Fáze počítačových simulací
■=> příprava počáteční struktury ■=> ekvilibrace ■=> produkční fáze ■=> analýza výsledků
Program XLEaP
■=> slouží k vytvoření souborů s topologií a souřadnicemi ze vstupního PDB souboru
■=> umožňuje přidat ionty a box solventu
opracuje s knihovnou předem definovaných reziduí, kterou lze doplňovat o vlastní rezidua (např. modifikované nukteotidy)
XLEaP: seznam reziduí
Rte Sdft Verbosity
^Loading Loading Loading Loading Loading > List ACE ca5n CHID CMET CYM DAM
GLU ILE MG2
NLEU NTHR PRO RCN Ff-"H THE TYR
J*.
1 ibrary: / opt/amber 9/da t/leap/lib/all_amino94. lib
library: /opt/amber9/dat/leap/lib/all__aminoct94. lib
library: / op t/amber 9/dat/leap/lib/all ajnlnont94 . 1 ib
l ibrary: /opt/amber9/dat /1 eap/1 ib/ ions94.1 lb
1 ibrary: /opt /amber9/dat/1 eap/1 ib/sol vents ♦1 ib
CASP
chie
CPHE
CSS
DC
DGN
GLY
K +
NALA NGLY HLYB
HTRP
RA
R<3
TTP3PB0H VAL
ARG
CHIP
CPRO
cyk
DC3
DT
HID
LEU
HARG
NHE
NMABOK
NTYR
RA3
RG3
GER
TIP4PDOH WAT
ASH
CCYH
CHIS
■ "i-: ef
Cl-
DC4
DT3
HIE
LYN
NVAL
RA5
RGS
SPC
ASH
CGLH
CILE
CTHR
Cs +
DCS
DX5
HIP
LYE
HASP
hh1é
flHET
Wa +
RAH
RGH
TIP4PEWBQXTP3 f romod99S Bparm99
ASP
cglu
cio
CTPP
DA
DCH
DTN
HIS
LÍ +
NCYE
WHIP
NPHE
PHB
RC
RU
SPCfWKJJi TP4
■:ala
CGLY
CLEU
CTYR
DA3
DG
GLH
HOH
MBOHBOK
NCYK
NHIS
NPPO
PL3
RC3
RU3
SPF
TPS
CARG
chítl3doií
CLYS
CVAL
D&£
l".- 3
gln
ib
MET
HGLN
NILE
pol3botí
RCS
RU5
T-lE
TPP
XLEaP: příklad stavební jednotky
Vstupní struktura
■=> kanonické dvoušroubovice DNA, RNA - pomocí programu Nucgen
■=> ostatní molekuly - využití struktur z databází NDB, PDB (struktury z RTG, NMR)
Formát souboru PDB
Session   Edit   View  BwfcmBrkí  Settings Hgjp
ADrlnKK nriiM ft ion n run ftlCn ririiM ft ICH n run ftion
ftlOH
ft ion
. t m isT.m ft ion
ftTCH
i-T.in ftlOH ririiM ft TOM
nriiM ftion nriiM men
ririiM ft ICH ririiM ft TOM n run ft ton nriiM fticn
ririiM
fttcn
]	H!.T	iíí:!,	t	V . 1 34	4 763	6.151
y.	05*	MU'.	L	7,538	.i.'JOV	É. 296
:i	C5-	iir:i.	1	B,m	-3,0Z5	6.160
■i	1HS#	nr.	]	'i. 101	4.143	5.327
!■	zh5-	lír:;,	1	3,1»	4.1 vr.	7.0B3
1.	C4*	Mr.	L	-i. .liSI		5.910
7	H4-	lír::.	1	10,170	-Z,Z?3	5.060
M	(Mh	Mr.	fc	8,930	-1.99fa	4.580
4J	CI-	lír:;.	t	B,527	fl.r.^r.	4.5B0
LO	HI*	nr.	]	9,933	-Ú.999	3.772
11	Ml	lír:;.	1	7,we	-0,553	4. ZOO
12	i.l.	Mr.	fc	6. 110	-1.&79	4.190
13	nr,	lír:;.	1	6,733	7.ÉĽ13	4.4M
14	CS	Mri	t		-1.&17	3.940
I!"	H!i	lír.:.	1	4,393	-£,523	3.B32
lfc	CI	Mr.	i	4.188	-6.322	3.180
17	N4	lír:;.	t	3,ZZ4		3.1ZD
Li:	1H1	Mr.	fc	2.862	e.717	2.368
13	2H4	lír:;.	1	Z, Mb	-0,3*33	3.100
S.\J	M.J	Mr.	]		0.768	3 190
	c z	lír:;.	1	6,575	0.673	3.S50
	CJK	Mr.	L	7,323	1.&64	3.370
it:i	C3-	lír::.	1	0,755	-1.3*9	r. .FtiäD
	M3n	Mr.	L	7.370	-1,310	7.161
	C£*	lír:;.	t	H.FľZO	-0.377	li.'JíiD
	1H2*	Mr.	]	8.183	0.535	6.56i
it?	OS*	lír:;.	1	10,1«	0,1*3	5.350
	2MQh	Mr.	L	10. OM	1,313	5.516
23	03*	lír:;.	1	3,161	-1.229	e.wo
.iO	P	mu	2	e.&Tb	-0,774	9.370
:si	[]]]'	lír;		<í.!,41	-0.363	10.560
:w	CJEl'	Mi:	2		1 .157	9.120
:j:i	D5-	lír;		e,154	0.704	3.100
.ii	C5#	Mi:		9.&13	1.52b	8.970
í!i	1H5*	lír;		10,£31	í.zoe	e. 136
:jf>	2H5*	mi:		1Ú.2Ů1	1.5»	9.387
1 i-m													
		Viiw	Do			--i.-:							
	UIXKMSI												
.- :n	1	K*	t:	A	1	IV.Wi'í	1.831	15.562	1.00	45.33		m	
■1-iľl		H*	c	A	1	-10 «7	l.lTáf	T. .M! 1	l.Ul?	47.44		C	
.r :h	1	C1-	<:	a	1		1--Ml	M.17,:	1 u'.-			í:	
ilIľlM	*	(h-	í:		1	-IV.tiil	3.351	13.956	1.90	37.11		ii	
ilTNH	'■	C3-	c	a	1	-18,531	t.221	13.902	1.00	40.33		t	
fiSi Hl	i.	D>	c	a	1	-ZO Olí	fl.631	1Z.Z15	1.00	45.26		n	
n Jun" ■ i: m	7	CZ*	c	a	1	JO.ttffi	2.318	1Z.Z27	1.00	íl.-l 1		■	
	n	Cl*		A	1	-IO.ŮK		1í.Uť.	1.»	Z7.74		C	
.r-im		Ml	c	ft	1		1.708		1.01?	S.\.U,		n	
nm n	19	K	c	ft	1	-IU.IKp	5.2%	11 2»	1.94	19.«		í:	
■nrin	H	□2	c	a	1	18.133	1.573	19.3Í7	1.00	Z7.89		h	
FiidH	tz	M3	c	a	1	-17.63Z	6.1Z7	11.031	1.00	y.i.iu		M	
n Juh	13	C1	c	a	1	-17.1»	7.1I5	1Z.01J	1.04	23.32		L	
fi : 1.1 n	14	hM	c	a	1		0.2SO	11.72i	1.04	33.27		m	
	15		c	A	1	-IÍ.JW	6-6»	ia.au	1 rQŮ	HU.Irf		c	
.r-iM	ir.	C6	c	ft	1		5.191	13. É5?	1 "'■	17.41			
iVHIH	17	r	í;	a		3) Mi	Í.-Mfl	1Z.387	1.00	52.27		ŕ	
WTOH	11	DIP	ť	a	y.	ŕ!l .476	-1.30í	11 HM	1.00	52.19		n	
n MM	19	11_: |-		a	z	-ZO .022	-1.2Z3	13.76Z	1.00	56.33		n	
In Irm	2S	1 r-. -		a	S.	líl.TIU	-1.540	11.513	1.00	50.12		u	
1 .i:-im	?.i	cs-	c	a		1-1		19. Ml	1.01i	4i .H		r:	
.17íim	sz	C1-	c	ft		17.47í	1 í.1v	9.515	1.90			t:	
	23	im-	í:	a	2	16.83Z	-8.313	9.739	1.00	3i .03		d	
■ň him	21	C3-	C	a	í	I6.5ŮZ	-Z .638	14.114	1.00	30.80			
hi mm	25	D3*	C	a	Z	T. .1/11.	-3.247	9.LZ1	1.00	42.73		n	
ri]i.in	2£	o	C	n	2	ľi.l^	-1.772	II.Obí.	1.00	SF. tí.		C	
hum	i!V	Cl-	í:	a	r".	Ti .mi:	0 -si ..1		1.00	/.A.•tí,		c	
		Hl	t	ft	Z	ľ. /vr.	Q 7 ŕ! V	II.959	l.Of*	VtAfí			
..'=im	29	t3	í:	a		15.01»		19.381	i "i	Zl .35		í:	
IfIIíim	30	DZ	c	a	ŕ:	-15.056	1.W6	9.136	1.00	Z1.61		í\	
Mfitoh	31	N3	c	a	y.	-11.794	3.013	11.074	1.00	18 20		h	
n:i.in	32	11	c	a	y.	-I1.75Q	2.5G7	1Z.401	1.00	Zl .02		■ :	
ľlHlľl	33	K-l	c	n	y.	-14 1 "■	1-131	1 :."1.:	1.01»			m	
jrvnin	H	ľ.'.	c	ft	y.	-H.*IÍ	1.7W	l3.1äí	1.90			í:	
	35	Cí	c	a	z	-15.219	9.691	1Z.119	1.90	^1		t:	
riiwi	3Ů	F	c	a	3	-I6.27Z	H.511	B, Zbi	1.00	45.61		ľ	■
													
[Si ÍW lih '													
XLEaP: zobrazení načtené molekuly
XLEaP: přidání iontů
XLEaP: přidání boxu vody
Oktahedrální typ boxu
Unit Étftf OŘpby
HjiiÍ|iliI,lL Iťrti
Stittt ■ Twist . m*vt ^Era» - Orw
El«MTltS							
■ 1		JLJ	«1	s 1	p 1	* Othai   i.> 1 ■•■m.Tit ::	
x-1
iiÉHr
SR Sea -á--^tV^^St
IM
Pohyb molekuly v boxu
Formát souboru *.crd
V 101í
3om364£ 30. íaaans
ZS .69568« ZS.7691191 rt'J.LUÍOMUÍ 39.01IZ2! h : t
sú .a^iss
3G. 5767635 30.9678364 23.7163400 29.3303951 23.4193341 29.2615269 27.2633956 24.9927157 25.2904854 25.9598179 24.4631603 25,5497034 £5-3313700 Z&.3547759 Z6.7bZ91Z9 Zb.3753877 Z5.7135606 25.0354B2S 24.S62267S Z4 9zy/342 23.3542342 23.4633599 22.9734126 22.0914851 19.8449193 20.4668394 20.3983734
1£,88?U38 1Z.45TO901 I1H5139135 1Z.631Z875 15.4875663 16.5937754 15.367D1B1 17.1UOJJ66
19,7340497
19-6033279 17,8742997 13,9097349 15.0541681 14.5729975 13.0085580 12.0476451 14,4949101 14,1183614 15.6816323 16,6713174 18,6838884 17.740^575 18.4672277 ZB.9141Z47
m .000110:11
Zl.892*112 23,6639775 20,7630162 16,3118220 17.7812067 18.0186564 15,7529172 15,3552449 17.6223771 18,2634056
27.50397^3 Z7.4040^16 Z9.616667Z ZEJ.417EJZ3Z ZB.4SS3254 Z6.eJZttJ'jf3 25,3546966 25,9647264 25.042Ů955 28,6496465 28.5609625 29.5630499 30.8867699 28.8233635 28.3310342 28.6916241 38.8235726 30-8569107 8161453 2518B12 3169153 Z7.306OZOg Z6.B536166 Z7_5OZ063g ZE .7063857 26,6176737 29.3669449 30,0566663 30.4291605 31.7335076 30.3926519 30.5964533 29.7595246 31.7375146
30-
ni.
ZH.
30r9£94Q£1 31Z3B&113 Z3.bB7B9bZ
:io.r>o:>ii'3ifi
30.h 133479 39.733577S 3Q.41411VJ 30.3056570 29.9975732 29.2437004 27.7192794 27.5373712 29.1603369 25.9598887 26.0919911 25.0347811 24,3091384 24,2486507 Z5,093&0E3 25,6166433 Z6.54B6139 Zb.Z&3377R Z6.3534373 Z5.759944S 24.47S2S24 23.97Ů6&71 25.5654449 22.9397031 22.9159241 22.9277S79 20.9429753 21.4971521 19.3113633 19.9312912
13.-2503Č57 1Č207968Č
i:í.>íi:kim:t h .:mjm%'.i
15.8587856 16.369S78? 17.3016067 1369952B4 20.6582744 18.9118754 18.0320509 14.2154654 15.6300185 15.3409044 13.2313339 13.5978476 14.3663757 13.5714381 15.5764163 17.9553005 18 4363358 16.6873*14 19.7396446 21.1SZ9336 ZZ.8851411 23,02)00610 23.0222983 13,7329129 16.2253785 18.2316599 18.9704540 16.1124134 15.6451463 18.3311634 17.8831286
26,313*715 Z7.648zz47 ZS.7178775 zb. 55467Q4 3C.335gGZl 27,2131100 26,3353363 26,7694049 26,2699132 27,9853276 29,9815664 27.7128423 29,2794997 31.4559674 28.1052573 26.6823405 30,3030961 30,4751935 31,9161793 ľH0.510373& 29.2519851
zíi .4ťiOŕ3/::]i
Z7.5BB5154 Z5.7876754 Z7.8346466 29,1478356 3O.O0B9169 26,7690691 29,0319105 29,6927913 31,8501327 29.9494651 28.6577439 30.8219079 30.9843654
Formát souboru *.top
*fi,*G TI TLE
tfFLrtG rníHTERS ^FDRľlflTílOIS)
UOOO1.000   PATE - Duril/O? 16:17^(1
7108	t? 6BD3			liľ/	531	70fc	0	o
IQLtVJ	2276 2íZ	377	70b			-H		i
0	Ú G		Q	0	0	z	t..	0
jíľLňa ňiun tffttiE
H5T 05' CS* H5'1H5'2C4' H4ř 04' Cľ C3' H3' CZ' HZ'iOZ' HO'£03' H3I Mi* Q    Hl   HZ   O    Hl   HZ   O     Ml H2 HZ   O    Hl   HZ   O    Hl   H2   D Ml FfLňG CHhRGE *F0RÍ1rtT(5E16.8)
7.32647785E*Q0 -1,13397373E*Q1 1 1.94067195E*«>   2,139Z98G2E*Q0 -6 *FIPAG H(1SS
'.I HlíflíTl .11 '
t. ijijRijijLJLJLjR +oo i. fiooeeceeE ■ e i i
l.ZQIDDDODEiOl    1 .00H00000f>00    1, *FLftG ATOH_T¥PE_ INDEX ZDRHAT í 1018)
1 Z 3 -E
?        a        9 B
tfFLAG HllľlltEK__ĽJfCĽUDED_ftTllt1S xFORHATílÚIO)
S 7 lť> 5
12 9 4 7
^FLňii nunitúriPE^ ŕflhfl im de*
tfFORNftTílOIS*
12 4 7
56 6? 79 92
*FLAG RE51 WJE_LňBEL
Hľ Hl   C6   H6   C5   H5   C4 H4 Hli H42 M3
Míi* Na* Ma- ttfl- Ha* Ha* Ká* Hů* O Hl H2
O     Hl   HZ   O    Hl   HZ   O Hl H2 Q Hl
H2   O     Hl   HZ   O    Hl   KS O Hl H2 O
016BG434E + 00 1 Z37Z9117E*<» 1. 23729417E*0G 46527Z0*E*33   1.2QZ6710OE-H   3,697304671; >00
Z00ÍG9Q0E+01 1 . ŮŮíŤOOťlÚO F. * CC i .OOHOOOOOE nOQ &OQQ03Q9E*01    1. ZO 1ÚŮŮ00E. < C1    1.eOHOOOOOE nOO
10
11
106
I
II
1Z
r,
16
1
J
1
ZZ 137
5 11
11
2
21i
:j
1
17
:i
17,1
Nestandardní rezidua
■=> geometrie:
úprava standardních reziduí v xLeapu použití souřadnic odjinud (QM)
■=> náboje
■=> atomové typy
již existující - někdy třeba dodefinovat
chybějící parametry
nové - nutno vždy dodefinovat chybějící
parametry
Příklad nestandardního rezidua (protonizovaný RC)
Nové atomové typy