Identifikace proteinů Základy práce s databázemi[H1] Seznámíme se s nejdůležitějšími zdroji dat a nástroji pro studium proteinů přístupných na Internetu. Použití si vyzkoušíme na několika praktických příkladech v počítačové učebně a studenti vypracují několik praktických úkolu. Typy zdrojů informací a nástrojů Doc. Dr. Zbynek Zdrahal (zdrahal@sci.muni.cz) http://www.sci.muni.cz/LMFR/Proteomika.html 1. Základní data – sekvence NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/) Entrez (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/) Expasy (http://www.expasy.ch/) SwissProt (http://www.expasy.ch/sprot/) – struktura PDB (http://www.rcsb.org/pdb/) 2. Nástroje – analýza sekvence, srovnávání více sekvencí odkaz na Biology Workbench (http://workbench.sdsc.edu/) CLUSTAL BLAST PHYLIP – zobrazení struktury PDB Java Viewer Cn3D (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/CN3D/cn3d.shtml) Swiss Pdb Viewer (http://www.expasy.ch/spdbv/mainpage.htm) Chime (http://www.mdli.com/support/chime) – předpovídání struktury Swiss Model (http://www.expasy.ch/swissmod/SWISS-MODEL.html)[INS: :INS] [INS: I-TASSER ( :INS] [INS: http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER/ :INS] [INS: ) :INS] [DEL: :DEL] – komplexní Biology WorkBench (http://workbench.sdsc.edu/) SwissProt Tools (http://www.expasy.ch/tools/) 3. Odvozená a speciální data – podobnosti mezi druhy COG (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/) – domény PROSITE (http://www.expasy.ch/prosite/) – typy skládání SCOP (http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/) – fosforylační místa PhosphoBase (http://www.cbs.dtu.dk/databases/PhosphoBase/) – hmotnostní spektra pro MALDI-TOF, 2-D gely, identifikace z gelu SwissProt 2-D PAGE (http://www.expasy.ch/ch2d/) PeptideSearch (http://www.mann.embl-heidelberg.de/GroupPages/PageLink/peptidesearchpage.html) ProteinProspector (http://prospector.ucsf.edu/) – nomenklatura enzymů SwissProt ENYZME (http://www.expasy.ch/enzyme/) - pohyby proteinů MolMovDB (http://bioinfo.mbb.yale.edu/MolMovDB/) Vyhodnocení MS dat (samostatná práce) Po seznámení se s nejdůležitějšími zdroji dat a nástroji pro studium proteinů přístupných na Internetu data získaná MALDI-TOF analýzou (hmoty peptidů) zadáme do prohledávacího programu Mascot (Matrix Science) s příslušnými parametry a identifikujeme proteiny z jednotlivých skvrn. [INS: Poznámka: :INS] [INS: Proteolytické štěpení a MALDI-TOF analýza bude provedena z části demonstrační formou z časových a kapacitních důvodů. Studenti obdrží seznam hmot peptidů pro každý analyzovaný vzorek a vlastní identifikaci proteinů si každý student provede sám. :INS] [INS: :INS] [INS: :INS] [INS: Hledání 3-D konformace stru :INS] [INS: kturně podobných proteinů (samostatná práce) :INS] [INS: :INS] [INS: doc. dr. Jaromír Marek, Ph.D. (marek@chemi.muni.cz) :INS] [INS: :INS] [INS: :INS] [INS: Ú :INS] [INS: kol :INS] [INS: : :INS] [INS: :INS] [INS: s pomocí databáz :INS] [INS: e :INS] [INS: PDB :INS] [INS: určete :INS] [INS: znám :INS] [INS: ou :INS] [INS: ( :INS] [INS: é :INS] [INS: ) :INS] [INS: :INS] [INS: 3-D :INS] [INS: struktur :INS] [INS: u :INS] [INS: ( :INS] [INS: y :INS] [INS: ) :INS] [INS: :INS] [INS: proteinu :INS] [INS: :INS] [INS: podobn :INS] [INS: ou :INS] [INS: ( :INS] [INS: é :INS] [INS: ) :INS] [INS: :INS] [INS: zadané :INS] [INS: sekvenci :INS] [INS: aminokyselin :INS] [INS: a stručně popište výsledek :INS] [INS: :INS] [INS: :INS] [INS: :INS] [INS: N :INS] [INS: ástroje :INS] [INS: : [DEL: :DEL] :INS] [INS: 1) :INS] [INS: http://www.ebi.ac.uk/Tools/fasta33/index.html :INS] [INS: - vyhledávání podobných sekvencí :INS] [INS: 2) :INS] [INS: databáze proteinových struktur PDB, http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do :INS] [INS: :INS] [INS: 3) Swiss Pdb Viewer (http://www.expasy.ch/spdbv/mainpage.htm) :INS] [DEL: Poznámka: :DEL] [DEL: Proteolytické štěpení a MALDI-TOF analýza bude provedena z části demonstrační formou z časových a kapacitních důvodů. Studenti obdrží seznam hmot peptidů pro každý analyzovaný vzorek a vlastní identifikaci proteinů si každý student provede sám. :DEL] [DEL: :DEL] [INS: Příklad :INS] [INS: : hledání struktur podobných k :INS] [INS: haloalkan :INS] [INS: dehalogenáze LinB ze Sphingomonas paucimobilis UT26. :INS] [INS: :INS] [INS: :INS] [INS: sekvence (ve formátu FASTA) :INS] [INS: :INS] [INS: >1D07:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE :INS] [INS: :INS] [INS: MSLGAKPFGEKKFIEIKGRRMAYIDEGTGDPILFQHGNPTSSYLWRNIMPHCAGLGRLIACDLIGMGDSDKLDPSGPERY :INS] [INS: AYAEHRDYLDALWEALDLGDRVVLVVHDWGSALGFDWARRHRERVQGIAYMEAIAMPIEWADFPEQDRDLFQAFRSQAGE :INS] [INS: ELVLQDNVFVEQVLPGLILRPLSEAEMAAYREPFLAAGEARRPTLSWPRQIPIAGTPADVVAIARDYAGWLSESPIPKLF :INS] [INS: INAEPGALTTGRMRDFCRTWPNQTEITVAGAHFIQEDSPDEIGAAIAAFVRRLRPA :INS] [INS: :INS] [INS: :INS] [INS: :INS] [INS: :INS] [INS: :INS] [DEL: :DEL] [INS: Postup: :INS] [INS: 1) hledání pomocí nástroje FASTA :INS] [INS: , identifikace PDB identifikátorů :INS] [INS: :INS] [DEL: :DEL] [INS: :INS] [INS: :INS] [INS: :INS] [INS: :INS] [INS: :INS] [INS: :INS] [INS: :INS] [INS: :INS] [INS: :INS] [INS: :INS] [INS: :INS] [INS: :INS] [INS: :INS] [INS: :INS] [INS: :INS] [INS: :INS] [INS: :INS] [INS: :INS] [INS: :INS] [INS: :INS] [INS: :INS] [INS: :INS] [INS: 2) stažení souborů obsahujících úplnou informaci o polohách atomů z databáze PDB :INS] [INS: :INS] [INS: :INS] [INS: :INS] [INS: :INS] [INS: :INS] [INS: :INS] [INS: :INS] [INS: :INS] [INS: :INS] [INS: :INS] [INS: :INS] [INS: :INS] [INS: :INS] [INS: :INS] [INS: :INS] [INS: :INS] [INS: :INS] [INS: :INS] [INS: :INS] [INS: :INS] [INS: :INS] [INS: :INS] [INS: :INS] [INS: :INS] [INS: :INS] [INS: :INS] [INS: :INS] [INS: 3) Vizualizace PDB souborů a pozorování (+interpretace) strukturních rozdílů :INS] [INS: - např. s nástrojem :INS] [INS: Swiss :INS] [INS: Pdb Viewer :INS] [INS: :INS] ________________________________ [H1]Prosim doplnit Lubos J. a Mirek M.