1
Genomika a LZ
✓ Komparativní genomika
✓ Definice a standardizace
kmenů na úrovni celých
genomů
Komparativní genomika a LZ
✓ Genomy LZ
✓ Genové manipulace a editace
genomu LZ
Připomenutí:
Myš jako model Downova syndromu
➢https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2893810/
Genomika a LZ
✓ Komparativní genomika
✓ Definice a standardizace
kmenů na úrovni celých
genomů
1 2
3 4
2
Zvířecí (animální) laboratorní modely
➢Nematoda
➢Dánio
➢Drosophila
➢Ptáci, hlodavci, domácí zvířata, lidoopi
Netradiční laboratorní modely
Netradiční laboratorní modely Využití LZ (USA)
5 6
7 8
3
Využití LZ (USA procedures) Využití LZ (UK)
Využití LZ (DE) Zvířecí (animální) laboratorní modely
➢Nematoda
➢Dánio
➢Drosophila
➢Ptáci, hlodavci, domácí zvířata, lidoopi
9 10
11 12
4
Myší model
✓ Druhý sekvenovaný savčí genom (2002)
✓ Pravidla a nomenklatura
http://www.informatics.jax.org/
✓ Databáze
Významné stránky
https://www.informatics.jax.org/
Genetika LZ: myší kmeny
Petkov et al. 2021
13 14
15 16
5
Kmeny/linie LZ (myší/LZ)
➢ Existující: >24.000
➢ Potenciál: 200.000
International Mouse Strain Resource Center
(IMSR)
http://www.findmice.org/
Genetika LZ
Základní genetické rozdělení
➢Outbrední LZ
➢Inbrední LZ
Genetika LZ
Základní genetické rozdělení
➢Outbrední LZ
➢Inbrední LZ
Neinbrední kmeny myší
✓Outbred Stock (OUT)
✓Noninbred Stock (NON)
✓ Closed Colony (CCO)
#
17 18
19 20
6
Genetika LZ
Základní genetické rozdělení
➢Outbrední LZ
➢Inbrední LZ
Inbríding
Jev, který nastává po
páření příbuzných
jedinců
Inbríding
X
O
M
A
B
C
D
Inbríding
X
O
D
A
B
O
M
21 22
23 24
7
Inbríding
X
O
D
A
B
O
M
Inbríding
X
B
S
O
M
O
M
Inbríding
➢Společný předek do 5.
generace
➢Homozygotnost
Inbríding
➢Účinky: genotyp/genofond
➢Účinky: fenotyp
25 26
27 28
8
Inbríding: účinky na fenotyp
https://slideplayer.cz/slide/5645547/6/images/28/inbredn%C3%AD+
deprese+u+%C4%8Dlov%C4%9Bka%3A.jpg
McFadyen et al. 2003
Inbríding: účinky na fenotyp
Inbrední kmeny myší
základní rozdělení
✓ Syngenní (isogenní)
✓ Rekombinantní
✓ Koisogenní
✓ Kongenní
✓ Konsomické, konplastické
✓ Mutantní
✓ Knock-out
✓ Transgenní/s editovaným genomem
Syngenní (isogenní) kmeny (IS)
AaBb
AABB AAbb aaBB aabb
29 30
31 32
9
➢ Vzniklé opakovaným pářením
bratr x sestra (>20 x)
➢ Geneticky identické - isogenní
➢ 100% (?) homozygotní
Syngenní (isogenní) kmeny (IS)
Rekombinantní kmeny (RI)
AA bb x aa BB
AaBb
AABB AAbb aaBB aabb
Segregating Inbred Strains (SEG)
„Ko-“ kmeny
➢Ko-izogenní: Coisogenic Strain (COI)
➢Kongenní: Congenic Strain (CON)
➢Konsomický: Consomic Strain (CSS)
➢Konplastický Conplastic Strain (CSS)
Kongenní kmeny
➢ Vzniklé zpětnými kříženími
➢ Odlišnost v jediné oblasti
(více lokusů)
33 34
35 36
10
Kongenní kmeny
A x B
AB x B
ABB x B
ABBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
Typy kmenů
Mutantní kmeny
➢ Mutant Strain (MSR)
➢ Mutant Stock (MSK)
Jiné kmeny
✓ Wild-Derived Inbred Strains
(WDS)
✓ Knock-out
✓ Transgenní/s editovaným
genomem
37 38
39 40
11
Kmeny LZ Genom myších kmenů
Geneticky modifikované
myší modely Využití LZ (USA)
41 42
43 44
12
Příklad nabídky v ČR
Potkani
✓ Outbrední kmeny (8)
✓ Inbrední kmeny (4)
✓ Speciální kmeny (18)
Myši
✓ Outbrední kmeny (7)
✓ Inbrední kmeny (9)
✓ Hybridní kmeny (4)
✓ Speciální kmeny (5)
✓ Imunodeficientní kmeny (9)
✓ JAX (1)
Ostatní druhy (křeček zlatý, morče, králík, pískomil)
https://www.greenpets.cz%2Fpotkan-
laboratorni%2F&psig=AOvVaw32ryX46oXhTas
MU2l6y9qR&ust=1646131607036000&source=
images&cd=vfe&ved=0CAsQjRxqFwoTCLjMw
NKcovYCFQAAAAAdAAAAABAD
Využití kmenů LZ
✓ Standardizace
✓ Biomodely
✓ Etika pokusů na zvířatech
Využití kmenů LZ
✓ Standardizace
✓ Biomodely
✓ Etika pokusů na zvířatech
Myš jako model lidských onemocnění
45 46
47 48
13
Specifické myší modely Specifické myší modely
Využití kmenů LZ
✓ Standardizace
✓ Biomodely
✓ Etika pokusů na zvířatech
Využití LZ
49 50
51 52
14
Etika pokusů na zvířatech
https://www.enviweb.cz/tmp/thumbnails/712/f2/f22419cca6ccefce6c
47498ed8c1b298.jpg
53