library(installr)     # Aktivace knihovny aktualizující R
updateR()             # Aktualizaci provedu pouze v konzoli (bez RStudia)

# EXPLORAČNÍ FA

install.packages("readxl")        # Instalace knihovny načítající Excel
library(readxl)                     # Aktivace knihovny

dat <- as.data.frame(read_excel("FA22.4.24.xlsx",sheet="FA3.kor",range = "S1:AH401"))

?read_excel                     # Nápověda kvůli podrobnostem v syntaxi (sheet jako označení listu v excelovém sešitu)

names(dat)

pca <- princomp(dat[,5:16], cor=T)         # Metoda hlavních komponent, velmi základní, pro všechny řádky a sloupce 5-16 datového souboru "dat"
plot(pca)                           # Graf rozptylů hlavních komponent
summary(pca)
loadings(pca)

?loadings

print(pca$loadings,cutoff=0)

install.packages("GPArotation")   # Instalace knihovny pro rotace
library(GPArotation)              # Aktivace knihovny

??fa.parallel

install.packages("psych")
library(psych)

fa.parallel(dat[,5:16])

pca2 <- principal(dat[,5:16], nfactors=3, rotate="varimax")

print(pca2$loadings,cutoff=0)

ls()
rm(dat)
rm(list = ls())

data()      # UKÁŽE DATA VE VŠECH DOSTUPNÝCH (AKTIVNÍCH) KNIHOVNÁCH
data(package = "psych")   # Ukáže data pouze pro knihovnu "psych"

bfi
bfi.dat <- as.data.frame(bfi)   # Načtení dat

fa.parallel(bfi.dat[,1:25])

pca5 <- principal(bfi.dat[,1:25], nfactors=5, rotate="varimax")

print(pca5$loadings,cutoff=0)

pca6 <- principal(bfi.dat[,1:25], nfactors=6, rotate="varimax")

print(pca6$loadings,cutoff=0)

pca5o <- principal(bfi.dat[,1:25], nfactors=5, rotate="oblimin")

print(pca5o$loadings,cutoff=0)
print(pca5o$Phi,cutoff=0)

# KONFIRMAČNÍ FA

install.packages("lavaan")      # Knihovna pro konfirmační FA (LAtent VAriable ANalysis)
library(lavaan)

bfi.model <- '
agree =~ A1 + A2 + A3 + A4 + A5
consc =~ C1 + C2 + C3 + C4 + C5
extra =~ E1 + E2 + E3 + E4 + E5
neuro =~ N1 + N2 + N3 + N4 + N5
opene =~ O1 + O2 + O3 + O4 + O5
'

bfi.model     # Kontrola modelu

describe(bfi.dat)     # Popisné statistiky dat

bfi.cfa <- cfa(bfi.model, data=bfi.dat[,1:25])    # Spuštění konfirmační analýzy

bfi.cfa     # Velmi základní pohled na objekt - výsledek analýzy funkcí "cfa"
summary(bfi.cfa, fit.measures = T)      # Jeden ze způsobů prohlídky výsledků      

summary(bfi.cfa, fit.measures = T, standardized = T)

# Odkaz na tutorial pro lavaan
# https://lavaan.ugent.be/tutorial/index.html

modindices(bfi.cfa, sort=T, maximum.number=20)

bfi.model2 <- '
agree =~ A1 + A2 + A3 + A4 + A5
consc =~ C1 + C2 + C3 + C4 + C5
extra =~ E1 + E2 + E3 + E4 + E5 + N4
neuro =~ N1 + N2 + N3 + N4 + N5
opene =~ O1 + O2 + O3 + O4 + O5
'
bfi.cfa2 <- cfa(bfi.model2, data=bfi.dat[,1:25])    # Upravený model
summary(bfi.cfa2, fit.measures = T, standardized = T)

lavTestLRT(bfi.cfa, bfi.cfa2)

bfi.model.fix <- '
agree =~ A1 + A2 + A3 + A4 + A5
consc =~ C1 + C2 + C3 + C4 + C5
extra =~ E1 + E2 + E3 + E4 + E5
neuro =~ N1 + N2 + N3 + N4 + N5
opene =~ O1 + O2 + O3 + O4 + O5
agree ~~ 0*extra
'
bfi.cfa.fix <- cfa(bfi.model.fix, data=bfi.dat[,1:25])    # Upravený model bez 1 korelace faktorů
summary(bfi.cfa.fix, fit.measures = T, standardized = T)

lavTestLRT(bfi.cfa.fix, bfi.cfa)