým vedením. (3) Za výkon povolání odborného pracovníka v laboratorních metodách a v přípravě léčivých přípravků se považuje a) laboratorní činnost v rámci diagnostické péče a vyšetřování a měření složek životních a pracovních podmínek v rámci ochrany veřejného zdraví, b) příprava léčivých přípravků na pracovištích nukleární medicíny, imunologických či mikrobiologických pracovištích poskytovatelů zdravotních služeb, v zařízeních transfúzní služby nebo v zařízeních ochrany a podpory veřejného zdraví, c) laboratorní činnost v rámci nakládání s tkáněmi a buňkami, včetně manipulace se spermiemi, vajíčky a embryi v rámci asistované reprodukce. § 26 Odborná způsobilost k výkonu povolání odborného pracovníka v laboratorních metodách a v přípravě léčivých přípravků ❖ Specializační vzdělávání v oboru KLINICKÁ EMBRYOLOGIE - minimáním požadavkem pro zařazení do atestačního kurzu je odborná způsobilost dle 96/2004 Sb. tj. a) absolvování akreditovaného VŠ programu (LF) b) nebo přírodovědný obor VŠ (PřF, FaF, FVL) + AKK - uskutečňuje se při výkonu povolání formou celodenní průpravy formou jednotlivých kurzů (5 teoretických + laboratorní praxe) - organizuje Subkatedra klinické embryologie IPVZ (Institut Postgraduálního Vzdělávání ve Zdravotnictví) - délka minimálně 48 měsíců - z toho povinná praxe 24 měsíců (1 měsíc stáž na akreditovaném pracovišti) - o výkonech veden logbook potvrzený školitelem - pro připuštění k atestaci je třea splnit absolvování teoretických kurzů (kredity), doporučených vzdělávacích kurzů, délku praxe, počet výkonů (záznam v logbooku) a předpožilt písemnou práci - atestační zkouška – teoretická + praktická - zpoplatněno - atestaci by měl mít minimálně 1 pracovník laboratoře (obvykle vedoucí a/nebo jeho zástupce) prof. Pavel Trávník https://www.ipvz.cz/seznam-souboru/2326-opvlm-klinicka-embryologie-2010.pdf Odborná kvalifikace a vzdělávání embryologů ❖Asociace Reprodukční Embryologie - založeno 1999, sídlo v Brně - Zákládající výbor: Alice Malenovská, Jiří Priesnitz a Gabriela Tauwinklová - dobrovolná profesní sdružení klinických embryologů a pracovníků zabývajích se reprodukční embryologii - odbornou společnost, která organizuje celoživotní vzdělávání a podílí se na získávání odborné a specializované způsobilosti klinických embryologů a zdravotních laborantů www.are.cz Prezident ARE do 2022 od 2022 Dr. Malenovská Dr. Hüttelová Vzdělávání embryologů Vzdělávání embryologů ❖ ESHRE = European Society for Human Reproduction and Embryology Cíle: ▪ Sdružovat odborníky v oblasti embryologie a reprodukční medicíny ▪ Podporovat výzkum reprodukční biologie ▪ Zlepšovat a standardizovat klinickou praxi léčby neplodnosti ▪ Usnadňovat komunikaci mezi vědci, kliniky, pacientskými organizacemi a veřejností ▪ Informovat politiky a regulační autority v Evropě o problematice asistované reprodukce - nezisková mezinárodní profesní organizace - založeno 1985 (R. Edwards and J. Cohen) - sídlo v Bruselu - volený předseda, výkonný výbor, výbor národních zástupců,.. - ~7500 členů z 110 zemí Vzdělávání embryologů ❖ ESHRE Speciální zájmové skupiny Special Interest Groups – SIGs Vzdělávání embryologů ❖ ESHRE ❑ Annual meeting ❑ Odborné časopisy ❑ Journal clubs ❑ Výzkumný grant ❑ Research Fellowships ❑ Odborná doporučení (guidelines ) Vzdělávání embryologů ❖ ESHRE ❑ Profesní certifikace ❑ Certifikace pracoviště - doklad praxe (logbook) - test teoretických znalostí 2 úrovně: - Clinical Embryologist (min 3 roky praxe) - Senior Clinical Embryologist (min 6 let praxe) Vzdělávání embryologů ❖ ESHRE ❑ Campus Events - úzce zamřené semináře ❑ eCampus - e-learningová platforma - kurzy, webinary, postery ❑ Atlas of human embryology ❑ Aplikace Focus on Reproduction+ Vzdělávání embryologů ❖ ASRM = American Society for Reproductive Medicine - nezisková mezinárodní profesní organizace - založeno 1944 (pod názvem American Society for Study of Sterility) - sídlo ve Washingtonu, členové z více než 100 zemí - nestátní člen WHO - organizuje vzdělávací akce, konference, meetingy - vydává odborné časopisy, klinická doporučení a etické postoje - Společné meetingy s ESHRE Vzdělávání embryologů ❖ HFEA = Human Fertilisation and Embryology Authority - nezávislý (státní) regulátor reprodukční medicíny a embryologického výzkumu ve Spojeném Království (UK) - mezinárodně respektovaná autorita v oblasti klinické i experimentální embryologie - dozoruje výkon IVF praxe v UK, shromažďuje data o léčbě neplodnosti a dárcovství gamet, uděluje/odebírá licence IVF klinikám, podílí se na tvorbě zákonů - pro-pacientsky orientováno (příručky, edukační letáky, návody) Vzdělávání embryologů ❖ The International IVF initiative - live semináře a videa - Zdarma! ❑ IVF.net ❑ Semináře ARE ❑ Sympozium Asistované Reprodukce (SAR) ❑ Facebooková skupina „Embryologové“ ❑ LinkedIn, Twitter,..... https://ivfmeeting.com/ Diplomové práce - samostatná práce k získání titulu Mgr. - obhajoba součástí státní závěrečné zkoušky (prezentace + diskuze) - experimentální / rešeršní - rozsah 50-80 stran, šablona IS MUNI - jazyk práce čeština/angličtina - název práce + abstrakt (500-600 znaků) + klíčová slova povinně česky + anglicky - zkušební prezentace během diplomového semináře - téma: molekulární biologie pohlavních buněk, klinická a experimentální embryologie, andrologie, reprodukční medicína, reprodukční genetika/endokrinologie/imunologie, vývojová biologie, biologie kmenových buněk, kryobiologie, gynekologická a urologická (pato)fyziologie, chirurgické/farmakologické/inovativní přístupy v asistované reprodukci, onkofertilita, reprodukční zdraví, epidemiologie neplodnosti, etické a právní aspekty asistované reprodukce, psychologie a sociální stránky neplodnosti..... - vedoucí (případně i konzultant práce) – minimálně Mgr. nebo ekvivalent (MUDr., MVDr., PharmDr., Ing.) - akademické nebo klinické pracoviště - výběr z „rozpisu témat“ na ISu vs. aktivní formulace tématu a oslovení vedoucího - elektronická forma závěrečná práce bude spolu s posudky vedoucího (školitele) a oponenta zveřejněna, na žádost školitele lze vybrané pašáže dočasně skrýt (max 3 roky) Viz. dokument Pokyny pro vypracování závěrečných prací v programu Bioanalytická laboratorní diagnostika ve zdravotnictví - Embryolog (M-EZ) ❖ Základní informace Diplomové práce ❖ Informační zdroje - původní články publikované v recenzovaných odborných časopisech s impakt faktorem - v omezené míře i přehledové články typu review, monografie a mezinárodní učebnice - elektronické dokumenty (např. registry, databáze, závěrečné výzkumné zprávy, odborná doporučení, metodologická videa, zákony), konferenční sborníky a kvalifikační práce (diplomové, rigorózní nebo disertační), přičemž musí být už v textu uvedeno o jaký z těchto typů informačního zdroje se jedná - citování nerecenzovaných vědeckých publikací (tzv. preprinty) je možné, jedná-li se o recentní práci zásadního významu vzhledem ke zpracovávané tématice a je-li v textu specificky uvedeno, že práce dosud neprošla revizním řízením - použití populárně naučných zdrojů (např. Wikipedie), webinářů, reklamních materiálů a sociálních médií je nepřípustné, výjimky je třeba konzultovat s vedoucím práce, případně garantem programu nebo jím pověřenou osobou. Viz. dokument Pokyny pro vypracování závěrečných prací v programu Bioanalytická laboratorní diagnostika ve zdravotnictví - Embryolog (M-EZ) Diplomové práce ❖Citování zdrojů informací - citují se všechny prameny, z nichž autor čerpal informace - za doslovný citát nebo parafrázovaný text se vloží citace (odkaz), podle níž lze jednoznačně identifikovat citovaný zdroj v seznamu použitých pramenů. - citované informační zdroje musí být opakovaně dohledatelné - Citační styl AMA, v textu numerický odkaz dle pořadí - Citační manažery (Zotero, EndNote) - PLAGIÁTORSTVÍ = přebírání textu bez citace nebo kopírování rozsáhlých pasáží citovaného textu - odevzdané práce jsou kontrolovány anti-plagiatorským softwarem - důvod pro nepřijetí práce azahájení disciplinárního řizení - nepřiznané použití AI nástrojů Viz. dokument Pokyny pro vypracování závěrečných prací v programu Bioanalytická laboratorní diagnostika ve zdravotnictví - Embryolog (M-EZ) Diplomové práce - poděkování osobám, které přispěly k vypracování práce ani není nezbytnou součástí práce - obrázky a tabulky musí být psány stejným jazykem, jako je jazyk práce - obrázky převzaté z jiných textů musí mít citaci v legendě („převzato z“/“adapted from xz]“) , pokud byl obrazek modifikován musí být toto uvedeno („upraveno“/“modified“) - je-li použita zkratka, musí být v plném znění vysvětlena na prvním místě uvedení, seznam zkratek je volitelná položka doporučená v případě většího počtu zkratek v textu - seznam tabulek a obrázků rovněž není povinný - rozsáhlé tabulky vhodné dát do přílohy na konci práce - tzv. mind mapping softwary pomohou uspořádat archiv literarních pramenů Viz. dokument Pokyny pro vypracování závěrečných prací v programu Bioanalytická laboratorní diagnostika ve zdravotnictví - Embryolog (M-EZ) Diplomové práce Tools for literature review