Vývoj v Uhrách po bitvě u Moháče Sultán využíval Uhry jako vhodný nárazníkový stát před rostoucí habsburskou mocí. To jej také motivovalo v podpoře vzdorokrále Jana Zápolského. Sülejman však neponechával nic náhodě, a tak na území Uher operovaly osmanské jednotky pod záminkou „pomoci proti habsburským nájezdům“. Na dvoře Zápolského pak umístil svého oblíbence Benátčana Lodovico Gritta, který zde plnil mimo jiné i funkci vrchního velitele (než jej r. 1534 zavraždila uherská šlechta). Zatímco Ferdinand se Sülejmanem uzavřeli příměří (r. 1533), v Uhrách probíhala občanská válka mezi Ferdinadem a Zápolským. Ani jeden z panovníků však nezískal výraznější převahu. Vojenská kampaň vedená Zápolským roku 1535 nesplnila očekávání (obsazení Slovenska) a jediným významným ziskem bylo obsazení Košic. O dva roky později (1537) se do uherských záležitostí vložil sultán. Vyprovokoval jej k tomu opět Ferdinand I., když porušil příměří a vyslal žoldnéřskou armádou (o síle cca 24 000 mužů) pod velením Jana Katvianera proti osmanské pevnosti Esseg (slavonský Osijek). K tomuto kroku jej pravděpodobně přiměl jeho bratr, španělský král a římský císař Karel V., který společně s Benátkami a papežskou stolicí čelil osmanským nájezdům ve Středomoří. Ke smůle habsburského vojska se však pevnost ubránila a při několika následných střetech Osmané Ferdinandovu armádu zcela zničili (cca 20 000 obětí na habsburské straně). Dalším Sülejmanovým krokem bylo obsazení vazalské Moldávie (1538), jejíž správce s Ferdinandem konspiroval. Mezitím se Jan Zápolský (stejně jako Ferdinand I) dostal do finančních potíží, a protože neměl mužského potomka, rozhodl se učinit radikální krok pro budoucnost celých Uher. Navázal s Vídní tajná jednání, která vyvrcholila 24. února 1538 uzavřením smlouvy ve Velkém Varadíně (rumunsky Oradea). Na základě této smlouvy Ferdinand uznal Zápolského králem a Uhry byly oficiálně rozděleny na dvě části. Po Zápolského smrti pak Sedmihradsko a další jím držená území měla přejít pod vládu Ferdinanda jako jediného uherského panovníka. Dlouholetá občanská válka skončila. Roku 1540 zemřel Jan Zápolský a podle velkovaradínského míru se měl nyní vlády chopit Ferdinand, k tomu však nedošlo. Stalo se totiž něco neočekávaného a Janu Záposkému se nedlouho před jeho smrtí narodil syn Jan Zikmund. Jeho matka Isabela (dcera polského krále Zikmunda I.) za podpory varadínského biskupa Jiřího Martinuzziho odmítla uznat velkovaradínskou smlouvu a malého Jana nechala (se Sülejmanovým souhlasem) prohlásit uherským králem. Oklamaný Ferdinand reagoval vojenskou výpravou proti Budínu (což bylo sídelní město nového krále). Vojsku se sice podařilo získat Stoličný Bělehrad (Székesfehérvár), Pešť a několik dalších měst, ale vlastní Budín nikoliv. Následujícího roku tedy Ferdinand vyslal novou armádu se stejným cílem. Vojsko sice Budín v květnu až srpnu obléhalo, ale nakonec se stalo samo cílem útoku osmanských vojů, které k městu přitáhly na žádost Isabely. Poté co Turci zahnaly královské, rozhodl se Sülejman jednou provždy vyřešit problematickou situaci v Uhrách. Dne 29. srpna 1541 Budín obsadil a připojil jej spolu se střední částí bývalého Uherského království k Osmanské říši. Sultán tak položil základ Budínskému pašalíku, který zde přetrval 145 let. Isabele a malému Janu Zikmundovi ponechal sultán Sedmihradsko a východní oblasti, byli mu však nuceni platit roční tribut), čímž bylo území Uher rozděleno na tři samostatné celky. Roku 1542 podnikla královská armá nový pokus o dobytí Budína. Město však obléhání vydrželo a Ferdinandovo vojsko bylo nuceno se stáhnout. Nepříznivý vliv na obléhání měla skutečnost, že k němu došlo až koncem září. Nicméně tato akce vedla k odvetné výpravě ze strany Sülejmana. Sultánova vojska zahájila postup podél Dunaje a obsadila několik významných opěrných bodů jako Stoličný Bělehrad, Pešť nebo Ostřihom, která byla dobyta 10. srpna 1543. Z dlouhodobého hlediska byla pro královské zvlášť citelná ztráta Pešti a Ostřihomi, měst, která ležela nedaleko Budína a mohla sloužit jako základna Ferdinandových vojsk při postupu na turecká území. Ferdinand pod vlivem nepříznivého vývoje v letech 1543-1544 zahájil se sultánem jednání o příměří, které Turkům přišlo v tuto chvíli vhod. Sultán se připravoval na další válku s Persií a potřeboval stabilizovat evropská válčiště. Roku 1545 tedy přistoupil na příměří a o dva roky později v Drinopoli na mír, jenž byl však uzavřen pouze na dobu pěti let. Podmínkou míru byl pravidelný roční poplatek ve výši 30 000 uherských zlatých, který se Ferdinand zavázal platit. Následující dva roky proběhly ve znamení menších pohraničních konfliktů, které však nezavdaly příčinu k otevřené válce. Situace se rapidně zhoršila roku 1549, kdy sedmihradský regent Jiří Martinuzzi zahájil tajná jednání s Ferdinandem. Jejich cílem bylo vydat tzv. východní království (Sedmihradsko a osm stolic v Zátisí a povodí řeky Temeš, která připadla Isabele a jejímu synu Janu Zikmundovi) výměnou za jiná území Habsburků. Královna Isabela o těchto jednáních věděla a jak zdá, tak je neschvalovala a zřejmě o nich přímo informovala sultána. Na podporu tohoto záměru vyslal Ferdinand roku 1551 do Sedmihradska žoldnéřské vojsko o síle 7 000 mužů. Je až s podivem, že Ferdinand vyslal tak slabou armádu, přestože bylo více než pravděpodobné, že přivolaným tureckým oddílům nebude dělat větší problémy je odrazit. Snad doufal, že Turci vázaní válkou s Persií nebudou mít dostatek sil k ochraně území, která ostatně ani nebyly přímou součástí Osmanské říše. V tomto bodě se však královští přepočítali. Aby toho nebylo dost, tak Jiří Martinuzzi, který se ujal role prostředníka a začal s Turky jednat, byl na rozkaz generála Castalda, který velel habsburskému vojsku, zavražděn. Na nově vyprovokovanou válku reagovali Osmané v roce 1552 rozsáhlým tažením vedeným budínským paoui Hadimem Alim Při této kampani padly Turkům do rukou další významná města a zároveň pevnosti, zejména Temešvár a Veszprém. Během tažení byla také neúspěšně obléhána pevnost Jager (Eger), jejíž posádce velel István Dobó. Zhruba dvěma tisícům obránců Obráncům se dařilo více než měsíc úspěšně odrážet útoky sedmdesátitisícové armády (nakonec bylo město dobyto až v roce 1596. Vojenské operace místních osmanských velitelů pokračovaly i v následujících letech, kdy rozšířili svou moc na území dnešního Slovenska. Významným úspěchem bylo získání hradů Modrý Kameň a Fiľakova (1554), jejichž dobytím se otevřely cesty na střední a severovýchodní Slovensko. Do uzavření příměří roku 1562 utrpěli královští další citelné porážky (např. z jara 1562, když se pod velením Jána Balaše pokusili dobýt Sečany). Na základě příměří byl Ferdinand I. (od roku 1556 císař Svaté říše římské) opět nucen odvádět do sultánovy pokladny ročně 30 000 dukátů. Obléhání Szigetváru Roku 1564 se novým císařem Svaté říše římské stává Ferdinandův syn Maxmilián II., který měl z Osmanů panickou hrůzu, nicméně obnovil snahy o připojení Sedmihradska. To se stalo jednou ze záminek k zahájení válečných aktivit ze strany Osmanů. Za druhou záminku sultánovi posloužila skutečnost, že císař „opomněl“ zaplatit roční poplatek za svou část Uher. Snad zde svou úlohu sehrál také nepříjemný pocit z neúspěšného obléhání Malty (1565), ale zejména tu byla touha konečně pokořit i samotnou Vídeń. Sülejman tedy započal svou poslední válku v lednu 1566. V červenci 1566 tak zahájila turecká vojska postup. Oddíly velkovezírova zástupce Pertav Paši oblehly pevnost Gyula (kterou po několika týdnech dobyly). Současně pak hlavní armáda (cca 100 000 mužů) pod velením Sülejmana zamířila na Vídeň. Vlivem drobné provokace Mikuláše Zrinského se však sultán rozhodl změnit trasu a oblehnout Zrinského pevnost Szigetvár. Pevnost chráněná bažinatým terénem tvořila nejdůležitější opěrný bod v okolí řeky Almy a Drávy na západ od Pětikostelí (Pécs). Szigetvár byl tvořen třemi navzájem oddělenými částmi (staré město, nové město, citadela), které byly postupně propojeny mosty. Citadela pak byla opatřena bastionovým opevněním. Turci zahájili obléhání 5. srpna 1566. Své dělostřelectvo umístili v novém městě (Zrinský je nechal zavčasu evakuovat) a započali s výstavbou náspů k překonání bažin. Postupně došlo k obsazení starého města (19. srpna) a poničení citadely. 8. září 1566 byla situace obránců již natolik zoufalá, že Zrinský podnikl se zbytkem posádky sebevražedný výpad, při kterém společně s ostatními zahynul a stal se tak nesmrtelným charvátským ale i uherským hrdinou. Před tím, než se k tomuto kroku odhodlal, nechal podminovat hlavní věž citadely, která explodovala ve chvíli, kdy Turci pronikli do pevnosti. Způsobil jim tak další citelné ztráty. Szigetvár sice padl, ale ani Sülejman se z vítězství radovat nemohl. Zemřel totiž ve svých 72 letech v noci z 5. na 6. září 1566 (snad na infarkt nebo úplavici). Tato skutečnost byla před armádou pečlivě tajena, aby nepodlomila morálku. Dokonce i po obsazení pevnosti bylo vojsko udržováno v klamné představě, že je vládce upoután na lůžko v důsledku záchvatu dny. Nicméně po smrti sultána rozhodl velkovezír Mehmed paša Sokolović o ukončení tažení a návratu do Istanbulu. Smrtí Sülejmana II. přišla Osmanská říše o panovníka, za jehož vlády měly turecké zbraně výraznou převahu nad vojsky tehdejších evropských vládců. Sülejman zaznamenal vojenské úspěchy nejen v Evropě a Středomoří, ale také v Asii, kde např. dobyl Mezopotámii.