Metody Fykologie ve skratce •Terénní metody •Kultivace •Fotodokumentace •Kreslení •Zpracování obrazu •Zdroje informací •Základy nomenklatury •plankton – vodní sloupec •bentos – dno •metafyton – „okolí rostlin“ •peri(epi-)fyton – nárosty na rostlinách •epiliton – nárosty na kamenech •epizoon – nárosty na zvířatech Společenstva Sběr materiálu •Planktonní síť •různé hustoty podle účelu použití •máme k dispozici 10 a 20 µm •+ ihned zahuštěný vzorek •- nezachytí pikoplankton • •Láhev •různé velikosti podle účelu použití •+ zachytí všechno -vzorek zpravidla nutno zahustit centifugací • •Kultivační láhev s médiem •Specializované odběráky • Plankton Sběr materiálu •Sbírat se dá do čehokoli •(hlavně se to musí dát zavřít ;-) ) • • •Občas je třeba speciální nástroj •(kapesní nůž, kladívko, odběráky pro hloubkové profily, zubní kartáček, chrchelník) • • •S výhodou lze použít mikrotitrační destičky s agarem • Ostatní Uchování vzorků •Nejjednodušší •Některé věci si uchovají kultivovatelnost •Částečně zůstává zachována DNA Sušení Uchování vzorků •Hodí se ke krátkodobému uchování vzorků před zpracováním • • •V osvětlené lednici je možno materiál uchovat déle, případně přímo kultivovat • • •Je třeba sledovat, zda vzorky nehnijí (!) • Lednice Uchování vzorků •Zabraňuje degradaci vzorku (hnití, plesnivění) •Zabraňuje jeho zkonzumování zvířaty • • •Učiní vzorek dále nekultivovatelným • • •Vhodná fixace umožní pozdější extrakci DNA • Chemická fixace Základní barvící metody •barviva se liší mírou penetrace, chemickými vlastnostni •výběr barviva závisí na účelu •nejjednodušší •nejlevnější •zejména na slizové obaly • Základní barvící metody inkoust a tuš •2 g KI+ 1 g I2 +100 ml H20 (+ NaCH2COOH) •dost ovlivňuje barvy •barvení škrobových zrn •Pomáhá proti padání vlasů J • Základní barvící metody Lugolův roztok •0,3 g MM (+ 30 ml EtOH) + 100 ml H2O •uchovávat ve tmě •bazická barva •barvení slizů, stopek •odlišení živých a mrtvých buněk (nebarví se x barví se) •antimalarikum, … •neplést s metylovou modří (!) • Základní barvící metody Metylenová modř Základní pozorovací metody světlé pole •založeno na využití procházejícího světla •nevyžaduje zvláštní optiku •je žádoucí použít denní filtr •(téměř)cokoliv, čím projde světlo •barvený materiál •přirozeně barevný materiál •jediná metoda, která nedeformuje barvy objektů(!) • Základní pozorovací metody temné pole •založeno na využití odraženého světla •vyžaduje správnou překážku v dráze osvětlení •použitelné při menších zvětšeních •rozsivky •drobné objekty normálně přehlédnutelné • Základní pozorovací metody fázový kontrast •založeno na přeměně fázového posunu na změnu amplitudy •vyžaduje speciální kondenzor a objektivy •zvýrazní bakterie, bičíky, různá vlákna… Základní pozorovací metody Nomarského diferenciální interferenční kontrast •Využívá rozdělení polarizovaného světla na dva navzájem kolmé paprsky a jejich opětovného spojení po průchodu objektivem •vyžaduje polarizátor, kondenzorové hranoly, analyzátor (a speciální objektivy) •vytváří plastický obraz •zvýrazňuje hrany a špatně viditelné struktury •využitelný na kdeco •objekt by měl zabírat co největší část scény •podle scény volit měření •co nejnižší ISO •volit co nejkratší čas •při focení temných scén vytáhnout maximum optických komponent •maximální rozlišení •Pro focení malých objektů se nebát imerze (víc světla) •TIFF Základní pravidla focení Formáty souborů Ve výchozím nastavení nekomprimované •TIFF – nekomprimovaný/komprimovaný •BMP Ve výchozím nastavení komprimované •JPEG •PNG Uchování vzorků •Dodáván jako 36 % vodný roztok •Cílová koncentrace pro fixaci je 1,5 % • + rychlá penetrace • + lépe zachovává sinice • - při přefixování materiál křehne • - je dost jedovatý • • • • • Chemická fixace - formaldehyd Uchování vzorků •Příprava • 20 g KI+ 10 g I2 +20 ml H20 + NaCH2COOH • + dobře fixuje všechno mimo sinic • + méně toxický než fomaldehyd • - vzorky po fixaci je nutno uchovávat ve tmě a občas je nutné je přefixovat • - dost ovlivňuje barvy • • • • • Chemická fixace – Lugolův roztok Uchování vzorků •Etanol 90 % •(NE denaturák !!!) • používá se na fixaci materiálu pro očekávanou izolaci DNA • • • • Chemická fixace – Etanol Rozlišení pixely × body na palec (DPI) •Body na obrazovce nebo na čipu snímacího zařízení => pixel nemá definovanou velikost •Kolik bodů se vejde na palec (25,4 mm) = míra kvality výstupu z tiskového zařízení •Vyžadované minimum pro fotografie je 300 •Vyžadované minimum pro kresby je 600 Barevná hloubka •Udává počet bitů charakterizujících jednu barvu => počet odstínů => velikost obrázku 3000 x 3481 • 24 bit (224 barev) – 31,3 MB • 8 bit (28 barev) – 10,5 MB • 1 bit (21 barev) – 1,3 MB [vektorizované – 0,2 MB] Rastry × vektory •Obraz je složen z bodů •Více se hodí pro fotografie •Omezené možnosti zvětšování •Vyšší datová náročnost •Obraz je složen z křivek a mnohoúhelníků •Nehodí se pro fotografie •Neomezené možnosti zvětšování •Menší datová náročnost (většinou) Originál 41 x 78 263 x 500 Formáty vektorových souborů •SVG - otevřený univerzální formát •EMF/WMF - okenní vektorový formát •CDR – formát CorelDraw •AI – formát Adobe Illustratoru • Barevné modely (prostory) RGB CMY(K) HSV LAB Barevné modely (prostory) Matematické modely popisující barvy souborem několika čísel •RGB •red – green - blue •pro procházející světlo ->monitory, projektory, fotoaparáty Barevné modely (prostory) CMY(K) •cyan – magenta – yellow (- black) •pro odražené světlo -> tisk •Informace o obrázku •Změny velikosti •Změny barevné hloubky •Ořezy, doostření •Gama, kontrast, světlost, barvy •Histogram •Nastavení tiskového rozlišení •Ukládání, míra komprese •Dávková konverze •EXIF • IrfanView Informační Nomenklatorické okénko •pojmenovávání organizmů se řídí závaznými pravidly(kódy) •stejnými pravidly se řídí manipulace se jmény •validizace •kombinace •priorita • Nomenklatorické okénko starting pointy •řasy a kokální sinice – Linné 1753 •„Oscillatoriální“ sinice – Gomont 1882 •heterocytózní sinice – Bornet & Flahault 1886 •krásivky – Ralfs 1848 •Oedogoniaceae – Hirn 1900 Web of Knowledge http://apps.isiknowledge.com •+ velmi rozsáhlá databáze •+ propojení s EndNote(Web) • • -placená služba -nezahrnuje všechny časopisy -neprohledává web SCOPUS http://www.scopus.com •+ velmi rozsáhlá databáze •+ propojení s EndNote(Web) • • -placená služba -nezahrnuje všechny časopisy -neprohledává web §provozuje vydavatelství Elsevier §nepřekrývá se plně s WOS SCIRUS http://www.scirus.com •+ velmi rozsáhlá databáze •+ zdarma •+ prohledává web •+ kategorizuje výsledky podle kvality • • •- nezahrnuje všechny časopisy §provozuje vydavatelství Elsevier §nepřekrývá se plně s WOS Další zdroje •Google Scholar – http://scholar.google.com •Google Books – http://books.google.com •Directory of Open Access Journals – http://www.doaj.org •GenBank - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/index.html Speciální síťové zdroje •AlgaeBase – http://www.algaebase.org •Index Nominum Algarum - http://ucjeps.berkeley.edu/INA.html •CyanoDB.cz – http://www.cyanodb.cz •AlgaTerra – http://www.algaterra.org/ •International Plant Name Index – http://www.ipni.org •Katalogy sbírek všeho druhu • • Speciální zdroje ostatní •Prodromus Hansgirg 1892 •Soupis moravskoslezských sinic a řas – Lhotský & Rosa 1955 •Prodromus Poulíčková et al. 2004 •Aktuální seznam sinic ČR – Hanys et al. 2010 •Další lokální flóry •Knihovna Botanického ústavu v Třeboni Doplňky •www.citace.com •EndNote(Web) – http://www.myendnoteweb.com