Tak, jako je nutno rozlišovat řasy (eukaryotní organismy) od sinic (gramnegativní fotosyntetizující eubakterie) je nutno rozeznávat toxiny a alergeny. Zatímco látky, které působí alergie (kontaktní dermatitidy,astmatické záchvaty, otoky, slzení, kýchání apod.) produkují jak řasy sladkovodní, tak řasy mořské, toxické látky jsou v naprosté většině produkovány (dle současných znalostí) řasami, žijících ve vodách mořských a brakických.

Alergenní potenciál, dle posledních experimentů velmi souvisí s doprovodnými organismy. Bylo prokázáno, že např. Scenedesmus quadricauda, nebo Chlorella vulgaris v axenické kultuře jsou prakticky nealergizující, přírodní populace s dominancí těchto řas jsou však alergizující vysoce. V součastné době probíhají výzkumy, která skupina organismů je odpovědná za tyto efekty. Předpokládá se, že jde o bakterioplankton a epifytní bakterie žijící na povrchu buněk řas, které produkují exudáty (organické látky vylučované buňkami řas).

V následujícím textu předkládám přehled nejdůležitějších toxinů řas. Některé názvy toxinů se objeví také v kapitole toxiny živočichů. Je to tím, že například tetrodotoxin a další toxiny jsou produkovány obrněnkami, které slouží jako potrava ryb a některých obojživelníků. Toxin je tak kumulován v potravních sítích a ryba se stává toxická nikoliv proto, že sama produkuje toxiny, ale proto, že přijímá toxiny v potravě.