Po otevření programu uvidíme uvítací okno. Hlavní menu je dostupné po kliknutí na ikonu tří modrých proužků v levém horním rohu.

Po rozkliknutí se nám zobrazí hlavní nabídka. Jako první je zde možnost Open pro otevření souboru. Můžeme tak načíst nedávné soubory, které jsme v JASPu používali (Recent Files), načíst soubor přímo z počítače (Computer), nebo můžeme použít soubory uložené na tzv. Open Science Framework (OSF), z dostupné databáze např. IBM nebo Oracle driverů, když k nim máme přístup (Database), nebo použít soubor z knihovny (Data Library). Právě poslední možnost je zde pro výuku statistických analýz a nabízí kromě dat i komentované postupy, jak dané analýzy provést. 

Když však potřebujeme dostat do JASP vlastní soubor s daty, tak nejjednodušší způsob je původní soubor s daty v excelu uložit (Uložit jako) ve formátu ODS (Soubor – Uložit jako). JASP v současné době čte následující formáty: .sav, .txt, .csv, .ods, .tsv, .dta, .por, .sas7bdat, .sas7bcat a samozřejmě formát .jasp. Přečte i formát spss.

Když již máme otevřený datový soubor v programu JASP, zpřístupní se nám další možnosti z nabídky. Program nám umožní uložení práce (Save nebo Save As) ve formátu .jasp, export výsledků ve formátu HTML nebo PDF, nebo v dalších formátech jako například .csv, .tsv, .txt (Export). Důležitou funkcí je synchronizace dat, při provádění jakýchkoliv úprav v původním datovém souboru (Sync Data). Funkce Close nám zavře současný soubor, nikoliv však program JASP.

 V nabídce preferencí (Preferences) můžeme JASP dle svých potřeb upravit ve čtyřech sekcích:

(1) V sekci Data, můžeme:

• Synchronizovat/aktualizovat data automaticky při uložení datového souboru (výchozí)
• Nastavit výchozí tabulkový editor (tj. Excel, SPSS atd.)
• Změnit prahovou hodnotu tak, aby program JASP snadněji rozlišoval mezi nominálními a intervalovými proměnnými.
• Přidat vlastní kód chybějící hodnoty

(2) V sekci Results (Výsledky), můžeme:

• Nastavit JASP tak, aby vracel přesné p-hodnoty, tj. p = 0,00087 místo p < ,001.
• Opravit počet desetinných míst pro data v tabulkách, což usnadní čtení/publikování tabulek.
• Změnit rozlišení grafů.
• Při kopírování grafů vybrat, zda mají mít bílé nebo průhledné pozadí.

 (3) V sekci Interface (Rozhraní), můžeme:

• Definovat uživatelské písmo (font).
• Vybrat si ze dvou různých motivů: světlý (výchozí) a tmavý.
• Nastavit preferovaný jazyk. V současné době JASP mluví 12 jazyky, bohužel, češtinu ještě neovládá.
• Změnit velikost systému (zoom) a rychlost posouvání myší a měnit různé další grafické možnosti.

(4) V sekci Advanced (Pokročilá nastavení) většina uživatelů s velkou pravděpodobností nikdy nebude nic z výchozích nastavení měnit.