Das Massaker der Hereros durch nach dem Einsatz des Marine-Expeditionskorps mit etwa 15.000 Mann aus Deutschland unter Generalleutnant Lothar von Trotha Ende des 19. Jahrhunderts kommen die ersten, eine dauerhafte Besiedlung anstrebenden Europäer ins Land. Im Damaraland und im zentralen Hochland um die Stadt Windhoek herum erwerben deutsche Siedler von den Herero Land für den Aufbau von Farmen. Im Jahre 1883 schließt Franz Adolf Eduard Lüderitz einen Vertrag mit einheimischen Stammesältesten, der die Grundlage der späteren deutschen Kolonialherrschaft wird. Südwest-Afrika wird 1884 - nach Anerkennung durch die englische Krone - als Deutsch-Südwestafrika deutsche Kolonie. Trotz des zunächst guten Einvernehmens zwischen der deutschen Kolonialverwaltung und den Herero kommt es bald zu Konflikten zwischen den deutschen Kolonialisten und den Herero-Hirten. Dabei geht es häufig um Land- und Wasserrechte (z.B. im Zusammenhang mit dem Bau der Otavi-Bahn), aber auch um die (z.B. rechtliche) Diskriminierung (z.B. ungeahndete sexuelle Übergriffe auf Herero-Frauen), Missionierung, Unterdrückung und Ausbeutung der Einheimischen durch die Weißen. Insbesondere das Jahr 1897 wirkt sich besonders verheerend aus: die von Südafrika kommende Rinderpest und eine große Heuschreckenplage führen dazu, dass fast 70% des Viehbestandes der Herero verloren gehen. Dies und die von den Händlern forcierten Kreditverkäufe führen zu einer nachhaltigen Verarmung der Herero und zwingen diese zu weiteren Landverkäufen sowie zur Lohnarbeit bei deutschen Farmern. Diese Konflikte münden im Januar 1904 in den Hereroaufstand, der mit der Plünderung der Stadt Okahandja seinen Anfang nimmt. Die Vorplanung erfolgte interessanterweise durch brieflichen und telefonischen Austausch zwischen den Stammesführern, einige der Dokumente sind heute noch erhalten. Zu den anfänglichen Militärschlägen der Hereros gegen die Kolonisten gehörte das Niederbrennen aller Farmen und Siedlungen in ihrer Umgebung, wobei ca. 150 Männer, Frauen und Kinder teilweise grausam ermordet wurden. Nach dem anfänglichen erfolgreichen Angriff der gut organisierten und mit Schusswaffen ausgerüsteten aufständischen Armee gegen die zahlenmäßig weit unterlegene, weil durch einen kleineren Aufstand im Süden des Landes gebundene Schutztruppe entsendet das Deutsche Reich ein Expeditionskorps unter Generalleutnant Lothar von Trotha mit etwa 15'000 Mann, welches die Herero rasch zurückdrängt. Der von den Deutschen am Waterberg gesuchten Entscheidungsschlacht können sich die Herero durch Flucht entziehen, jedoch sterben eine große Zahl von ihnen in der von der deutschen Schutztruppe und den mit ihnen verbündeten Orlam-Witbooi abgeriegelten wasserlosen Omaheke-Steppe. Im Krieg und danach kommen zwischen 25'000 und 100'000 (vermutlich 65'000) Herero und 1749 Deutsche um. Nur etwa 1000 Herero gelingt mit ihrem Häuptling Samuel Maharero die Flucht ins Betschuanaland. Zur Gefangenschaft bereite und um Wasser flehende Menschen wurden unter Waffengewalt in die Glut der Wüste zurückgetrieben. Von rund 100 000 Hereros haben nur 21 000 überlebt. Nach dem Aufstand wurden die überlebenden Hereros enteignet und durch Arbeitsverträge dienstverpflichtet. Drei Viertel des Landes wurden als "weißes" Gebiet zur sogenannten Polizeizone erklärt. Größere Stammeseinheiten lebten in (zu kleinen) Reservaten. Die auf deutscher Seite kämpfenden Witbooi sind über das Ausmaß der Vernichtung entsetzt und versuchen zu fliehen, da sie ein ähnliches Schicksal befürchten. Sie werden entwaffnet und als Arbeitssklaven nach Deutsch-Ostafrika (Togo) verschifft. Dieser Umstand gilt als Auslöser des nachfolgenden Nama-Aufstandes. Da die Herero den Befehl ausgegeben hatten, Priester zu schonen, wurden diese fälschlicherweise der Kollaboration beschuldigt und teilweise in Haft genommen. Im Betschuanaland führen die überlebenden Herero unter Führung von Samuel Maharero ein Minderheitendasein. Eine Rückkehr nach Südwestafrika wird ihnen nicht gestattet - auch nicht, als Südwestafrika nach dem ersten Weltkrieg unter südafrikanische Verwaltung kommt. Am Beispiel der Aufstände der Hereros und der Hottentotten wird deutlich, dass die bis heute geglaubte Vorstellung falsch ist, die Deutschen seien im Gegensatz zu anderen "gute" Kolonialherren gewesen. Das sogenannte Deutsch-Südwestafrika