Analýza výsledků
o výpočet RMSd ■=> výpočet průměrné struktury ■=> analýza vzdáleností, úhlů, torzí ■=> výpočet helikálních parametrů ■=> výpočet interakčních energií ■=> analýza hydratace a interakcí s ionty MIP, MM-PBSA, PCA, entropie, atd.
Analýza RMSd
■=> RMSd = Root Mean Square deviation
■=> udává např., jak moc se liší studovaná molekula v simulacích MD od startovní struktury KI^^^^^^^S
geometrie molekuly se v průběhu MD výrazně změnila
MD geometrie ve velmi dobré shodě se startovní strukturou
Příklad - guaninový kvadruplex
Průměrná struktura
jednotlivé snímky trajektorie MD
průměrná struktura
Analýza vzdáleností
Analýza torzních úhlů páteře
gama
5000   10000  15000  20000  25000 30000
std
flip
Interhelikální úhel
CDjoL7_1 CDjdL7_2 CDjdL7_3 I CDjoL7_4 f CDjdL7_5 CD_pL7_6 CDjdI 5_1 CD_p1 5_2 CDjol 5_3 CDjol 5_4
10000 20000
nu
30000      40000 50000
10000      20000      30000 40000 Time [ns]
Angle:   M<100°    □ 100-105° □ 105-110° □ 110-115° □ 115-120° H>120°
50000
Helikální parametry
A-DNA
B-DNA
X-displacement
x
A-DNA
B-DNA
Helikální twist
31° ^	
	Hi                                 1 H
	
x
Molekulový interakční potenciál
Analýza hydratace
Hydratační ma
-c
c.l. 30
c.l. 50
Vzdálenost jednotlivých vod od
určitého atomu
Nalezení poloh jednotlivých vod na základě hydratační mapy
Výpočet interakční energie
Využití:     např. sledování míry vertikální
interakce (stackingu)