Bakterie aktivně nebo při svém rozpadu uvolňují do okolí toxické látky, které po±kozují hostitele a některé samy o sobě jsou schopny hostitele i usmrtit. Některé přispívají k patogenitě v součinnosti s dal±ími faktory patogenity (jako např. Streptococcus pyogenes, Staphylococcus aureus, Pseudomonas aeruginosa, Bacillus anthracis) nebo jsou hlavními faktory patogenity (Corynebacterium diphtheriae, Clostridium tetani, Clostridium botulinum, Vibrio cholerae). Toxické produkty bakteriálního metabolismu se nazývají toxické bakteriální proteiny nebo jednodu±e bakteriální toxiny, dříve se užíval termín exotoxiny. Představují zvlá±tní třídu jedů tvořených mikroorganismy, jsou to bílkoviny antigenní a jejich toxicita je neutralizována specifickou protilátkou. Ve stěně gramnegativních i grampozitivních bakterií je peptidoglykanová vrstva. U grampozitivních bakterií je od peptidoglykanové vrstvy vně je±tě povrchová vrstva zevní membrány tvořená fosfolipidy, lipopolysacharidem, kyselými polysacharidy a významným množstvím (asi 50%) bílkovin. Biologicky aktivní složku tvoří lipopolysacharidový komplex, který byl označován též jako endotoxin, obou termínů se dosud užívá.