BIOINFORMATIKA V PRAXI – CVIČENÍ 1


                                       KDE, CO A JAK NAJÍT?

                                        Textové vyhledávání



VYMEZENÍ PŘEDMĚTU

C2135             Bioinformatika v praxi          - základní kurz

                                                                       - napodobení práce na
reálném projektu

                                                                       - propojení práce na
počítači s laboratorní

                                                                       - cesta od genu k proteinu


STUDIJNÍ MATERIÁLY

Studijní materiály předmětu C2130 Úvod do chemoinformatiky a bioinformatiky, přednáška Molekulárně
biologické databáze.


KDE NAJÍT (BIO)INFORMACE?

Kde začít hledat a (pokud možno) najít informace nezbytné pro VÝZKUMNÝ PROJEKT, BAKALÁŘSKOU PRÁCI,
ODBORNÝ ČLÁNEK atd.?


PŘÍKLAD 1

Zadání bakalářské práce:     Neobvyklé funkce GAPDH

Kde najít relevantní informace?


- Odborná literatura (Ústřední knihovna PřF, Knihovna univerzitního kampusu MU)

- Internetový vyhledávač a „divoká“ data         -          čím odbornější dotaz, tím kvalitnější
                                                                                odpověď


- Wikipedia a problémy s ní spojené (spolehlivost, citování)

- Studijní materiály

- Závěrečné práce

- Komerční stránky (Velký lékařský slovník On-line, Sigma-Aldrich, New England Biolabs,
               Wiley Online Library)


http://lekarske.slovniky.cz/

http://www.sigmaaldrich.com/life-science/your-favorite-gene-search.html

http://www.neb.com

http://onlinelibrary.wiley.com/


Kde najít informace o sekvenci genu či proteinu, vlastnostech, struktuře, substrátech,
inhibitorech? Þ Þ Þ DATABÁZE BIOLOGICKÝCH DAT


DATABÁZE BIOLOGICKÝCH DAT

- Co jsou biologická data?

- Proč vznikly databáze?

- Rozdělení databází

- Instituce pro správu bioinformatických dat (NCBI X EMBL-EBI X CIB)




NCBI (NÁRODNÍ CENTRUM PRO BIOTECHNOLOGICKÉ INFORMACE)

- Uživatelsky příjemnější vyhledávač – ENTREZ

- Množství databází

- PubMed

- Online knihy


PŘÍKLAD 2

Zadání bakalářské práce:     Identifikace a predikce vlastností potenciálních lektinů z patogenů


 Vyhledání informací na NCBI pomocí vyhledávače ENTREZ. Zaměření na TEXTOVÉ vyhledávání.


Redukce výsledků        -          review

-                     klíčová slova

-                     vedoucí

-          limitace na abstrakt, nadpis...


ÚKOL 1

Vyhledání vhodných podkladů pro zpracování projektu na zadané téma.

Určení klíčových slov, určení klíčových slov anglicky, vyhledání článků na NCBI.


ÚKOL 2

MY NCBI – registrace a vytvoření „ALERTŮ“ (upozornění).


DOMÁCÍ ÚKOL (dobrovolný, spojený se soutěží o ceny)

EMBL-EBI (EVROPSKÝ INSTITUT PRO BIOINFORMATIKU)

- Vyhledávač SRS

- Training Þ Training online

- EBI kurz

- Vyplnění dotazníku o EBI


Zvládne Jodie tento úkol? Pomůže jí Jan Tleskač? Nebo bude stačit Wikipedia? Chcete vědět víc?
http://www.ebi.ac.uk/inc/help/search_help.html












DOMÁCÍ ÚKOL (dobrovolný, bez cen ale důležitý)

ÚSTŘEDNÍ KNIHOVNA PŘÍRODOVĚDECKÉ FAKULTY

- Informační zdroje

- Elektronické zdroje