BIOINFORMATIKA V PRAXI – ZÁVĚREČNÝ TEST JARO 2011


Jméno a příjmení:                                                                       Datum:


UČO:
Varianta:  D


Studijní obor:


MATERIÁLY A POMŮCKY

Při vypracování testu jsou povoleny jakékoliv vlastní materiály a pomůcky, zejména dříve
vypracované protokoly a internetové stránky. Zakázána je komunikace s dalšími osobami (osobní,
telefonem, elektronická,...), vyjma zkoušejících a dozoru při testu.



OTÁZKA 1

Analyzujte část genomu Listeria monocytogenes. Identifikujte potenciální geny (uveďte čtecí rámec a
délku potenciálního genu) a určete, které proteiny mohou být těmito geny kódovány.


Sekvence

TGCCAGGAATGAACGCTAAAAGATGGGTTGCACTAGGGATTGTTTTTGCACTTTTGATAGTTAGTGCGTTAGCAAAGTTTACTTCAAGTCAAATCGCTT
CAACGGAAGAGAGTAGTCCGACATTTGTCGAAAGTCTATTCGCGGATACCGGCGAACTAACCGAAACAGTAATTGAAGAAGGTGGGGATGATACAATTG
CTGTATTATCTGTAGATGGTACTATTCAAGATACGGGAGATTCTGGTTCTTTACTTGGAGGCGGGGGCTATGATCATTCATTTTTCATGCAACAATTAG
AACAAGTGAGAAATGATGACTATATCCAAGGTGTGCTGCTGTATGTTAATTCACCAGGTGGCGGTGTTATGGAGTCCGCGCAAATTCGTGATAAAATTC
TACAAATTCAAAAAGAACGCAATATTCCATTCTATGTTTCCATGGGGAGTATGGCAGCATCAGGTGGATATTATATTTCCGCACCAGCCGACAAAATTT
TTGCAAGTAAAGAAACATTGACTGGTTCACTTGGGGTTATTATGCAAGGGTATGACTATAGTGAACTCATGAAAAAATTAGGTGTTTCAGATAATACCA
TTAAAAGCGGCGAATATAAAGACATTATGAGCGGGACAAGACCAATGACGGAAGACGAGAAGAAAATTATGCAGTCAATGATTGATGATTCTTACAATG
AGTTCGTTAAAGTCGTTGCAAAAGGCCGTGGAATGTCCGCAGAAAAAGTACGTAAAATTGCAGATGGACGCATATACGACGGCCGCCAAGCAAAAGAGA
ACGGGTTGATTGATGAGTTTGGTTATCAAGAAGATGCCCTAGAAGCTTTGAAAAAAGAACAGGGGTTAGCTGATGCGACAGTCATTCAATATGATGCAC
CAGAAGACTTTAGCTCGTTATTCTCTGTAGCTGCACAAAAAATCTCTGGTCAAAATGCAGATATTTCCCAACTAATCAAATTAACTGGCACACTTAAAG
CGCCAAGAATGATGTATTTATATGGAGAATAATTTGCGACGTGCATGCGTC



OTÁZKA 2

Proveďte multiple alignment následujících sekvencí a přiložte jeho výstup. Určete 2 navzájem
nejpodobnější sekvence.


Sekvence 1

mespvrlsllyvvlaslllpgrsvfinrerannvlqrirransffeeikkgnlerecveeicsfeearevfednekttefwnkyedgdqcesspcqnqg
ecrdglgsytctctegfegkncelfvrklcsldngdcdqfcreeqnsvvcscakgyflgndgksclstapfpcgktnkgrakrsvalntsnsepdpedl
mpdadilyptespsellnlnktepeansddvirivggqeckrgecpwqallfsdeetdgfcggtilnefyiltaahclhqakrfkvrvgdlnteqedgg
emvhevdmiikhnkfqrdtydfdiamlrlktpitfrenvapaclpqkdwaeatlmtqktgivsgfgrthekgrqskvlkmmevpyvdrntcrlstsfsi
tqnmfcagydakqedacqgdsggphvtrfkdtyfvtgivswgegcarkgkygiytkvtaflkwidrsmkarvgptsetprlthppy


Sekvence 2

mahvrglqlpgclalaalcslvhsqhvflapqqarsllqrvrrantfleevrkgnlerecveetcsyeeafealesstatdvfwakytacetartprdk
laaclegncaeglgtnyrghvnitrsgiecqlwrsryphkpeinstthpgadlqenfcrnpdssttgpwcyttdptvrrqecsipvcgqdqvtvamtpr
segssvnlsppleqcvpdrgqqyqgrlavtthglpclawasaqakalskhqdfnsavqlvenfcrnpdgdeegvwcyvagkpgdfgycdlnyceeavee
etgdgldedsdraiegrtatseyqtffnprtfgsgeadcglrplfekksledkterellesyidgrivegsdaeigmspwqvmlfrkspqellcgasli
sdrwvltaahcllyppwdknftendllvrigkhsrtryerniekismlekiyihprynwrenldrdialmklkkpvafsdyihpvclpdretaasllqa
gykgrvtgwgnlketwtanvgkgqpsvlqvvnlpiverpvckdstriritdnmfcagklqa


Sekvence 3

ivggkdcpkgecpwqvlllvngaqlcggtlintiwvvsaahcfdkiknwrnliavlgehdlsehdgdeqsrrvaqviipstyvpgttnhdiallrlhqp
vvltdhvvplclpertfsertlafvrfslvsgwgqlldrgatalvlqvlnvprlmtqdclqqsrkvgdspniteymfcagysdgskdsckgdsggphat
hyrgtwyltgivswgqgcatvghfgvytrvsqyiewlqklmrseprpgvllrapfp


Sekvence 4

mtassttlaqaaealeahrleeahglvraalaahphdaeawrllgcvaraggkaeeaeqafrraiqlaprhalahadlcgllsdldrageaialldraa
ashnqpaqnppvwtlslkaatwmaerrphdalpalealvrqaphapvpwinlaealqalghldravgayrhalaidpycapawlglanlrvirlepadv
aviktalgratsdlarvqlgyalgkalgdqaayeesfrhferanalrgaltphdpqaldhfaqameriapapsresgrdgpifivgmprsgstlveqil
achpqvealgelfelqatakriesapealpaaisrltaeesarfgdhylrsiqryrrtgrpfftdkmpanwqlvplirqilpnarivdvrrdpapccls
afmtyfnrrtpfpanlpdltryydtcrglmdamrrahpahvhllryealiaqpkgevrrlldflrldfdpaclrphdsarpiftpsaqqvrkpmgnkgf
egwrnyerwfrhanga



OTÁZKA 3

Určete teoretický isoelektrický bod a extinční koeficient následujícího proteinu (předpokládejte,
že všechny cysteiny tvoří disulfidické můstky). Nezapomeňte uvést jednotky!:


Protein
MHPGLWLLLVTLCLTEELAAAGEKSYGKPCGGQDCSGSCQCFPEKGARGRPGPIGIQGPTGPQGFTGSTG
LSGLKGERGFPGLLGPYGPKGDKGPMGVPGFLGINGIPGHPGQPGPRGPPGLDGCNGTQGAVGFPGPDGY
PGLLGPPGLPGQKGSKGDPVLAPGSFKGMKGDPGLPGLDGITGPQGAPGFPGAVGPAGPPGLQGPPGPPG
PLGPDGNMGLGFQGEKGVKGDVGLPGPAGPPPSTGELEFMGFPKGKKGSKGEPGPKGFPGISGPPGFPGL
GTTGEKGEKGEKGIPGLPGPRGPMGSEGVQGPPGQQGKKGTLGFPGLNGFQGIEGQKGDIGLPGPDVFID
IDGAVISGNPGDPGVPGLPGLKGDEGIQGLRGPSGVPGLPALSGVPGALGPQGFPGLKGDQGNPGRTTIG
AAGLPGRDGLPGPPGPPGPPSPEFETETLHNKESGFPGLRGEQGPKGNLGLKGIKGDSGFCACDGGVPNT
GPPGEPGPPGPWGLIGLPGLKGARGDRGSGGAQGPAGAPGLVGPLGPSGPKGKKGEPILSTIQGMPGDRG
DSGSQGFRGVIGEPGKDGVPGLPGLPGLPGDGGQGFPGEKGLPGLPGEKGHPGPPGLPGNGLPGLPGPRG
LPGDKGKDGLPGQQGLPGSKGITLPCIIPGSYGPSGFPGTPGFPGPKGSRGLPGTPGQPGSSGSKGEPGS
PGLVHLPELPGFPGPRGEKGLPGFPGLPGKDGLPGMIGSPGLPGSKGATGDIFGAENGAPGEQGLQGLTG
HKGFLGDSGLPGLKGVHGKPGLLGPKGERGSPGTPGQVGQPGTPGSSGPYGIKGKSGLPGAPGFPGISGH
PGKKGTRGKKGPPGSIVKKGLPGLKGLPGNPGLVGLKGSPGSPGVAGLPALSGPKGEKGSVGFVGFPGIP
GLPGISGTRGLKGIPGSTGKMGPSGRAGTPGEKGDRGNPGPVGIPSPRRPMSNLWLKGDKGSQGSAGSNG
FPGPRGDKGEAGRPGPPGLPGAPGLPGIIKGVSGKPGPPGFMGIRGLPGLKGSSGITGFPGMPGESGSQG
IRGSPGLPGASGLPGLKGDNGQTVEISGSPGPKGQPGESGFKGTKGRDGLIGNIGFPGNKGEDGKVGVSG
DVGLPGAPGFPGVAGMRGEPGLPGSSGHQGAIGPLGSPGLIGPKGFPGFPGLHGLNGLPGTKGTHGTPGP
SITGVPGPAGLPGPKGEKGYPGIGIGAPGKPGLRGQKGDRGFPGLQGPAGLPGAPGISLPSLIAGQPGDP
GRPGLDGERGRPGPAGPPGPPGPSSNQGDTGDPGFPGIPGFSGLPGELGLKGMRGEPGFMGTPGKVGPPG
DPGFPGMKGKAGARGSSGLQGDPGQTPTAEAVQVPPGPLGLPGIDGIPGLTGDPGAQGPVGLQGSKGLPG
IPGKDGPSGLPGPPGALGDPGLPGLQGPPGFEGAPGQQGPFGMPGMPGQSMRVGYTLVKHSQSEQVPPCP
IGMSQLWVGYSLLFVEGQEKAHNQDLGFAGSCLPRFSTMPFIYCNINEVCHYARRNDKSYWLSTTAPIPM
MPVSQTQIPQYISRCSVCEAPSQAIAVHSQDITIPQCPLGWRSLWIGYSFLMHTAAGAEGGGQSLVSPGS
CLEDFRATPFIECSGARGTCHYFANKYSFWLTTVEERQQFGELPVSETLKAGQLHTRVSRCQVCMKSL



Nepovinná otázka za bonusové body:
Mohli byste protein z předcházející úlohy beze strachu ochutnat? (Předpokládá se, že máte pud sebez
áchovy...) Odpověď zdůvodněte.



OTÁZKA 4

Identifikujte v následující sekvenci štěpící místo pro daný restrikční enzym a navrhněte jiný
enzym, který toto místo rovněž rozpoznává.


Enzym: Eag I


Sekvence:

atggcctacaggacggccatcgactcagtattgtcagcaacatcctcaattcaccatcacacaaacgcagctacagccgtcgtgtataacaagcttgca
agaacagccatgcacttcaactccgtctttagcgtccttttgtcctgtggcctcgcagcagcacacatgcagatgagctggccttatcccatacgcagt
ccacttgaccctcagaacagaggatccgacaaggactatgacatggccaaccccctcagcccgtctggctccgactttccttgcaagggctaccacaag
aacactccctggcgcgcaacggcggaatacaacgGcCgggcgagtcatataacatgacggtggccggtgctgcaacacacagtggaggatcatgccagc
tgtctctgagttacgacgatgggaaaaccttcaaagtcatcaagtccaaggtgggagggtgcccgcttgatttcaagtacgacttcacgatgccgagcg
atgtggtcaacggccatgctctgtttgcttggtcctggtttaatctagtgggcaatcgtgagatgtacatgaactgcgcaaacgttgaggtgagcggag
ggagcggcagcaagcaatcgtttgaaaacaattacccggatatgttcgtggccaatgttggaaatggctgttctacggtggaagggaagcatacggtgt
ttgcccatccgggaaagcaggttacctatgccggtgggcttgatgcgtcctcacctccattccccaactgctcttgaaatcacaaccaatgaatgttac
acacttttgtacgtgatacacattgtgagtatcggcaaggcagggccatactgaactctggctgttgagtgaaataaggatcagttgatcgggatatac
atagtacaaatcggttcacatatggcctacaggacggccatcgactcagtattgtcagcaacatcctcaattcaccatcacacaaacgcagctacagcc
gtcgtgtataacaagcttgcaagaacagccatgcacttcaactccgtctttagcgtccttttgtcctgtggcctcgcagcagcacacatgcagatgagc
tggccttatcccatacgcagtccacttgaccctcagaacagaggatccgacaaggactatgacatggccaaccccctcagcccgtctggctccgacttt
ccttgcaagggctaccacaagaacactccctggcgcgcaacggcggaatacaacgcgggcgagtcatataacatgacggtggccggtgctgcaacacac
agtggaggatcatgccagctgtctctgagttacgacgatgggaaaaccttcaaagtcatcaagtccaaggtgggagggtgcccgcttgatttcaagtac
gacttcacgatgccgagcgatgtggtcaacggccatgctctgtttgcttggtcctggtttaatctagtgggcaatcgtgagatgtacatgaactgcgca
aacgttgaggtgagcggagggagcggcagcaagcaatcgtttgaaaacaattacccggatatgttcgtggccaatgttggaaatggctgttctacggtg
gaagggaagcatacggtgtttgcccatccgggaaagcaggttacctatgccggtgggcttgatgcgtcctcacctccattccccaactgctcttgaaat
cacaaccaatgaatgttacacacttttgtacgtgatacacattgtgagtatcggcaaggcagggccatactgaactctggctgttgagtgaaataagga
tcagttgatcgggatatacatagtacaaatcggttcacat



Enzym rozpoznávající stejné místo:



OTÁZKA 5

Uveďte základní charakteristiku následujících primerů.


Primer

                                                                L

                                                                                                            R

Sekvence

                                                      cagtggaggatcatgccagc

                                                                                                aggccatcagttgatcgggatata

Délka



T[m]



GC [%]



Dimer (obr.)



Vlásenka (obr.)





OTÁZKA 6

Predikujte lokalizaci následujících proteinů z Candida albicans v buňce. Ke každému proteinu uveďte
pouze jednu (NEJPRAVDĚPODOBNĚJŠÍ) možnost.

Protein 1
MRQFQIILISLVVSIIRCVVADVDITSPKSGETFSGSSGSASIKITWDDSDDSDSPKSLDNAKGYTISLC
TGPTSDGDIQCLDPLVKNEAIAGKSKTVSIPQNSVPNGYYYFQIYVTFTNGGTTIHYSPRFKLTGMSGPT
ATLDVTETGSVPADQASGFDTATTADSKSFTVPYTLQTGKTRYAPMQMQPGTKVTATTWSMKFPTSAVTY
YSTKAGTPNVASTITPGWSYTAESAVNYASVAPYPTYWYPASERVSKATISAATKRRRWLD



Protein 2
MAIKIGINGFGRIGRLVLRVALGRKDIEVVAVNDPFIAPDYAAYMFKYDSTHGRYKGEVTASGDDLVIDG
HKIKVFQERDPANIPWGKSGVDYVIESTGVFTKLEGAQKHIDAGAKKVIITAPSADAPMFVVGVNEDKYT
PDLKIISNASCTTNCLAPLAKVVNDTFGIEEGLMTTVHSITATQKTVDGPSHKDWRGGRTASGNIIPSST
GAAKAVGKVIPELNGKLTGMSLRVPTTDVSVVDLTVRLKKAASYEEIAQAIKKASEGPLKGVLGYTEDAV
VSTDFLGSSYSSIFDEKAGILLSPTFVKLISWYDNEYGYSTRVVDLLEHVAKASA