Terciární struktura proteinů
RTG krystalografie – exkurze
Aplikovaná bioinformatika, Jaro 2013
Krystaly Difrakční experiment
DifrakceElektronová hustotaStruktura
Jak se získávají proteinové krystaly?
Těžko. A pomalu…
Komerční kity na krystalizaci
proteinů
Komerční kity na krystalizaci proteinů
Jedna jamka na misce = jedna krystalizační
podmínka. Po vyzkoušení několika stovek
(tisíců) podmínek možná získáte proteinový
krystal…
Tak pipetu do ruky a jdeme na to!
…nebo použijete pipetovací roboty…
Roboti jsou rychlí
a zvládají PŘESNĚ
pipetovat i velmi
malé objemy.
Jednorázové „nanopipety“
na nanolitry…
Úryvky z manuálu ke krystalizačnímu kitu.
European Synchrotron Radiation Facility
Grenoble, France
http://www.esrf.eu/
Neutrony získávají štěpením uranu. Jinými slovy, mají tam jaderný reaktor
(reaktorek). Skoro nikdo o tom neví (vedle synchrotronu to vypadá nenápadně) a
nikdo tam neprotestuje…
844 m
Celý synchrotron je jeden velký
přístroj.
Krystaly si přinesete
zamrazené v tekutém dusíku.
Vlastní měření se řídí a
kontroluje dálkově.
BESSY II
Berliner ElektronenspeicherringGesellschaft
für Synchrotronstrahlung
http://www.helmholtz-berlin.de/
Po osmnácti hodinách
měření…
Měření na synchrotronu probíhá
nepřetržitě. Zájemců je MNOHO
a den má bohužel jen 24 hodin.
Nepustí tam každého,
musíte být proškoleni
a schváleni.