STRUKTURA PROTEINŮ
Mgr. Josef Skoaplík,
Ústav farmakologie a toxikologie
MUNI
Obsah
• PRIMARNI STRUKTURA
--- Přepis RNA a DNA
• SEKUNDARNI STRUKTURA
• TERC. A KVARTERNI STRUKTURA
• Závěr
Literatura
• C. Branden, J. Toonze: Introduction to protein structure.
Garland Publishing, New York – London, 1991.
• D. Eisenberg: The discovery of the α-helix and β-sheet, the
principal structural features of proteins.
• . W. Kabsch, C. Sander: Dictionary of protein secondary
structure. Biopolymers 22 (1983) 2577–2637.
• D. Voet, J. G. Voetová: Biochemie. Victoria
Publishing, Praha, 1995.
Základní přehled
PROTEINY - Historie
PROTEINY - HISTORIE
STRUKTURY
PRIMARNÍ STRUKTURA
SEKUNDÁRNÍ STRUKTURA
• ALFA HELIX
• BETA SKLADANY LIST
TERCIÁLNÍ STRUKTURA
• Uplatňuje se : dipol – dipol interakce
TERCIÁLNÍ STRUKTURA
• Uplatňuje se : dipol – dipol interakce
(význam terciální struktury)
KVARTERNI STRUKTURA
„ JAK SLOŽIT SPRAVNĚ SAMOSTATNÉ DOMENY“
NEMOCI
• Srpkovitá anemie – nemoc PRIMARNI STRUKT.
Jak zjišťujeme strukturu důležitých
proteinů
(1) Z DATABAZE
(2) Experimentálně – změří a to do té databáze
zapíší
(ad 1) Dnes – z pohodlí domova z
databáze na internetu
(Ad 2) experimentálně
• Dvě základní metodiky:
RTG difrakce (na zkrystalovaném proteinu)
Strukturní nukleární magnetická rezonance (lze i
na vodné směsi proteinu)
RTG difrakce a rekonstrukce
NMR analýza
Co lze v databázi PDB.org
v zápisu proteinu najít:
a) Podívat se na 3D strukturu proteinu
b) Najít si detail o nějké aminokyselině (a tedy
potažmo i o nějaké mutaci například v dané AK)