ZÁKLADY KLINICKÉ MIKROBIOLOGIE Petra Myšková Masarykova univerzita, Katedra laboratorních metod Logo •Mikrobiologie = věda studující mikroorganismy (micron= malý, biologia= studium života) •Klinická mikrobiologie- poskytuje servis vyšetření klinickým lékařům v úzké spolupráci s nimi! •Konzultace mikrobiologického nálezu •Konzultace antibiotické terapie •Vzájemná komunikace! •Nález primárního patogena- většinou jednoznačná situace • •Nález oportunního patogena- nutná komunikace s klinikem! • častější situace Běžná mikroflóra lidského těla 1)Kůže – grampozitivní a anaerobní mikroflóra •koaguláza negativní stafylokoky (S.epidermidis) •anaerobní propionibakteria (rezidentní) •S.aureus (transientní) Nákazy projevující se na kůži, nejčastější patogeny •Staphylococcus aureus •Streptococcus pyogenes •anaerobní baktérie •Pseudomonas aeruginosa u popálených • •Bradavice (HPV – kožní papilomavirus) •Virové exantematické infekce •Dermatomykózy Běžná mikroflóra lidského těla 2)Dutina ústní •nepatogenní viridující streptokoky •beta hemolytické streptokoky •neisserie •haemofily vč. H. influenzae •S.aureus •četné anaeroby (bakteroidy,peptokoky..) STAU- asi u 30% lidí jako běžná Nejčastější patogeny, tonsilofaryngitidy •Streptococcus pyogenes,příp. jiné beta hemolytické streptokoky •Arcanobacterium haemolyticum •pneumokoky, gonokoky, meningokoky vzácně, etiologická úlohy H.influenzae a S.aureus sporná!! •tonzilitidy u viróz- EB viry, adenoviry, coxsackieviry Arcanobacterium haemolyticum arcano-menší •Mykotické infekce dutiny ústní u oslabených pacientů •Gramnegativní mikroby se ve většině případů jako původci infekcí dutiny ústní neuplatňují!!! Běžná mikroflóra lidského těla 3)Nos •koaguláza negativní stafylokoky •difteroidy •alfa hemolytické streptokoky •S.aureus •S.pneumoniae •B.catarrhalis zejména u dětí Nejčastější patogeny • • •Respirační viry! (rhinoviry, koronaviry…) Běžná mikroflóra lidského těla 4)Larynx- může se kultivovat podobná mikroflóra jako z nosohltanu 5)Dolní cesty dýchací- fyziologicky bez mikrobů Nejčastější patogeny •Larynx, trachea- • H.influenzae, • Corynebacterium diphtheriae, • • viry (chřipka, parainfluenza, RS viry, adenoviry) • •Bronchy- mykoplasmata, chlamydie, B.pertussis, H.influenzae, S.pneumoniae, B.catarrhalis jako sekundární bakteriální patogeny viry Nejčastější patogeny •Plíce- pneumonie ØKomunitní pneumonie (CAP)- S.pneumoniae, H.influenzae, S.aureus, K. pneumoniae u starých pacientů ØNosokomiální pneumonie (HAP)- enterobaktérie, P.aeruginosa, S.aureus (včetně MRSA) ØV obou případech se uplatňují mikrobi vyvolávající tzv. atypické pneumonie- Mycoplasma pneumoniae, Chlamydia pneumoniae, Legionella pneumophila ØVirová etiologie! (influenza A,B, parainfluenza, RS viry…) Ø • •Tři čtvrtiny respiračních infekcí jsou vyvolány viry! Běžná mikroflóra lidského těla 6)GIT- osídleno zejména tlusté střevo, v 1g stolice asi 1012 mikrobů • zejména anerobní tyčinky a koky, • E.coli • enterokoky • ostatní enterobaktérie • kandidy • komenzální prvoci Nejčastější patogeny •Salmonella spp. •Shigella •Campylobacter •Yersinia enterocolitica •Vibrio cholerae •Aeromonas, Plesiomonas •Některé kmeny E.coli (enteropatogenní, enterotoxické, enteroinvazivní, enterohemoragické) •Anaeroby - Clostridioides difficile (postantibiotické průjmy) •Virová etiologie (rotaviry, adenoviry, koronaviry, astroviry, noroviry) •Paraziti - Giardia lamblia, Cryptosporidium parvum •Etiologická úloha příslušníků normální mikroflóry při vzniku průjmů je nejistá • (endogenní superinfekce u oslabených pacientů) •Clostridioides difficile • Běžná mikroflóra lidského těla 7)Urogenitální trakt - zevní ústí uretry •koaguláza negativní stafylokoky •enterokoky •viridující koky •laktobacily • • močové cesty a močový měchýř za normálních podmínek sterilní Běžná mikroflóra lidského těla •poševní sliznice - osídlena mikroflórou měnící se v závislosti na hormonální situaci dospělé ženy •Lactobacillus •stafylokoky •enterokoky •enterobaktérie •anaeroby •mykoplasmata, ureaplasmata…. Nejčastější patogeny- uroinfekce •E.coli- 70-80% všech uroinfekcí (často hemolytické kmeny) •Enterococcus faecalis, faecium (obtížná atb terapie) •Streptococcus agalactiae •Ostatní enterobaktérie (proteus, klebsiely,serratie) •Chlamydie (uretritidy, prostatitidy) Nejčastější patogeny- STD/STI I.Klasické venerické infekce: üNeisseria gonorrhoeae (kapavka) üChlamydia trachomatis üTreponema pallidum (syfilis) üHaemophilus ducreyi (ulcus molle) üCalymmatobacterium granulomatis (granuloma inguinale) II.Ostatní sexuálně přenosné choroby üStreptococcus agalactiae üanaeroby, zejména Gardnerella vaginalis (bakteriální vaginóza) üureoplasmata üméně často enterobaktérie ü üVirová etiologie- HIV, HSV, HPV ücandidy üparazitární- Trichomonas vaginalis Další fyziologicky sterilní místa •Likvor (ochrana CNS lebkou a hematoencefalickou bariérou) • •Krev • Neuroinfekce •Průnik infekce do CNS: ü üHematogenní cestou (meningokoky) üPer continuitatem ze sousedních orgánů (pneumokoky, hemofily) üPodél nervů (virus vztekliny) üPo poranění lebky 1) Purulentní meningitidy M.Votava: Vybrané kapitoly z klinické mikrobiologie 2) Aseptické meningitidy •Nejčastěji enteroviry (echoviry, coxsackieviry) •Herpes simplex, Varicella-zoster •Virus klíšťové encefalitidy •Parotitida • •Vzácně mykotická nebo tuberkulózní etiologie 3) Encefalitidy •Prakticky jen virová etiologie üklíšťová meningoencefalitida üherpes simplex üenteroviry üparotitida 4) Mozkový absces •Bakteriální původ üVětšinou smíšená aerobní a anaerobní mikroflóra üS.aureus übeta-haemolytické streptokoky üenterokoky üméně enterobaktérie • •Parazitární absces (cysticerkóza, echinokokóza) •Vzácně mykotické abscesy Infekce krevního řečiště •= stav charakterizovaný přítomností mikroorganismů v krevním řečišti spojený s celkovými příznaky infekčního onemocnění •Sepse • =systémová odpověď organismu na infekční i neinfekční podněty charakterizovaná orgánovým selháním a hemodynamickými změnami • život ohrožující orgánová dysfunkce způsobená aberantní odpovědí na infekci (2016) Děkuji za pozornost marketka 3