13.5.2013 1 Seminář k bakalářské práciSeminář k bakalářské práci II • Seminář připraví studenty biochemických bakalářských oborů ke zpracování bakalářské práce. • Seznámení s biochemickými informačními zdroji, zásadami přípravy a prezentace odborných publikací, vědeckovýzkumnou problematikou řešenou na Ústavu biochemie. Doc. RNDr. Petr Skládal, CSc. skladal@chemi.muni.cz A5/219, tel. 5 4949 7010 Čím se budeme zabývat …Čím se budeme zabývat … • Úvod do semináře • Seznámení s Ústavem biochemie PřF MU – stručná historie – struktura – řešená výzkumná problematika • Zásady práce na ústavu – organizační pokyny • Bezpečnost práce • Požární ochrana 13.5.2013 2 Čím se budeme zabývat …Čím se budeme zabývat … • Informační zdroje – pro biochemiky obecně a konkrétně na univerzitě – jak získávat materiál pro literární rešerše, jejich provádění. – ukázky - Web of Science, Scopus, Chemical Abstracts, Science Direct, ACS, SpringerLink. – vlastní minirešeršní projekt • Stručné základy bioinformatiky. – biochemické databáze – zobrazování a studium sekvenčních a strukturních dat – procvičení na konkrétních příkladech PrezentacePrezentace • Zásady sepisování vědeckých publikací – bakalářské a diplomové práce – články do odborných časopisů – odborné a formální požadavky – technické aspekty, praktické zkušenosti • Příprava a realizace prezentací – obecné zásady – zaměření na vědecké výsledky 13.5.2013 3 TémataTémata bakbak. prací. prací • Prezentace nabídek od potenciálních školitelů • Informace pracovníků – Ústavu biochemie – Národního centra pro výzkum biomolekul – CEITEC MU, … – spolupracujících externích pracovišť • o výzkumném zaměření jednotlivých skupin, řešených projektech a možnostech zapojení v rámci samostatných projektů, bakalářských a diplomových prací. HistorieHistorie Ústavu biochemieÚstavu biochemie •• Ústav biochemie formálně vzniká roku 1950Ústav biochemie formálně vzniká roku 1950 areál na Kotlářské, 2 místnosti v pavilonu 9areál na Kotlářské, 2 místnosti v pavilonu 9 •• zakladatel Prof.zakladatel Prof. Vladimír MorávekVladimír Morávek aa PhMr.PhMr. RoháčkováRoháčková •• 19521952--3 postupně velká část pavilonu3 postupně velká část pavilonu •• 1952 přichází RNDr.1952 přichází RNDr. Ladislav SkurskýLadislav Skurský (absolvoval org. chemii u Prof. Hadáčka)(absolvoval org. chemii u Prof. Hadáčka) prvních 6 diplomantůprvních 6 diplomantů •• 1953 druhým asistentem prom. chemik1953 druhým asistentem prom. chemik (jeden z diplomantů)(jeden z diplomantů) Vladimír DadákVladimír Dadák •• 1954 přichází prom. chem.1954 přichází prom. chem. Lumír MacholánLumír Macholán (abs. organické chemie)(abs. organické chemie) •• Ústav biochemie součástí Katedry organickéÚstav biochemie součástí Katedry organické chemie a biochemiechemie a biochemie •• 1960 Katedra biochemie, vedoucí L. Skurský1960 Katedra biochemie, vedoucí L. Skurský Prof. RNDr. PhMr. Vladimír Morávek (1896-1992) 13.5.2013 4 Počátky výzkumu, V. DadákPočátky výzkumu, V. Dadák • Morávek - změny ve složení séra jako indikátor neoplasie (nutnost včasné diagnostiky pro úspěch terapie), registrace zákalových křivek, oscilografická polarografie, manometrie, Beckmanův spektrofotometr studium steroidů a zejm. cholesterolu • Macholán, Skurský - syntézy aminoketokyselin odvozených od ornithinu a lysinu, biogeneza alkaloidů (organochemická orientace) • Emil Paleček (diplomant) - oscilopolarografie nukleových kyselin • Dadák - mikrobiologické sledování přírodních antibiotik, separace obsahových látek rostlin, ostruthin (derivát kumarinu) - rozpojovač respirace a tvorby ATP, oxidační fosforylace • 1964 - dalším asistentem Petr Zbořil, fluorescenční metody, práce na Keilin Hartreeho preparátu (fragmenty srdečních mitochondrií) • 1970 - Ludmila Křivánková - lipidní chinony • 1974 - Vladimír Mikeš • zaveden výzkum bakterie Paracoccus denitrificans • 1973 V. Dadák vedoucí katedry, 1979 profesorem 13.5.2013 5 L. Macholán, L. SkurskýL. Macholán, L. Skurský • Macholán: příprava labilních ketoaminokyselin (ketoaminovalerová), vazby na chinazolinové alkaloidy • hydroxideriváty putrescinu a kadaverinu - studium enzymu diaminoxidasy (DAO) a zejména jejích inhibitorů • žák Pavel Peč - zakládá později Kat. biochemie na UPOL (1995) • 1975 - enzymové biosensory s kyslíkovým článkem, konduktometrické sensory s ureasou, použití tyrosinasy a DAO • 1991 profesorem • Skurský: kondenzační reakce vedoucí k heterocyklům, berberin • výzkum alkoholdehydrogenasy (ADH) přinesen od Theorella ze Stockholmu, zapojen Jan Kovář, Stanislav Pavelka • metodiky stanovení alkoholu s ADH • († 2011)† 2011) Nedávná doba…Nedávná doba… •• 1988 přichází Martin Mandl1988 přichází Martin Mandl •• 1990 vedoucí katedry P. Zbořil1990 vedoucí katedry P. Zbořil •• 1997 převzal vedení V. Mikeš1997 převzal vedení V. Mikeš •• 2005 přestěhování do kampusu v Bohunicích, dočasně v A2 a A42005 přestěhování do kampusu v Bohunicích, dočasně v A2 a A4 •• 2007 vlastní pavilon A5, vzniká Ústav biochemie, vedoucím M.2007 vlastní pavilon A5, vzniká Ústav biochemie, vedoucím M. Mandl, († V. Mikeš)Mandl, († V. Mikeš) •• 2010 expanze do pavilonu A15 (základní praktika, laboratoř doc.2010 expanze do pavilonu A15 (základní praktika, laboratoř doc. Šerého)Šerého) •• 20122012 účast na projektu CEITEC (účast na projektu CEITEC (GlatzGlatz, Skládal,, Skládal, WimmerováWimmerová)) 13.5.2013 6 Současný stavSoučasný stav •• Analytická biochemieAnalytická biochemie -- Z.Z. GlatzGlatz –– moderní separační metodymoderní separační metody –– vysokoúčinnávysokoúčinná kapalinová chromatografiekapalinová chromatografie a kapilárnía kapilární elektroforézáelektroforézá při kvalitativní apři kvalitativní a kvantitavníkvantitavní analýzeanalýze biologicky aktivních nízkomolekulárních i vysokomolekulárních látekbiologicky aktivních nízkomolekulárních i vysokomolekulárních látek (léčivé rostliny, klinická diagnostika, enzymy atd.).(léčivé rostliny, klinická diagnostika, enzymy atd.). •• Biochemické regulaceBiochemické regulace -- S. PavelkaS. Pavelka –– studium interference bromidu z životního prostředí s metabolismemstudium interference bromidu z životního prostředí s metabolismem jodu a hormonů štítné žlázy ve tkáních s použitím biochemických ajodu a hormonů štítné žlázy ve tkáních s použitím biochemických a radioanalytickýchradioanalytických metod.metod. •• Biochemie denitrifikačních bakteriíBiochemie denitrifikačních bakterií -- I. KučeraI. Kučera –– transport dusičnanu dotransport dusičnanu do denitrifikujícídenitrifikující buňky, redoxní složkybuňky, redoxní složky denitrifikační dráhy a kinetika elektronového transportu, regulacedenitrifikační dráhy a kinetika elektronového transportu, regulace exprese denitrifikačních genů faktory vnějšího prostředí.exprese denitrifikačních genů faktory vnějšího prostředí. •• BiosensoryBiosensory -- P. SkládalP. Skládal –– vývoj elektrochemických a piezoelektrickýchvývoj elektrochemických a piezoelektrických biosensorůbiosensorů, aplikace, aplikace enzymových elektrod aenzymových elektrod a imunosensorůimunosensorů v životním prostředí a klinickév životním prostředí a klinické oblasti, studium afinitních interakcí v reálném čase pomocíoblasti, studium afinitních interakcí v reálném čase pomocí biosensorůbiosensorů.. •• Environmentální biotechnologieEnvironmentální biotechnologie -- M. Mandl, O.M. Mandl, O. JaniczekJaniczek –– studium biostudium bio--oxidace železa a anorganických sirných látek na buněčnéoxidace železa a anorganických sirných látek na buněčné a enzymové úrovni ve vztahu k aktivitě sirných bakterií va enzymové úrovni ve vztahu k aktivitě sirných bakterií v biohydrometalurgiibiohydrometalurgii a ekologii.a ekologii. •• GlykobiochemieGlykobiochemie -- M.M. WimmerováWimmerová –– strukturněstrukturně--funkční studium proteinů podílejících se na výstavbě afunkční studium proteinů podílejících se na výstavbě a specifickém rozpoznávání biologicky aktivníchspecifickém rozpoznávání biologicky aktivních glykokonjugátůglykokonjugátů aa specifických interakcí mezi patogenem a hostitelem.specifických interakcí mezi patogenem a hostitelem. •• Molekulární fyziologieMolekulární fyziologie -- O. ŠerýO. Šerý –– DNA testování geneticky podmíněných chorob a DNA diagnostikaDNA testování geneticky podmíněných chorob a DNA diagnostika virových a bakteriálních chorob v lékařskévirových a bakteriálních chorob v lékařské •• Laboratoř neurobiologie a molekulární psychiatrieLaboratoř neurobiologie a molekulární psychiatrie •• Laboratoř DNA diagnostikyLaboratoř DNA diagnostiky •• Molekulární patologieMolekulární patologie -- T.T. KašparovskýKašparovský, J. Lochman, J. Lochman –– molekulární podstaty onemocnění a interakce mezi patogenem amolekulární podstaty onemocnění a interakce mezi patogenem a hostitelem, obranné mechanismy rostlin a aplikace v zemědělstvíhostitelem, obranné mechanismy rostlin a aplikace v zemědělství •• ProteomikaProteomika -- P. BouchalP. Bouchal –– aplikace vysokorozlišovacích metod komplexní analýzy proteinovéhoaplikace vysokorozlišovacích metod komplexní analýzy proteinového složení při studiu molekulárních procesů v oblastech bakteriálnísložení při studiu molekulárních procesů v oblastech bakteriální fyziologie a molekulární patologie.fyziologie a molekulární patologie. 13.5.2013 7 Studijní programyStudijní programy •• BakalářskéBakalářské –– Biochemie, obor BiochemieBiochemie, obor Biochemie –– Biochemie, oborBiochemie, obor ChemoinformatikaChemoinformatika aa bioinformatikabioinformatika (na NCBR)(na NCBR) –– Aplikovaná biochemie, obor Aplikovaná biochemieAplikovaná biochemie, obor Aplikovaná biochemie •• MagisterskéMagisterské –– Biochemie, obor Analytická biochemieBiochemie, obor Analytická biochemie –– Biochemie, obor BiochemieBiochemie, obor Biochemie –– Biochemie, oborBiochemie, obor BiomolekulárníBiomolekulární chemie (na NCBR)chemie (na NCBR) •• DoktorskéDoktorské –– Biochemie, obor BiochemieBiochemie, obor Biochemie –– Biochemie, oborBiochemie, obor BiomolekulárníBiomolekulární chemie (na NCBR)chemie (na NCBR) Webová stránka ústavuWebová stránka ústavu •• www.www.sci.muni.czsci.muni.cz –– položka Ústavypoložka Ústavy -- Ústav biochemieÚstav biochemie •• www.www.sci.muni.czsci.muni.cz//czcz/UBCH/UBCH •• orion.orion.chemi.muni.czchemi.muni.cz –– informace o studiu, formální požadavky na závěrečné práce a keinformace o studiu, formální požadavky na závěrečné práce a ke státním zkouškámstátním zkouškám vylepšení předmětu v rámci projektu OPVK:vylepšení předmětu v rámci projektu OPVK: • Inovace biochemických bakalářských programů Přírodovědecké fakulty Masarykovy univerzity pro potřeby moderní společnosti“ • reg. č. projektu CZ.1.07/2.2.00/15.0233 13.5.2013 8 Příště …Příště … • zásady práce na ústavu • stručné organizační pokyny • bezpečnost práce •• požární ochranapožární ochrana •• Účast nutnáÚčast nutná –– povinné školenípovinné školení