BIOINFORMATIKA V PRAXI – CVIČENÍ 7


                                   PREDIKCE VLASTNOSTÍ PROTEINŮ

                       ZÁKLADNÍ FYZIKÁLNĚ-CHEMICKÁ CHARAKTERISTIKA PROTEINŮ



STUDIJNÍ MATERIÁLY

The ExPASy (Expert Protein Analysis System) proteomics server of the Swiss Institute of
Bioinformatics (SIB), http://www.expasy.org/.

Tools & Software, Proteomics tools, ProtParam.


ÚKOL 1

Pomocí programu ProtParam určete základní fyzikálně-chemické parametry následujícího proteinu:


AQQGVFTLPARINFGVTVLVNSAATQHVEIFVDNEPRAAFSGVGTGDNNLGTKVINSGSGNVRVQITANGRQSDLVSSQLVLANKLNLAVVGSEDGTDM
DYNDSIVILNWPLG


ÚKOL 2

Porovnejte extinkční koeficient u následujících proteinů:


Protein 1

PTEFLYTSKIAAISWAATGGRQQRVYFQDLNGKIREAQRGGDNPWTGGSSQNVIGEAKLFSPLAAVTWKSAQGIQIRVYCVNKDNILSEFVYDGSKWIT
GQLGSVGVKVGSNSKLAALQWGGSESAPPNIRVYYQKSNGSGSSIHEYVWSGKWTAGASFGSTVPGTGIGATAIGPGRLRIYYQATDNKIREHCWDSNS
WYVGGFSASASAGVSIAAISWGSTPNIRVYWQKGREELYEAAYGGSWNTPGQIKDASRPTPSLPDTFIAANSSGNIDISVFFQASGVSLQQWQWISGKG
WSIGAVVPTGTPAGW


Protein 2

PLLSASIVSAPVVTSETFVDIPGLFLDVAKAGIRDGKLQVILNVPTPFATGNNFPGIFFAIATNQGVVADGCFTFSSKVPESTGRMPFTLVATIDVGSG
VTFVKGQAKSVRGSAMHIDSFASLSAIAGTAAPSSQGSGNQGAETGGTGAGNIGGGGERDGTFNLPPHIKFGVTALTHAANDQTIDIFIDDDPKPAATF
KGAGAQDQNLGTKVLDSGNGRVRVIVMANGRPSRLGSRQVDIFKKSFFGIIGSEDGADDDFNDGIVFLNAPLG


ÚKOL 3

Porovnejte in vivo „životnost“ následujících proteinů:


Protein 1

RADSQTSSNRAGEKFSIPPNKTDFRAIFFANAAEQQHIKLFIGDSQEPAAYHKLTTRDGPREATLNSGNGKIRFEVSVNKGKPSATDARLAPINGKKSD
GSPFTVNKFGIVVSEDKGHDSKDYNDGIVVLKQWPIGK


Protein 2

MRADSQTSSNRAGEKFSIPPNKTDFRAIFFANAAEQQHIKLFIGDSQEPAAYHKLTTRDGPREATLNSGNGKIRFEVSVNKGKPSATDARLAPINGKKS
DGSPFTVNKFGIVVSEDKGHDSKDYNDGIVVLKQWPIGK






ÚKOL 4

Porovnejte stabilitu následujících proteinů:


Protein 1

LVIVDAVTLLSAYPEASRDPAAPTVIDGRHLYVVSPGDAAQLGHNDSRLFTGLSPGDQLHLRETALALRAEVSVLFIRFALKDAGIVAPIELEVRDAAT
AVPDADDLLHPSCRPLKDHYWRSDVLAAGATTCTADFAVCDRDGTVSGYFRWETSIEIAGSQPDTKQPGFKPSS


Protein 2

DRNGNFSLPPNTAFKAIFYANAADRQDLKLFIDDAPEPAATFVGNSEDGVRLFTLNSKGGKIRIEASANGRQSATDARLAPLSAGDTVWLGWLGAEDGA
DADYNDGIVILQWPIT


ÚKOL 5:

Porovnejte „aliphatic index“ a parametr „GRAVY“ u následujících proteinů:


Protein 1
MVHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKVKAHGKKVLG
AFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGKEFTPPVQAAYQKVVAGVAN
ALAHKYH


Protein 2
MVHLTPVEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKVKAHGKKVLG
AFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGKEFTPPVQAAYQKVVAGVAS
ALAHKYH

Bonusový muffinový úkol: Myslíte, že je rozdíl mezi proteiny z úkolu 5 VÝZNAMNÝ? Pokud ano, vysvětl
ete KONKRÉTNĚ proč .

ÚKOL 6:

Pomocí programu ProtParam určete základní fyzikálně-chemické parametry následujícího proteinu:

ATGCTGGTGATTGTGGATGCCGTTACCCTGCTGAGCGCCTATCCGGAAGCCAGCCGTGATCCGGCCGCCCCGACCGTGATTGATGGTCGCCACCTGTAT
GTTGTTAGCCCGGGCGATGCCGCGCAGCTGGGCCATAACGATAGCCGTCTGTTTACCGGTCTGAGCCCGGGTGATCAGCTGCATCTGCGCGAAACCGCG
CTGGCGCTGCGCGCGGAAGTGAGCGTGCTGTTTATTCGCTTTGCCCTGAAAGATGCCGGCATTGTTGCCCCGATCGAACTGGAAGTGCGTGATGCCGCC
ACCGCCGTTCCGGATGCGGATGATCTGCTGCATCCGAGCTGTCGTCCGCTGAAAGATCATTATTGGCGCAGCGATGTGCTGGCGGCGGGCGCGACCACC
TGTACCGCCGATTTTGCGGTGTGCGATCGTGATGGCACCGTGAGCGGTTATTTTCGTTGGGAAACCAGCATTGAAATTGCGGGCAGCCAGCCGGATACC
AAACAGCCGGGCTTTAAACCGAGCAGCGATCGCAATGGCAACTTTAGCCTGCCGCCGAATACCGCCTTTAAAGCGATCTTCTATGCGAACGCGGCGGAT
CGTCAGGATCTGAAACTGTTTATTGATGATGCGCCGGAACCGGCCGCCACCTTTGTGGGTAACAGCGAAGATGGTGTGCGTCTGTTTACCCTGAATAGC
AAAGGTGGTAAAATTCGTATTGAAGCGAGCGCGAACGGCCGTCAGAGCGCGACCGATGCCCGTCTGGCGCCGCTGAGCGCGGGCGATACCGTGTGGCTG
GGCTGGCTGGGCGCGGAAGATGGTGCCGATGCGGATTATAATGATGGCATTGTTATTCTGCAGTGGCCGATTACCTAA

SAMOSTATNÝ PROJEKT
Pomocí programu ProtParam určete u vašeho proteinu základní fyzikálně-chemické parametry.


Otázky pro rychlé studenty, aby se nenudili:
Proč se tryptofan označuje znakem W?
Proč se žádná aminokyselina neoznačuje jako O?
Která aminokyselina se označuje znakem B?