Semináře z farmaceutické chemie
➔
referáty: k výběru témata, zahrnujících úzké, okrajové, moderní a vývojové
skupiny, jimž většinou není věnována dostatečná pozornost v přednáškách
➔
délka příspěvku 12 min + 3 - 4 min diskuse a hodnocení vyučujícího
•budou rozlosovány a přednášeny postupně podle abecedy podle příjmení
přednášejícího
•příspěvek bude vyhotoven a prezentován ve formátu *.ppt(x), *.pdf (Adobe
Reader) nebo *.odp (OpenOffice.org Impress)
•příspěvek bude hodnocen vyučujícím v rozsahu 0 – 10 bodů, kritérii k posouzení
budou správnost, úplnost (s ohledem na časový limit), dodržení časového limitu,
aktuálnost, srozumitelnost a přehlednost
•od 7 bodů bude mít posluchač právo na zápočet, jinak dostane za úkol
příspěvek přepracovat
•další podmínkou zápočtu bude nejméně 60% ze závěrečného zápočtového testu
Povinná struktura příspěvku
•základní charakteristika účinku látek ve skupině
•obecná struktura (struktury) látek
•(kvalitativní) vztahy mezi strukturou a aktivitou (strukturální
prvky nezbytné pro účinek, další fragmenty či substituenty
uplatňující se v konkrétních látkách a jak aktivitu ovlivňují)
•mechanismus účinku
•významné chemické vlastnosti (důležité pro účinek, aplikaci,
stabilitu
•přehled základních zástupců s uvedením INN názvů
•seznam použité literatury (citace dle některého z použitých
časopisů, jednotně)
Čím kreslit chemické vzorce?
Freewarové editory chemických vzorců
MDL ISIS Draw – dnes nepodporován, nahrazen SymyxDraw
•schopen spolupráce s databázemi Reaxys a ChemId pomocí rozhraní Chime
ACD ChemSketch – akt. verze na www.acdlabs.com
•u obou (i dalších) editorů tzv. OLE-funkce, tj. vkládání obrázků se vzorci přímo
z editoru prezentací (PowerPoint, OpenOffice.org Impress): Vložit – ISIS Draw
Sketch (ACD/ChemSketch)-…; možnost editace struktur po dvojkliku rovněž
přímo z editoru prezentací
•Marvin Sketch
Kde najít příslušné informace?
•doporučená literatura uvedená u Farm. chemie (F1FB1, F1FB2 ) ve Stagu a na vývěsce
ÚChL, skripta však nepreferovat, údaje v nich jsou značně neaktuální!
•aktuální a další původní informace: sekundární zdroje (tj. poskytující citaci, abstrakt,
popř. strukturu, zákl. char. účinku):
databáze Medline-PubMed – www.nlm.nih.gov (Národní lékařská knihovna USA),
volně přístupná, abstrakty z medicínsky (i farmakochemicky) zaměřených časopisů,
odkazy na plné texty, snadno získatelné v případě, že jsou volně přístupné nebo je má
VFU předplacené
databáze Scopus – www.scopus.com (nakladatelství Elsevier) - přístupná ze sítě VFU
(i přes EZproxy), abstrakty, široký záběr recenzovaných časopisů ze všech oborů,
rovněž odkazy na plné texty (View at Publisher)
databáze Web of Knowledge – přístup z Elektronických informačních zdrojů na http://
sis.vfu.cz/eiz/placene/ – abstrakty z vybraných časopisů ze všech oborů s tzv. impact
faktorem, odkazy na plné texty, po registraci umožňuje i strukturní vyhledávání
databáze ChemId – chem.nlm.nih.gov (Národní lékařská knihovna USA), volně
přístupná, možnost vyhledávání dle názvů, CAS kódů, struktur i substruktur, po instalaci
rozhraní Chime možnost přímého přenosu struktur do ISIS Draw, v položce Names též
SMILES kódy, jejichž jednoduchým překopírováním do ACD ChemSketch editoru lze
přenášet struktury bez instalace jakéhokoliv rozhraní,obsahuje cca 400 000 struktur,
zákl.informace o názvech, často zákl. char. účinku, fyz.-chem. vlastnosti a toxicita,
odkaz na články o dané látce v Medlinu-Pubmedu, databázi FDA a dalších databázích
databáze léků SÚKLu – přístupná na www.sukl.cz – převážně farmakologické
a dispenzační informace, rozčlenění do farmakoterapeutických skupin a
farmakologicko-strukturně členěných podskupin (ATC klasifikace), zde význam
pro základní orientaci a doplnění účinku, vyhledávání dle INN názvu nebo názvu
přípravku
Reaxys (dříve Beilstein/Gmelin Crossfire - nakladatelství Elsevier) – původně
rozsáhlá knižní kompendia organické/anorganické chemie, od 80. let 20. století
databáze – přístupná přes http://sis.vfu.cz/eiz/placene/; hledání dle struktur,
názvů, CAS a obdobných BRN (Beilstein Reference Number) kódů, též dle hodnot
fyz.-chem- vlastností, autora, účinku, „místa účinku“ apod., výstupem struktury,
reakční schémata, kvantifikované vlastnosti (log P, t.t., t.v., MIC, Ki aj.), u
složitějších (spektra) odkaz na prim. zdroj, citace u všech vlastností; přímé
získávání časopiseckých primárních zdrojů
Sci Finder – obdobná databáze zpracovávající tištěná Chemical Abstracts (viz
dále), cca 5x větší počet sloučenin, rovněž možno přímo získat časopisecké i
patentové primární zdroje, přístupná však jen na omezený počet licencí
➔Databáze PubChem na pubchem.ncbi.nlm.nih.gov, přístupná též přímo z
editoru ChemSketch
➢názvy, kódy (SMILES...), spektra
➢chemické a fyzikální vlastnosti
➢farmakologie, klinické testy
➢patenty a další literatura (tématicky)
➢biologické testy (in vitro aktivity)
➔Databáze ChemSpider Královské chemické společnosti, přístupná též přímo z
editoru ChemSketch
➢názvy
➢chemické a fyzikální vlastnosti experimentální a vypočítané
➢články: tématicky utříděné (Articles - … - MeSH Literature - ...chemistry,
pharmacology, metabolism...)
•tištěné sekundární zdroje = referátové časopisy
Chemical Abstracts (CA) – vydávaná Americkou chemickou
společností od konce 19. stol., sleduje všechny významnější (i
částečně) chemické časopisy, nově popsané sloučenině přiděluje CAS
(Chemical Abstracts Service) číslo, hledání v rejstřících (ročníkových,
deceniálních) dle syst. názvu, sumárního vzorce, jména autora,
výsledkem hledání abstrakt, odkaz na primární zdroj (článek v
časopise, patent), malá část (60.- 80. léta) v Protivově knihovně
Chemisches Zentrallblatt (něm.), Referativnyj žurnal (rus.) – podobná
funkce i uspořádání, odlišné „portofolio“ časopisů, vhodný doplněk CA
a Beilsteina, dnes již nevycházejí
Primární zdroje
•časopisy
tištěné - knihovny – univerzitní (též možnost MVS)
elektrronické fulltexty (převážně *.pdf) – vstup na stránkách VFU (sis.vfu.cz/eiz),
tituly významných světových věd. vydavatelství
Elsevier – www.sciencedirect.com,
Springer- https://link.springer.com
Wiley-Blackwell - www3.interscience.wiley.com
a Americké chemické společnosti - pubs.acs.org
řada „méně renomovaných“ věd. časopisů volně přístupná: „open access“
(Chemické listy…)
patenty- databáze zahr. patentových úřadů dostupné odkazem ze stránek Úřadu
průmyslového vlastnictví www.upv.cz, např.
USPTO (United States Patent and Trademark Office)- www.uspto.gov,
americké patenty v plném znění jako *.html, s obrázky (vzorci, schématy) jako *.tif
s použitím „transportního“ programu (Alternatiff aj.); hledat lze podle čísla patentu,
klíčových slov, původce (objevitele), přihlašovatele (firmy) – údaje lze získat z
vhodné databáze nebo z přehledového článku
Esp@cenet (European Patent Office) –https://cz.espacenet.com– vyhledávání
na serverech pat. úřadů různých evropských zemí, patenty v *.pdf ; některé země
EU však mají vlastní databáze, např.
DEPATIS (Německo) – depatisnet.dpma.de, rovněž *.pdf
Doporučené literární zdroje – knihy - převážně dostupné přes
https://katalog.vfu.cz
János Fischer, C. Robin Ganelin (eds.): Analogue-based Drug Discovery. ISBN: 3-
527-31257-9. Willey-VCh, Weinheim, 2006
János Fischer, C. Robin Ganelin (eds.): Analogue-based Drug Discovery II. WilleyVCh,
Weinheim, 2010. Nejsnáze přístupné přes
http://onlinelibrary.wiley.com/book/10.1002/9783527630035 nebo DOI:
10.1002/9783527630035 (DOI zadat na dx.doi.org)
Camille G. Wermuth: The Practice of Medicinal Chemistry (Second Edition). ISBN:
978-0-12-744481-9. Elsevier, 2003
R.S. Vardanyan and V.J. Hruby: Synthesis of Essential Drugs. ISBN: 978-0-444-
52166-8. Elsevier, 2006
Rick Ng: Drugs: From Discovery to Approval, Second Edition. ISBN: 978-0-
470403587. John Wiley & Sons, Inc., 2009
Walter Sneader: Drug Discovery. A History. ISBN 978-0-471-89979-2. John Wiley &
Sons, Inc., 2005