Hledání 3-D konformace strukturně podobných proteinů (samostatná práce)
doc. dr. Jaromír Marek, Ph.D. (marek@chemi.muni.cz)
Úkol: s pomocí databáze PDB určete známou(é) 3-D strukturu(y) proteinu podobnou(é) zadané sekvenci aminokyselin a stručně popište výsledek
Nástroje:
1) http://www.ebi.ac.uk/Tools/fasta33/index.html -vyhledávání podobných sekvencí
2) databáze proteinových struktur PDB, http://www.rcsb. org/pdb/home/home. do
3) Swiss Pdb Viewer (http://spdbv.vital-it.ch/)
Příklad: hledání struktur podobných k haloalkan dehalogenáze LinB ze Sphingomonas paucimobilis UT26.
sekvence (ve formátu FASTA)
>1D0 7:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
MSLGAKPFGEKKFIEIKGRRMAYIDEGTGDPILFQHGNPTSSYLWRN IMPHCAGLGRLIACDLIGMGDSDKLDPSGPERY
AYAEHRDYLDALWEALDLGDRVVLVVHDWGSALGFDWARRHRERVQGIAYMEAIAMPIEWADFPEQDRDLFQAFRSQAGE ELVLQDNVFVEQVLPGLILRPLSEAEMAAYREPFLAAGEARRPTLSWPRQIPIAGTPADVVAIARDYAGWLSESPIPKLF INAEPGALTTGRMRDFCRTWPNQTEITVAGAHFIQEDSPDEIGAAIAAFVRRLRPA
Postup:
1) hledání pomocí nástroje FASTA, identifikace PDB identifikátorů
2) stažení souborů obsahujících úplnou informaci o polohách atomů z databáze PDB
3) Vizualizace PDB souborů a pozorování (+interpretace) strukturních rozdílů - např. s nástrojem Swiss Pdb Viewer