Cvičení č. 12.: Analýza přežití


Datový soubor mamma.sta obsahuje vybrané údaje o 1000 pacientkách, které byly léčeny v Masarykově
onkologickém ústavu v Brně s diagnózou rakoviny prsu.

Seznam proměnných:

VEK … věk v době stanovení diagnózy

DS … doba sledování v měsících

SMRT … varianta 0 – nezemřela, varianta 1 – zemřela

STRANA … varianta 1 – pravá, varianta 2 – levá

CHT … chemoterapie, varianta 0 – nebyla, varianta 1 – byla

CHT_TYP … typ chemoterapie, varianta 0 – CHT nebyla, varianta 1 – CMF, varianta 2 – FAC, varianta 3
– jiná

HT … hormonální terapie, varianta 0 – nebyla, varianta 1 – byla

LR … lokální recidiva, varianta 0 – nebyla, varianta 1 – byla

MTS … metastázy, varianta 0 – nebyly, varianta 1 – byly

MP … menopauza, varianta 1 – premenopauzální, varianta 2 – postmenopauzální

HISTOL … histologie, varianta 1 – duktální, varianta 2 – lobulární, varianta 3 – modulární,
varianta 4 – ostatní

STADIUM … stadium nádorového onemocnění, varianty 1, 2, 3, 4


Úkol 1.: Popište datový soubor pomocí tabulek četností, kontingenčních tabulek, číselných
charakteristik a grafů.

Např. charakteristiky věku:


Histogram věku:


Četnostní tabulky proměnných SMRT, STRANA:


Výsečový diagram proměnné STADIUM:

Čiselné charakteristiky proměnné DS:


Atd.


Úkol 2.: Najděte Kaplanův – Meierův odhad funkce přežití pro celý soubor:


Úkol 3.: Zjistěte charakteristiky doby přežití pro pacientky pre- a postmenopauzální, najděte K-M
odhad funkce přežití pro 1. a 2. skupinu a na hladině výzanmnosti 0,05 testujte hypotézu, že doby
přežití se pro 1. a 2. skupinu neliší.



Výsledky G-W testu:

Test. statist. = 2,229505 p = ,02578. Na hladině významnosti 0,05 tedy zamítáme hypotézu, že doby
přežití se v daných dvou skupinách pacientek neliší.


Úkol 4.: Zjistěte charakteristiky doby přežití pro skupiny pacientek v různých stádiích nádorového
onemocnění. Najděte K-M odhad funkce přežití pro každou skupinu a na hladině významnosti 0,05
testujte hypotézu, že doby přežití se v těchto skupinách neliší.




Kontingenční tabulka proměnných SMRT a STADIUM:



Výsledky porovnání přežívání ve více skupinách:


 Chí-kvadrát= 33,78385, sv =  3, p =  ,00000. Na hladině významnosti 0,05 tedy zamítáme hypotézu,
že doby přežití se v daných čtyřech skupinách pacientek neliší.


Samostatný úkol: Proveďte porovnání přežívání ve skupinách pacientek rozdělených podle ostatních
nominálních proměnných, např. podle proměnné STRANA, CHT apod.