Grafická reprezentace
modelů molekul - VMD
VMD
= Visual Molecular Dynamics
Platformy: LINUX, IRIX (SGI), Windows, MAC …
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
VMD
Náhled programu
Menu a příkazy
Načtení molekuly
dimethylfosfát
Grafická reprezentace
Další modely…
Popisy atomů,
měření geometrie
Změna barev
Export (uložení) obrázku
Zobrazení proteinu
Páteř proteinu
Sekundární struktury
Povrch proteinu
Povrch proteinu
Povrchy (surfaces)
vdW povrch
obal založený na vdW
poloměrech atomů
Connolyho povrch
povrch molekuly, který je přístupný
sondě o urč. poloměru
Povrch přístupný solventu
= Solvent Accessible
Surface Area (SASA)
obal molekuly, který je přístupný
středu sondy o urč. poloměru
sonda
Srovnání povrchů
vdW Connolly SASA
Modely vybraných částí…
Human telomere…
Cvičení…