http://www.ibp.cz/labs/LC/
ODDĚLENÍ CYTOKINETIKY
BIOFYZIKÁLNÍ ÚSTAV, AV ČR, v.v.i.
Vedoucí: doc. RNDr. Alois Kozubík, CSc.
Vedoucí skupinek:
Doc. RNDr. Jiřina Hofmanová, CSc.
Mgr. Karel Souček, Ph.D..
RNDr. Jan Vondráček, Ph.D.
RNDr. Alena Vaculová, Ph.D.
P1220013.JPG
Oddělení živočišné fyziologie a imunologie
Ústav experimentální biologie, PřF MU
Možnosti vypracovávání bakalářských a diplomových prací
Postgraduální studium
Scientific interests:
► Lipid dietary compounds in regulation of
cytokinetics
► Growth regulators in cancer cell signalling
► Interaction of lipids and cytokines
► Effects of anticancer drugs
► Molecular and cellular mechanisms of toxicity of
organic compounds
je zaměřen zejména na přenos buněčných signálů a
patofyziologické změny vztahující se k nádorovým
onemocněním (zejména kolonu a prostaty) v kontextu
mechanismů působení
►lipidových složek výživy (esenciální vysoce
nenasycené mastné kyseliny - VNMK, butyrát z vlákniny)
► endogenních regulátorů růstu, diferenciace a
apoptózy (rodina tumor necrosis factor – TNF zejména
TRAIL, tumor growth factor beta (TGF), fibroblast growth
factor (FGF) a signální dráha Wnt/beta katenin)
► environmentálních chemických org. látek (PAH, PCB,
dioxiny)
► vybraných protinádorových léčiv (deriváty platiny)
VÝZKUM V LABORATOŘI CYTOKINETIKY BFÚ AV ČR
Jsou zkoumány
► procesy vedoucí ke změnám regulace
buněčné kinetiky (proliferace, diferenciace,
apoptózy) a komunikace
► důsledky interakce vybraných faktorů (VNMK
a butyrát, VNMK a TRAIL, TRAIL a cytostatika,
PAH a TNF)
► rozdíly v odpovědi nádorových a
nenádorových buěnčných populací
Získané výsledky mají význam jak pro obecné studium
procesu karcinogeneze (genotoxické i negenotoxické
mechanismy)
tak pro oblast (eko)toxikologie, nádorové prevence
a hledání nových protinádorových terapeutických
postupů.
Poznatky o úloze specifických lipidových složek výživy
mohou být podkladem pro optimalizaci lipidové výživy
(oblast prevence a podpůrné terapie) ve spolupráci s
klinickými pracovišti a výrobní sférou.
Struktura hlášených onemocnění novotvary bez dg. C44. A – muži; B – ženy
(podle ÚZIS)
POPULACE NORMÁLNÍCH
(NETRANSFORMOVANÝCH)
BUNĚK
ONKOGENEZE
fáze:
INICIAČNÍ
(INITIATION)
PODPŮRNÁ
(PROMOTION)
„cell signalling“
(cytokiny vs.
eikosanoidy)
klinická data,
matematické analýzy,
experimentální ověření
ONKOTERAPIE
PROGRESIVNÍ
FÁZE
(PROGRESSION)
POPULACE
TRANSFORMOVANÝCH
BUNĚK
VÝZKUMNÉ CÍLE A OBLASTI PRAKTICKÉHO VYUŽITÍ
http://www.ibp.cz/labs/LFRP/
Department of Free Radical Pathophysiology
Head of the department:
Antonín Lojek
Scientific interest:
Modulation of mechanisms leading to the generation of reactive oxygen and
nitrogen metabolites by phagocytes
Effects of polyunsaturated fatty acids and products of their peroxidation on the
metabolic activity of phagocytes
Mutual interactions of phagocytes with other cell types and extracellular matrix
components
Antioxidative properties of body fluids, drugs and natural compounds
Role of myeloperoxidase in the regulation of vascular physiology
Redox regulation of intracellular signaling
Role of NADPH oxidases in the physiology of non-phagocytic cells
Používané modely a metodický potenciál
Oddělení cytokinetiky BFÚ
(hlavní oblasti výzkumu
a odborného směřování)
organismální,
tkáňová
molekulovábuněčná
studium na jednotlivých úrovních organizace systému
Komplexní povaha biologických systémů
vyžaduje komplexní přístupy k jejich studiu
Obecné schéma působení studovaných látek a jejich dopad
of
Lipid
nutrition of
appropriate
composition
Combined
Treatment with
Increasing of therapeutic effects ?
Targeted modulation of phospholipid metabolism, (e.g. based on lipid nutr.)
might be a possible innovative strategy leading to
increasing of Pt-based cytotoxicity.
ECOTOXICOLOGY
TOXICOLOGY
of
experimental base
OPTIMALIZATION
OF ANTI-CANCER
THERAPY
MATHEMATIC
ANALYSIS
OF DATA
(OF BIOLOGIC
REACTIONS)
ESTIMATION
OF DISEASE
RISC
2
1
3
MEDICALCARE
ECOLOGY
REGULATION OF CELL KINETICS
(PROLIFERATION, DIFFERENTIATION, APOPTOSIS
1 - molecular level
2 - cellular level
3 - systemic level (organism, population, ecosystem)
„Multifaktoriální povaha“
odpovědi
biologických (živých) systémů
na působení přirozených regulátorů „růstu“
(toxických látek, farmak …….)
differentiation
apoptosis
(necrosis)proliferation
?%+
- t0 txtime (t)
Základní přístup k postižení cytokinetiky:
detekce hlavních parametrů (dynamiky)
a jejich ronováhy/nerovnováhy v čase
Vhodnost volby modelu
Studie in vivo
– poskytují informaci o celkové (systémové)
odpovědi organismu, relativně méně vhodné ke
studiu mechanismu účinků na subbuněčné úrovni
Studie in vitro
- nelze z nich mechanicky zobecňovat závěry pro
systémy in vivo (chybí zapojení vyšších regulačních
systémů), ideální pro studium mechanismů účinků
na subbuněčné úrovni
ROVNOVÁHA – HOMEOSTÁZA
Je výsledkem mnoha zpětnovazebných účinků
Poruchy vedou k patofyziologickým stavům vč nádorového
onemocnění
of
Výzkum
(vývoj)
Aplikovaný
(cílený)
Základní
Výroba
Užití
Snaha o naplnění cyklu
a důsledky pro finanční zajištění
Používané metody
a metodický potenciál
(východiska)
Modely
Buňky in vitro
Buněčné linie in vitro odvozené od různých typů nádorových
i nenádorových tkání:
• krvetvorné (HL-60, U937, lidské promelocytární linie)
• střevní epitel (linie lidského adenokarcinomu kolonu HT-29,
embryonální linie FHC)
• jaterní tkáň (myší Hepa 1, nádorové krysí buňky WB-F344)
Fagocyty a lymfocyty:
• izolované z krve myší a zdravých lidských dobrovolníků
• buněčná linie myších peritoneálních makrofágů RAW 264
Laboratorní myši kmenů CBA, C57B1, nebo jejich kříženci
(event.lab.potkani)
• změny krvetvorby- pokusným myším s krvetvorbou normální nebo
utlumenou ionizujícím zářením či aplikací cytostatika budou podávány
testované substance
• nádorový růst- u pokusných myší s experimentálně implantovaným
nádorem budou sledovány efekty léčby testovanými substancemi
na nádorový růst
• zánětlivý/septický model- pokusným myším bude intraperitoneálně
podáván endotoxin (10 mg/kg) rozpuštěný ve fyziologickém roztoku.
Současně nebo následně budou podávány také studované lipidové
emulze.
Studované parametry a metodické přístupy
ÚROVEŇ BUNĚČNÁ
Oxidační a antioxidační vlastnosti emulzí, změny spekter buněčných
lipidů a mastných kyselin (HPLC, plynová chromatografie)
Produkce superoxidového aniontu, peroxidu vodíku, hydroxylového
radikálu, oxidu dusnatého a působení na PUFA, lipidy a buňky
(luminometrie, fotometrie, elektrochemie)
ÚROVEŇ MOLEKULÁRNÍ A BUNĚČNÁ
Exprese buněčných receptorů, exprese a aktivita specifických kináz
(ERK, JNK atd.) a transkripčních faktorů (PPAR, NFkB..), exprese genů
a proteinů zapojených v regulaci buněčného cyklu (p21, cykliny, CDK
atd.), apoptózy (proteiny Bcl2 rodiny atd.) a buněčné adheze (FAK, Ecatherin,
integriny atd.) - detekce pomocí elektroforetických metod,
Western blottingu, PCR, fluorimetrie, multiparametrické flow
cytometrie.
ÚROVEŇ buněčných POPULACÍ A TKÁNÍ
Změny cytokinetiky (proliferace, diferenciace, apoptóza) a oxidativního
metabolismu (flow cytometrie, fluorimetrie, fluorescenční mikroskopie)
Extra- a intracelulární tvorba reaktivních metabolitů kyslíku a dusíku
buňkami, peroxidace lipidů (luminometrie, flow cytometrie, fotometrie,
Western blotting)
Akumulace triacylglycerolů v cytoplasmě buněk ovlivněných různými
složkami lipidových emulzí, fluidita membrán (HPLC, plynová
chromatografie, fluorimetrie)
Komplexní analýza krvetvorby pokusných myší - stanovení počtů
jednotlivých typů buněk v periferní krvi a krvetvorných orgánech,
vyhodnocení stavu poolu progenitorových buněk pro granulocyty,
makrofágy ( GM-CFC ) a erytrocyty ( BFU- E ).
Zavedené modely a vybrané metodické možnosti (v kooperaci)
Podrobněji Doc. J. Hofmanová
FACSCalibur
5
Flow cytometrie:
jedna z hlavních
používaných
metodologií
Registrovaní
účastníci:
Zvaní zahraniční
odborníci:
65 137 180
0 3 7 (Angl.)
Výzkum mechanismů působení VNMK (omega-3 a
omega-6) a butyrátu (NaBt) a navíc
► jejich vzájemné interakce
► interakce s endogenními regulátory růstu,
diferenciace a apoptózy (cytokiny, růstové faktory,
induktory apoptózy - zejména vliv na cytokinetiku,
odhalování mechanismů) - terapeutické aplikace, lipidové
výživy
Cílem je prohloubit poznání a nově definovat úlohu
látek lipidové povahy zejména VNMK a jejich derivátů
v mezi- a vnitrobuněčných komunikacích podílejících
se na regulaci buněčného dělení, diferenciace a
apoptózy – úloha v karcinogenezi (kolon, prostata)
Potenciální preventivní působení a terapeutické
aplikace (výživa – funkční potraviny, disease-specific
nutrition)
APOPTOSIS (anoikis)
APOPTOSIS
(damaged cells)
Epitel tlustého střeva
 kontinuálně se obnovující tkáň s
řadou kritických fyziologických funkcí v
organizmu
 dynamická rovnováha mezi
přírůstkem buněk na bázi a úbytkem
buněk na povrchu střevních krypt
přesně regulována endogenními
faktory (hormony a cytokiny),
ale může být rovněž modulována
dietetickými faktory přítpmnými v
lumen střeva
Endogenní
regulátory
+
Exogenní
dietetické
faktory
of
TUKY a VLÁKNINA
Nejen zdroj energie!!!
Esenciální polynenasycené mastné kyseliny
omega-3 (k. α-linolenová) omega-6 (k. linoleová)
DHA
(22:6)
AA
(20:4)
Důležitá strukturální a regulační funkce s dopadem na strukturu a funkce
membrán a fyziologické funkce organizmu
Patofyziologické podmínky - artherosclerosis, zánět, nádory
důležitý
poměr
k. dokosahexaenová
rybí olej
k. arachidonová
rostlinné oleje
prekurzory
Psyllium
• vzniká anaerobní mikrobiální fermentací vlákniny ve střevě
Specifické působení na
Normální kolonocyty
Nádorové buňky kolonu
 Zdroj energie
→ zvýšená proliferace
→ pokles v apoptóza
 snížená proliferace
 indukce diferenciace
 indukce apoptózy
 změny genové exprese
Butyrát sodný
INTERACTIONS OF DIETARY FACTORS AND ENDOGENOUS REGULATORS SUPPOSED TO AFFECT
CYTOKINETICS OF COLONIC EPITHELIAL CELLS
?
DIETARY PUFAs
(n-3, n-6)
DIETARY
FIBRE
EICOSANOIDS BUTYRATE
?
?
?
?
Kovaříková M. et al. Eur J Cancer 2000
Kovaříková M. et al. Differentiation 2004
Vaculová et al. Cancer Letters 2005
Hofmanová J. et a. Eur J Nutr 2005
Hofmanová J. et al. Cancer Letters 2005
Hofmanová J. et al. Mol Nutr Food Res 2009
PAHs
cytostatika
Lidské epiteliální linie kolonu
FHC HT-29 HCT-116
normální
fetální kolon
adenokarcinom
diferencovaný
neinvazívní
nediferencovaný
invazivní
Sekvence adenom x karcinom
FHC
AA/C1
AA/C1/SB10
RG/C2
HT-29
HCT116
SW-620
buněčné linie
(tkáňové kultury)
Buňky epiteliálního původu
PatologieOrganismusLokalizaceOznačení
karcinomkrysajátraH4IIELuc
embryonálníčlověkkolonFHC
normálnímyšplicníE10
karcinommyškolorectumCT26
karcinom, doxorubicin -
rezistentní
člověkplíceCOR-L23R
karcinom, Pt - rezistentníčlověkplíceCOR-L23/CP3
karcinomčlověkplíceCOR-L23
karcinom, Pt- citlivéčlověkovariumCH-1
normálnínorekplíceCCL-64
adenokarcinomčlověkkolonCaCo2
tranformované viremčlověkplíceBEAS-2B
karcinomčlověkplíceA549
karcinom, Pt - rezistentníčlověkováriumA2780cis
karcinom, Pt - citlivéčlověkováriumA2780
Buňky epiteliálního původu
PatologieOrganismusLokalizaceOznačení
normálníkrysajátraWB-F344
karcinomčlověkprsT47D
adenokarcinom, Pt – primárně
rezistentní
člověkovariumSKOV-3
adenokarcinomčlověkprsMVLN
normálnípesledvinaMDCK
adenokarcinomčlověkprsMDA-MB-231
adenokarcinomčlověkprsMCF-7
embryonální (fibroblasty)člověkplíceLEP
embryonálníčlověkendotelHUVEC
adenokarcinomčlověkkolonHT115
adenokarcinomčlověkkolonHT-29
karcinomčlověkjátraHepG2
karcinommyšjátraHepa1
karcinomčlověkcervixHeLa
normálníčlověkepidermisHaCaT
PatologieOrganismusLokalizaceOznačení
Buňky mezenchymálního původu
leukemie (lymfoidní)myškrevWEHI
normální (fibroblasty)křečekfibroblastyV79
leukemie (monocytární)člověkkrevU937
leukemie (myeloidní)člověkkrevNB4
leukemie (myeloidní)člověkkrevML-1
leukemie (lymfoidní)člověkkrevMOLT-4
leukemie (erytroidní)člověkkrevK562
leukemie (lymfoidní)člověkkrevJurkat
imortalizovanénervovéIMM
leukemiečlověkkrevHL-60
fibrosarkommyšG5:113
Přehled metod
a metodologií
Metody používané v laboratoři cytokinetiky BFÚ AV ČR, Brno
Legenda: FACS - průtoková cytometrie
FM - fluorescenční mikroskop
SM - světelný mikroskop
WB - western blotting
FM - fluorimetrie (FluoStar)
CM - kolorimetrie (FluoStar nebo Elisa reader)
LM - luminometrie (VUVEL, Lojek)
PAGE - polyakrylamidová elektroforéza
RT-PCR - reverse transcription polymerase chain reaction
RG - radiografie
ELFO – agarosová elektroforéza
LegendaPrincip, funkce, parametrNázev metody, stanovované molekuly
DAPI staining Studium morfologických změn buněčného jádra apoptotických buněk FM
Annexin V - FITC + propidium jodid
(PI) Externalizovaný fosfatidylserin apop. buněk + zachovaná semipermeabilita (detekce rané apoptózy) FACS, FM
TUNEL + PI Průkaz specifické fragmentace DNA (DNA zlomů - nicků – ss DNA breaks) FACS, FM
SubG0/G1 peak v distribuci
buněčného cyklu Barvení buněčné DNA propidium jodidem s extrakcí nízkomolekulární DNA citrátovým pufrem FACS
PI - Hoechst double - stain Rozdělení buněk na mrtvé/živé, podle morfologie jádra identifikace apoptotických buněk FM
DNA žebřík Průkaz fragmentace DNA na 180 bp fragmenty (tzv. ladder) ELFO
Kaspáza 1, 3, 7, 8, 9 Detekce exprese specifických proteáz WB
Caspase assay (c-3, -6, -8, -9 subs.) Důkaz aktivity specifických proteáz štěpením specifické sekvence na fluorescenční substrát FM
cytokeratin 18 - protilátka M30 Neoepitop vytvořený štěpením cytokeratinu kaspázou FACS,
Lamin B Degradace Laminu B kaspázami WB
PARP Detekce štěpení proteinu PARP WB
JC-1, TMRE, DiOC6, MitoTracker
Red, Rh 123 Detekce změn mitochondriálního potenciálu DYm FACS
Hoechst + propidium jodid (PI) Detekce apoptických, nekrotických a sekundárně nekrotických buněk (detekce i pozdní apoptózy) FM
F-aktin Detekce intenzity polymerizace a depolymerizace aktinu (pomocí konjugátu faloidin-FITC) FCM, FM
Intracelulární pH Průkaz poklesu intracelulárního pH vůči fyziol. hodnotě nutného k aktivaci enzymu DNA-ázy
Izolace cytochromu c z cytos. frakce Vylití Cyt. C z mitochondríí do cytosolu a formování komplexu s Apaf-1 a procasp-9 vytváří apoptosom WB
OxPhos Complex IV subunit II Studium funkce mitochondrií WB
Metody průkazu apoptotické formy buněčné smrti
Proteiny a molekuly spojené s procesem apoptózy
Bad, Bag-1, Bak, Bax, Bcl-2, Bcl-X, BclXL,
Bid, Mcl-1 Bcl-2 rodina - regulátory průběhu apoptózy WB
c-FLIP Inhibitor kaspázy 8 WB
c-IAP1, XIAP Rodina inhibitorů kaspáz WB
Hydroethidin, 2´,7´
dichlorofluoresceindiacetát Stanovení respiračního vzplanutí a produkce ROS provázející apoptózu FACS
Dihydrorhodamin 123 Stanovení respiračního vzplanutí a produkce ROS provázející apoptózu FACS
Lucigenin Stanovení respiračního vzplanutí a produkce ROS provázející apoptózu LM
LegendaPrincip, funkce, parametrNázev metody, stanovované molekuly
Metody stanovení úrovně proliferace, cytotoxicity, viability
LegendaPrincip, funkce, parametrNázev metody, stanovované molekuly
Počítání buněk Počítač částic založený na principu konduktivity
Coulter
counter
Dye exclusion assay - eosin, trypanová
modř Barvení mrtvých buněk s permeabilizovanou membránou SM
Dye exclusion assay - propidium jodid Barvení mrtvých buněk s permeabilizovanou membránou FACS
MTT, WST-1
Stanovení relativního množství buněk metabolizujících tetrazolove soli MTT, WST-1 na formazanove
produkty CM
CyQuant Kit (Molecular Probes) pro značení DNA speciální fluorescenční barvou - proliferační assay FM
PCNA Marker proliferace - podjednotka DNA-polymerázy d a e WB, SM
Inkorporace BrdU Analog deoxyuridinu se inkorporuje během replikace DNA v proliferujích buňkách FACS, FM
Inkorporace 3H-thymidinu (izotopová
metoda) Triciem značený thymidin se inkorporuje do buněk během replikace DNA - scintilační hodnocení RG
Clonogenic assay Otreatované buňky rostou v médiu nebo na agaru, sleduje se schopnost vytvářet kolonie buněk
Metody analýzy buněčného cyklu
LegendaPrincip, funkce, parametrNázev metody, stanovované molekuly
Proteiny spojené s regulací buněčného cyklu
Barvení pomocí PI
(např. Vindelův roztok) Distribuce buněčné populace podle množství celkové buněčné DNA do jednotlivých fáz bun. Cyklu FACS
Mouse anti-BrdU-FITC + PI Sledování syntézy DNA na základě inkorporace BrdU do DNA proliferujících buněk FACS
Pulse-chase BrdU labeling Sledování průchodu buněk cyklem FACS
cyklin A Řízení S - G2 fáze b. cyklu - asociuje s cdk 2 WB
cyklin D1 Řízení přechodu z fáze G1 do S - asociuje s cdk 4 WB
cdk 2 activity assay Řízení S - G2 fáze b. cyklu - asociuje s cyklinem A RG
cdk 4 Řízení přechodu z fáze G1 do S - asociuje s cyklinem D WB
p15, 16 Rodina p16 - inhibující kinázy cdk 4 a 6 WB
p21/waf1/cip1/sdi1/pic1 Inhibitor cdk a DNA replikace, transaktivovaný pomocí p53 WB
p27/kip1 Inhibitor komplexů cyklin D-cdk 4, cyklin A-cdk 2 WB
Topoizomeráza IIa Replikační faktor - marker pozdní S/G2/M fáze b. cyklu WB
pRb Onkosupresor zastavující ve fosforylované formě b. cyklus v souvislosti s p21 WB
p53 Tumor supresorový gen - "Guardian of the genome" - downstream reguluje p21/waf WB
LegendaPrincip, funkce, parametrNázev metody, stanovované molekuly
Metody detekce diferencujících se buněk
LegendaPrincip, funkce, parametrNázev metody, stanovované molekuly
Proteiny spojené s diferenciací buněk
LegendaPrincip, funkce, parametrNázev metody, stanovované molekuly
CD11b, CD14 Znaky monocytární diferenciace lidských leukemických buněk FACS
Nespecifické esterázy Stanovení aktivity a-naftyl acetát esterázy (difer. leukemických buněk) CM
Fagocytická aktivita Znak monocytární diferenciace leukem. buněk - pohlcení částic konjug. s FITC FACS
NBT redukční test Se zvyšující se úrovní diferenciace roste počet reduk. formazánových zrn CM
Aktivita alkalické fosfatázy Znak diferenciace kolonových buněk - disodná sůl 4-nitrofenyl fosfátu CM
Nespecifické esterázy
Stanovení aktivity nespecifických esteráz pomocí štěpení fluoresenčné sondy CFDA
(karboxyfluorescein diacetát) FACS
Intracelulární pH Stanovení intracelulárního pH jako markru diferenciace buněk pomocí flourescenční sondy SNARF-1 FACS
Polymerizace aktinu FITC značený faloidin FM
RARa Receptor all-trabs retinoic acid, indukující diferenciaci leukemických buněk WB
RXRa Receptor aktivovaný 9-cis-retinovou kyselinou WB
VDR Receptor vitaminu D, množství VDR moduluje růst a diferenciaci nádorových buněk WB
Mezibuněčná komunikace, anoikis, motilita buněk
LegendaPrincip, funkce, parametrNázev metody, stanovované molekuly
Metabolismus kyseliny arachidonové
LegendaPrincip, funkce, parametrNázev metody, stanovované molekuly
FAK Nereceptorová tyrosin kináza zapojená v přenosu signálů z ECM WB
Cadheriny Složka desmosomu, nachází se v komplexu s cateniny WB, FM
g-catenin Složka desmosomu, nachází se v komplexu s cadheriny WB
connexin 43 Složka gap junctions (GJIC) WB
GJIC inhibition assay Testování funkčnosti GJIC pomocí luciferové žluti FM
Wound healing assay Testování motility buněk FM
cytopl. fosfolipáza A2 Odštěpuje AA z membrán WB
5-lipooxygenáza Metabolizuje AA na leukotrieny WB
Cyklooxygenáza 2 Metabolizuje AA na prostaglandiny, prostacykliny a tromboxany WB
Uvolňování AA Uvolnění AA z buněk do media
HPLC
(VUVEL)
Signální dráhy receptorů smrti
LegendaPrincip, funkce, parametrNázev metody, stanovované molekuly
LegendaPrincip, funkce, parametrNázev metody, stanovované molekuly
Kinázy a proteiny s nimi asociované
Fas-L Ligand Fas-R - signál smrti WB
Fas-R (CD95) Receptor smrti - aktivovaný navázáním Fas-L WB,FACS
FADD Adaptérová molekula - součást DISC komplexu WB
Toso Inhibitor Fas indukované apoptózy nacházející se na povrchu T lymfocytů WB
TRAIL Ligand TRAIL-R - signál smrti WB
TRAIL-R1,2 (DRs) Receptory smrti - aktivovány navázáním TRAIL-L WB,FACS
TRAIL-R3,4 (DcRs) Decoy receptory - vážou TRAIL, ale neaktivují proces apoptózy WB,FACS
Ras, N-Ras Mebránový G-protein WB
ERK 1/2 Imunochemické stanovení neaktivní a aktivní (fosforylované formy) WB
p38 Imunochemické stanovení totální (na fosforylačním stavu nezávislé) hladiny p38 WB
JNK/SAPK activity assay stanovení aktivity analýzou fosforylace substrátu (radioizotopová metoda) RG
Akt/PKB Serin/Threoninová protein kináza, může stimulovat Ras WB
pTyr Protilátka detekující fosforylovaný Tyrosin WB
pSer Protilátka detekující fosforylovaný Serin WB
Signální dráha TGFb
LegendaPrincip, funkce, parametrNázev metody, stanovované molekuly
LegendaPrincip, funkce, parametrNázev metody, stanovované molekuly
Proteiny asociované s AhR
AhR
WB, RT-PCR
Ligand-dependentní transkripční faktor,
EMSA,
FM
Reporter gene assay for AhR Metoda stanovení aktivity Ah R LM
Stabilní transfekce mutantních variant AhR a ARNT pomocí plazmidových vektorů
ARNT Jaderný partner receptoru AhR umožňující jeho vazbu na XRE element
WB, RT-
PCR
CYP1A1 Oxidáza se smíšenou funkcí patřící do rodiny cytochromů P450
WB, RT-
PCR
TGF b1 Růstový faktor WB
TGF b R I, II Receptor pro TGF b WB
Smad 2, 4 Aktivace TGF R vede k translokaci těchto transkripčních faktorů do jádra WB
Proteiny spojené s hormonální regulací
LegendaPrincip, funkce, parametrNázev metody, stanovované molekuly
LegendaPrincip, funkce, parametrNázev metody, stanovované molekuly
Transkripční faktory a asociované proteiny
ER a, b Receptory estrogenů WB
Reporter gene assay for ER Metoda stanovení aktivity estrogenních receptorů LM
Cathepsin D Endopeptidáza indukovaná estrogeny WB
LRP/MVP Ribonukleoproteinové částice ovlivněné hladinou estrogenů WB
PPARg Jaderný receptor pro hormony ovlivňovaný MAPK WB
NF-kB Aktivátor řady genů spojených s hematopoezou, apoptózou atd. WB, EMSA
IkB Inhibitor NF-kB, který jej zadržuje v cytoplazmě WB
c-Myc Po navázání heterodimerizačního partnera Max působí jako TF WB
p53 Onkosupresor podílící se na řízení oprav DNA lézí WB
AP - 1 (Jun + Fos) Homo- či heterodimerní transkripční faktor WB, EMSA
Děkujeme za pozornost