Jak se hledají geny?

                                      Hledání genů u prokaryot

•             ORF (otevřené čtecí rámce)

  –        start kodon je následován nejméně 60 AK, poté stop kodon

  –        homologie se známými ORF

  

•             Signální sekvence

  –        Transkripce - konsensus promotorové a terminační sekvencí

  –        Translace - vazebné místo na ribozóm: Shine-Dalgarnova              

                         sekvence

  

•             Rozdíly v obsahu bazí mezi kódující a nekódující sekvencemi DNA - obsah GC, tzv. codon
bias

                             Geny prokaryot jsou uspořádány do operonů

                                       Komplikace u eukaryot

  •          Složené geny (split genes)

    - introny a exony,

    - obratlovci - délka genu 30kb/1-2kb je kódující

    - např. gen pro dystrophin 2.4 Mb, desítky exonů, introny až 32kb

  •          Velké genomy - u rostlin až 110 000 Mb (Fritillaria assyriaca)

  •          Většina DNA je nekódující

    - introny, regulační oblasti, “junk” DNA

    - asi 3% kódující (člověk)

  •          Složitá regulace genové exprese (modifikace chromatinu, metylace DNA, RNAi,
  alternativní sestřih)

  •          Regulační sekvence mohou být daleko od start kodonu









                                  Geny v genech a jiné podivnosti









                                     Evoluce genovou duplikací

              Genová duplikace: pseudogenizace, neofunkcionalizace, subfunkcionalizace



                                 Vznik nového genu na příkladu AFGP