Interakce makromolekul s ligandy

   

   Separace vázaného a volného ligandu

   

   -         rovnovážná dialýza

   

   -         GPC

   

   -         Centrifugace

   

   

   

   

   Analýza vazby bez separace

   

   -         spektrální metody

   

   -         piezzoelektrické stanovení komplexu

   

   -         jiné specifické metody

   

   

   

   

   

   

   

   

   

                            Rovnocenná nezávislá vazná místa – Scatchard

   

   

   M[f] + L[f]                  ML = L[b]

   

   K[as] = [L[b]] / [M[f]] . [L[f]]  =   [L[b]] / [M[t]](n-n) . [L[f]]        

   

   K[as] = [L[b]] / [M[t]](n-n) . [L[f]]                  [L[b]] / [M[t]] = n

   

   K[as] . (n-n)  =  n / [L[f]]             K[as] . n - K[as] . n  =  n / [L[f]]

   

                                                                                                                                                                                  
                                                                                                
                                                                                    
                                                                                                            
   n / [L[f]]             K[as] . n                                    
                                                                                                                                                           
   n  =  0                                                                       
   o                                                         n / [L[f]]  =  K[as] .
   n                                                  x          
   o                                                                                                                                   
   x                                                         n / [L[f]]  = 
   0                                                                           o         - K[as]
                              n   = 
   n                                                                       x 
                                                                                
                                                                    x                   
   o                                                                                       
                                 
   x                                                                                                                                               
   x                                                                                                                                            
   x                      o         
                                                                                                            
              x       x                                                
                                                                                                
      x                                                                             
                                                                                                                                                                                  
                                                       n     n
                                                                                                                    
                                                                                                                                                                                  
                                                                                                                                                                                  
                                                                                                                                                                                  
                                                                                                                                                                                  
                                                                                                                                                                                  
                                                                                                                                                                                  
                                                                                                                                                                                  
                                                                                   

   

   

   

   

   

   

   

   

   

   

   

                                   Kooperující vazná místa – Hill

   

   


   

               M[f] + m.L[f]              ML = L[b

   ]

                       

               K[H] = [L[b]] / [L[f]]^m . [M[f]]  =  [L[b]] / [L[f]]^m . (n - n) . [M]  =  n / (n
   - n) . [L[f]]^m

   

               K[H] . (n - n) =  n / [L[f]]^m 

   

               K[H] . [L[f]]^m =  n / (n - n)            log K[H] + m.log [L[f]]  =  log  (n / (n
   - n))

   

   

                                                                                                
                                                      n[L[f]]                       
                                                                                                                                                                                  
   log  (n / (n -
   n))                                                                                                                                                                  
                                                                         
   m=0,5                                                                                               
                                                                                                                                                                                  
                                                                                                                                               
   m=1 (Scatchard)         
                                                                                                                                                                                  
                                                                                                                                               
   m                                                                                           
   m=4                                                                                                              
                                                      }log
   K[H]                                                                                                              
                                                                                                                        
   n                                                                                 log [L[f]] 
                                                                                                                                              
                                                                                                                                                                                  
                                                            

   

   

   

   

   

   

   

   

   

   

   

   

   

   

   

   

   

   

   NNEM (nearest neighbour exclusion model)

   

   

   Typické pro interkalaci ligandů do šroubovice DNA

   

                                                                                                                                                                       
         L                                                        
   L                                                                                                                        
                                                                                                                                                                                  
                                                                                                                                                                                  
      N[0]=2                     L                           N[0] =
   3                                                                                                          
                                                                                                                                                                                  
                     L                                                 

                                                                                   

                                 L

                                                                                                                       

   

   n[0]/[L[f]] = K[0].(1-N[0] n[0]).[ (1-N[0] n[0])/ (1-(N[0] – 1) n[0]]^N[0]^-1

   

   pro n[0]          0  n[0]/[L[f]] = K[0

   ]

   pro n[0]/[L[f]]            0    n[0] = 1/N[0

   ]

   

   K[0] – vazebná konstanta pro isolované vazné místo

   

   n[0] = c vázaného ligandu / c párů bazí

   

   N[0] = rozsah vyloučení, minimální počet párů bazí mezi ligandy

   

   

   


   

                                            
   n[0]/[L[f]]                                                                                                                           
                                                                                                                                                                                  
                                                                                                                                                                                  
                                                                                                                                                                                  
                                                                                                                                                                                  
                                                                                                                                                                                  
                                                                                                                                                                                  
                                                                                                                                                                                  
                                                                                                                                                                                  
                                                                                                                                                                                  
                                                                                    
                                                         0,33          0,5                 
          1                       
   n[0]                                                                               n[0] =
   1/N[0]