Zpracování dat a vizualizace v chemii C2150 Zdeněk Kříž a Martin Prokop Co se naučíte ­ Získávání strukturních dat z databází ­ Validace získaných dat ­ Příprava pro molekulové modelování ­ Extrahování dat z modelování ­ Vizualizace dat a tvorba prezentací Zpracování dat a vizualizace v chemii C2150 Jaký software budeme používat ­ Web browser ­ What If ­ Triton ­ VMD ­ Open Office Jak můžu získat strukturní data o molekule Pro malé molekuly: ­ Cambridge Structural Database ­ Glycan Structural Database ­ 3Dchem database ­ Modelování od začátku Velké biomolekuly ­ Protein Structural Database ­ PDB ­ Nucleic Acids Database ­ NDB ­ Modelování na základě homologie Jak hledat v databázi Znám název molekuly, nebo její vzorec U malých molekul znám jejich SMILES kód (CCO ­ ethanol, c1CCCCc1 ­ cyklohexan a pod). CSD umí hledat podle funkčních skupin (umožňuje přes grafické rozhraní nakreslit vzorec) NDB databáze ­ hledání podle sekvence bazí PDB umožňuje několikastupňové prohledávání Cambridge structural database Co ukládá CSD ­ Data o organických molekulách ­ Data o komplexech kovů s organickými molekulami Jakými metodami jsou získávána data ­ RTG krystalografie Monokrystalů Prášková difrakce Co v CSD nenajdeme ­ Data o polypeptidech, polysacharidech a oligonukleotidech ­ Data o anorganických molekulách Cambridge structural database Cambridge structural database ICSD databáze http://www.fiz-karlsruhe.de/icsd_content.html Co najdeme v ICSD ­ Krystalové struktury prvků ­ Krystalové struktury binárních sloučenin ­ Krystalové struktury složitějších anorganických sloučenin ICSD obsahuje více než 108000 záznamů Protein Data Bank - PDB http://www.pdb.org Protein Data Bank - PDB 55795 struktur ­ 47777 ­ RTG ­ 7696 ­ NMR ­ 217 ­ EM proteiny/NA/komplexy ­ 51535 ­ protein ­ 1173 ­ DNA ­ 701 ­ RNA ­ 2255 ­ komplexy Protein Data Bank - PDB PDB ­ prohledávání databáze PDB ­ prohledávání databáze PDB ­ prohledávání databáze PDB ­ prohledávání databáze PDB ­ prohledávání databáze PDB ­ prohledávání databáze PDB ­ prohledávání databáze Nucleic Acid Database http://ndbserver.rutgers.edu NDB - prohledávání NDB - prohledávání NDB - prohledávání NDB - prohledávání Glyco3D databáze http://www.cermav.cnrs.fr/glyco3d/index.php Glyco3D databáze Glyco3D databáze Glyco3D databáze Practical structural databases http://xray.bmc.uu.se/embo/structdb/links.html