MASARYKOVA UNIVERZITA · PŘÍRODOVĚDECKÁ FAKULTA ODDĚLENÍ FUNKČNÍ GENOMIKY A PROTEOMIKY KURZ ZÁKLADŮ PROTEOMIKY Bi 8202c, jaro 2008 PROTOKOL I. ANALÝZA PROTEOMU _________________________________________________________________________________________ A VÝSLEDKY DVOUROZMĚRNÉ ELEKTROFORÉZY: * Přiložit obrázek naskenovaného gelu, popsat škálu pI a žebříček proteinového standardu, vyplnit hlavičku gelu * Vyznačit na skenu protein, který byl vyřezán, enzymaticky naštěpen a analyzován MS * Specifikovat použitou metodu identifikace proteinů: ……………….. * Výsledek identifikace proteinů, porovnat teoretické parametry proteinu (Mr, pI) získané z databáze s polohou proteinu na gelu: Číslo spotu odhad z gelu z databáze Identifikace proteinu Mr (kDa) pI Mr (kDa) pI Název proteinu Score Závěr: Projekt Základy proteomiky Bi8202c Datum analýzy Vzorek Arabidopsis thaliana amp1 wt Množství proteinu na strip (mg) 2-DE strip cm pH SDS-PAGE 12%T Barvení Coomassie Blue G-250 stříbro B VÝSLEDKY LC-MS/MS analýzy Digesce in-solution · Vypočtěte objem roztoku trypsinu, který je nutno smíchat s 2 ml směsi proteinů, abyste dosáhli předepsaného poměru enzym : substrát. směs neznámých proteinů o celkové koncentraci proteinu 1.2 mg/ml trypsin (v 25 mmol/l uhličitanu amonného) ………………………….5 mg/ml poměr enzym : substrát …………………………………………………1 : 60 Digest: ………ml trypsinutraci proteinu... 2 ml směsi proteinů * Metoda identifikace proteinů: …………………….. · Výsledek identifikace směsi proteinů: Identifikace proteinu Název proteinu Score 1 2 3 4 5 6 Závěr: