Program CHIMERA
http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/
Chimera
Přednastavená zobrazení (Presets)
Přednastavená zobrazení (Presets)
Základní nabídky
Základní nabídky
Základní nabídky
Základní nabídky
Základní nabídky
Základní nabídky
Načtení molekuly
File → Open
Editace molekuly
Tools → Structure editing
➔ Doplnění vodíků
➔ Dopočítání nábojů u atomů
➔ Příprava vstupu pro program Dock
➔ Minimalizace struktury
➔ Přidání iontů
➔ Solvatace molekuly
➔ Tvorba DMS souboru
➔ Modelování smyček
Analýza struktury
Tools → Structure analysis
➔ Nalezení vodíkových vazeb
➔ Nalezení překryvů atomů
➔ Měření vzdáleností, úhlů, dihedrálních úhlů
➔ Přidání nábojů
Zobrazení výsedků programu Dock
Tools → Structure/Binding analysis
➔ Načtení receptoru přes File → Open
➔ Načtení výsledků dokování Tools →
Structure/Binding analysis → ViewDock
Grafické výstupy
● Movie přes příkazy v souboru
● Obrázky přes File → Save Image
● Nastavení rozlišení, kvality renderování
● Výstup do png souboru
● Pro kvalitní renderování je třeba zapnout Povray