BIOINFORMATIKA V PRAXI – CVIČENÍ 7


                                   PREDIKCE VLASTNOSTÍ PROTEINŮ

                       ZÁKLADNÍ FYZIKÁLNĚ-CHEMICKÁ CHARAKTERISTIKA PROTEINŮ



STUDIJNÍ MATERIÁLY

The ExPASy (Expert Protein Analysis System) proteomics server of the Swiss Institute
of Bioinformatics (SIB), http://www.expasy.org/.


ÚKOL 1

Pomocí programu ProtParam určete základní fyzikálně-chemické parametry následujícího proteinu:


AQQGVFTLPARINFGVTVLVNSAATQHVEIFVDNEPRAAFSGVGTGDNNLGTKVINSGSGNVRVQITANGRQSDLVSSQLVLANKLNLAVVGSEDGTDM
DYNDSIVILNWPLG


ÚKOL 2

Porovnejte extinkční koeficient u následujících proteinů:


Protein 1

PTEFLYTSKIAAISWAATGGRQQRVYFQDLNGKIREAQRGGDNPWTGGSSQNVIGEAKLFSPLAAVTWKSAQGIQIRVYCVNKDNILSEFVYDGSKWIT
GQLGSVGVKVGSNSKLAALQWGGSESAPPNIRVYYQKSNGSGSSIHEYVWSGKWTAGASFGSTVPGTGIGATAIGPGRLRIYYQATDNKIREHCWDSNS
WYVGGFSASASAGVSIAAISWGSTPNIRVYWQKGREELYEAAYGGSWNTPGQIKDASRPTPSLPDTFIAANSSGNIDISVFFQASGVSLQQWQWISGKG
WSIGAVVPTGTPAGW


Protein 2

PLLSASIVSAPVVTSETFVDIPGLFLDVAKAGIRDGKLQVILNVPTPFATGNNFPGIFFAIATNQGVVADGCFTFSSKVPESTGRMPFTLVATIDVGSG
VTFVKGQAKSVRGSAMHIDSFASLSAIAGTAAPSSQGSGNQGAETGGTGAGNIGGGGERDGTFNLPPHIKFGVTALTHAANDQTIDIFIDDDPKPAATF
KGAGAQDQNLGTKVLDSGNGRVRVIVMANGRPSRLGSRQVDIFKKSFFGIIGSEDGADDDFNDGIVFLNAPLG


ÚKOL 3

Porovnejte in vivo „životnost“ následujících proteinů:


Protein 1

RADSQTSSNRAGEKFSIPPNKTDFRAIFFANAAEQQHIKLFIGDSQEPAAYHKLTTRDGPREATLNSGNGKIRFEVSVNKGKPSATDARLAPINGKKSD
GSPFTVNKFGIVVSEDKGHDSKDYNDGIVVLKQWPIGK


Protein 2

MRADSQTSSNRAGEKFSIPPNKTDFRAIFFANAAEQQHIKLFIGDSQEPAAYHKLTTRDGPREATLNSGNGKIRFEVSVNKGKPSATDARLAPINGKKS
DGSPFTVNKFGIVVSEDKGHDSKDYNDGIVVLKQWPIGK







ÚKOL 4

Porovnejte stabilitu následujících proteinů:


Protein 1

LVIVDAVTLLSAYPEASRDPAAPTVIDGRHLYVVSPGDAAQLGHNDSRLFTGLSPGDQLHLRETALALRAEVSVLFIRFALKDAGIVAPIELEVRDAAT
AVPDADDLLHPSCRPLKDHYWRSDVLAAGATTCTADFAVCDRDGTVSGYFRWETSIEIAGSQPDTKQPGFKPSS


Protein 2

DRNGNFSLPPNTAFKAIFYANAADRQDLKLFIDDAPEPAATFVGNSEDGVRLFTLNSKGGKIRIEASANGRQSATDARLAPLSAGDTVWLGWLGAEDGA
DADYNDGIVILQWPIT


ÚKOL 5:

Porovnejte „aliphatic index“ a parametr „GRAVY“ u následujících proteinů:


Protein 1
MEINGLTWGLTIALIVGLLAFDYFAHVRKAHTPTIKEAAVWSGVYVGLALVFGLVFFAFGDTQHAVEYYTGYLLEKALSVDNLFVFLVIMASFRVPREY
QQKVLLFGITFALISRTLFILLGAAVIAAWSDVFYLFGLFLLIIAGGQLKGEMSGDAEGAQDEADNVMVRLVKRFLPASDQFDGERLFTTVDGKRLMTP
MLLVMIAIGATDILFAFDSIPAIFGVTQEAYIVFTATAFSLMGLRQLYFLIDGLLDRLVYLAYGLSALLAFIGVKLILHALHENNLPFINGGENVPVAE
IPTNLSLVVVVVILAITVLVSLYSPKGQALRALQNAEKYSYRYSKLAEDADPAERERAAALMDRWTARAEALDQRWRDQLLEHKDAWSAIIRTAHETRF
ADPRDDDARGVSEQIVRQDGPTV


Protein 2

MTKYALVGDVGGTNARLALCDIASGEISQAKTYSGLDYPSLEAVVRVYLDEHGVSVEDGCIAIACPITGDWVAMTNHTWAFSIAEMKKNLGFSHLEIIN
DFTAVSMAIPMLKKEHLIQFGGGEPVDGKPIAVYGAGTGLGVAHLVHVDKRWISLPGEGGHVDFAPNSEEEAMILEILRAEIGHVSAERVLSGPGLVNL
YRAIVKSDNRLPENLRPKDITERALADSCIDCRRALSLFCVIMGRFGGDLALTMGTFGGVYIAGGIVPRFLEFFKASGFRGGFEDKGRFKDYVHGIPVY
LIVHDNPGLLGSGAHLRQTLGHIL


ÚKOL 6:

Pomocí programu ProtParam určete základní fyzikálně-chemické parametry následujícího proteinu:

ATGCTGGTGATTGTGGATGCCGTTACCCTGCTGAGCGCCTATCCGGAAGCCAGCCGTGATCCGGCCGCCCCGACCGTGATTGATGGTCGCCACCTGTAT
GTTGTTAGCCCGGGCGATGCCGCGCAGCTGGGCCATAACGATAGCCGTCTGTTTACCGGTCTGAGCCCGGGTGATCAGCTGCATCTGCGCGAAACCGCG
CTGGCGCTGCGCGCGGAAGTGAGCGTGCTGTTTATTCGCTTTGCCCTGAAAGATGCCGGCATTGTTGCCCCGATCGAACTGGAAGTGCGTGATGCCGCC
ACCGCCGTTCCGGATGCGGATGATCTGCTGCATCCGAGCTGTCGTCCGCTGAAAGATCATTATTGGCGCAGCGATGTGCTGGCGGCGGGCGCGACCACC
TGTACCGCCGATTTTGCGGTGTGCGATCGTGATGGCACCGTGAGCGGTTATTTTCGTTGGGAAACCAGCATTGAAATTGCGGGCAGCCAGCCGGATACC
AAACAGCCGGGCTTTAAACCGAGCAGCGATCGCAATGGCAACTTTAGCCTGCCGCCGAATACCGCCTTTAAAGCGATCTTCTATGCGAACGCGGCGGAT
CGTCAGGATCTGAAACTGTTTATTGATGATGCGCCGGAACCGGCCGCCACCTTTGTGGGTAACAGCGAAGATGGTGTGCGTCTGTTTACCCTGAATAGC
AAAGGTGGTAAAATTCGTATTGAAGCGAGCGCGAACGGCCGTCAGAGCGCGACCGATGCCCGTCTGGCGCCGCTGAGCGCGGGCGATACCGTGTGGCTG
GGCTGGCTGGGCGCGGAAGATGGTGCCGATGCGGATTATAATGATGGCATTGTTATTCTGCAGTGGCCGATTACCTAA

SAMOSTATNÝ PROJEKT
Pomocí programu ProtParam určete u vašeho proteinu základní fyzikálně-chemické parametry.