Projekt do Zpracování klinických dat Projekt do Zpracování klinických dat Silvie Kafková, Lenka Křivánková a Marie Levákova 19. června 2013, Brno 1 -00.0 Projekt do Zpracování klinických dat Obsah O Úprava datového souboru Q Popisné charakteristiky datového souboru Q Analýza přežití Q Testování hypotéz Q Riziková funkce Q Coxův model Projekt do Zpracování klinických dat Úprava datového souboru Obsah Q Úprava datového souboru Q Popisné charakteristiky datového souboru Q Analýza přežití Q Testování hypotéz Q Riziková funkce Q Coxův model Projekt do Zpracování klinických dat Úprava datového souboru Úprava datového souboru • nesprávné a nesmyslné hodnoty (např.: 12.3.2010?, 4.2011, V.2010, x-poznámka) • nové proměnné: • OS - doba sledování • smrt - zda pacient zemřel, či žije • DFS - doba od zahájení léčby do výskytu progrese nebo relapsu • kategorizace: • diagnózy • věku • Kl - Karnofského index (<70 a 70 a víc, <80 a 80 a víc): hodnotí celkový stav pacienta, 100 je "perfektní" zdraví a 0 je smrt • GTV - Gross Tumor Volume (<10 a 10 a víc) Projekt do Zpracování klinických dat Obsah Q Úprava datového souboru Q Popisné charakteristiky datového souboru Q Analýza přežití Q Testování hypotéz Q Riziková funkce Q Coxův model Projekt do Zpracování klinických dat Popisné charakteristiky datového soubi Tabulky Četností - pohlaví, diagnóza, lokalizace tumoru Kateqorie Tabulka četností:Pohlaví (tumory_mozku-upraveny.sta v PS 1) Četnost Re I. čet no st ž: žena 53 52,48 m: muž 48 47,52 Kateqorie Tabulka čet n ostí: Diagnóza kategorie (tumory_mozku-upraveny.sta v PS 1) Četnost Re I. četnost meninqeom 48 47,52 HG gliom 26 25,74 LG qliom 10 9,90 ostatní 17 16,83 Kateqorie Tabulka četností:Lokalizace tumoru (tumory_mozku-upraveny.sta v PS 1) Četnost Rel.četnost 1 supratentoriálně 74 73,26733 2 infratentoriálně 22 21,78218 3 obojí 5 4,95050 1 -o^o Projekt do Zpracování klinických dat Popisné charakteristiky datového souboru Tabulky Četností - rádioterapie, věk, GVT, lokální odpověď Kateqorie Tabulka četností:RT mozku v primární léčbě (tumory_mozku-upraveny.s Četnost Rel.četnost stereotaktická rádioterapie 71 70,30 radiochirurqie 23 22,77 modifikovaná radiochirurqie 2 1,98 nebyla 5 4,95 Kateqorie Tabulka četností:Kategorizovaný věk (tumory_mozku-upraveny.sta v PS 1) Četnost Rel.četnost do 50 let 43 42,57 50 let a více 58 57,43 Kateqorie Tabulka četností:GTV kateqorizovaný (tumory_mozku-upraveny.sta v PS 1) Četnost Rel.četnost pod 10 72 71,29 10 a více 29 28,71 Kateqorie Tabulka četností:Lokální odpověď (tumory_mozku-upraveny.sta v PS 1) Četnost Rel.četnost SD 69 75,00 PD 12 13,04 PR 10 10,87 CR 1 1,09 1 -o^o Projekt do Zpracování klinických dat Popisné charakteristiky datového souboru Tabulky Četností - Karnofského index Tabulka četností:Karnofsky index (tumory_mozku-upraveny.sta v PS 1) Kateqorie Četnost Rel. četnost 40 1 0,99 60 5 4,95 70 16 15,84 80 43 42,57 90 31 30,69 100 5 4,95 Kateqorie Tabulka četností:KI kateqorizovaný 1 (tumory_mozku-upraveny.sta v PS 1) Četnost Rel.četnost pod 70 6 5,94 70 a více 95 94,06 Kateqorie Tabulka četností:KI kateqorizovaný 2 (tumory_mozku-upraveny.sta v PS 1) Četnost Rel.četnost pod 80 22 21,78 80 a více 79 78,22 1 -o^o Projekt do Zpracování klinických dat Popisné charakteristiky datového soubi Popisné charakteristiky - počty • počet pacientů se SRS a SRT......... 24 a 76 • počet pacientů s předchozí RT......... 37 a počet zemřelých a žijících pacientů ... 34 a 67 • počet pacientů, u nichž se vyskytla/nevyskytla lokáln progrese či relaps..................... 38 a 63 Projekt do Zpracování klinických dat Popisné charakteristiky datového soubi Popisné charakteristiky doby sledování a doby výskytu lokální progrese či lokálního relapsu Proměnná Popisné statistiky (tumory_mozku-upraveny.sta v PS) N platných Průměr Medián Minimum Maximum Sm.odch. OS 101 811,7624 631,0000 2,000000 2518,000 623,8354 Proměnná Popisné statistiky (tumory_mozku-upraveny.sta v PS) Vyloučit podmínku: v32=0 N platných Průměr Medián Minimum Maximum Sm.odch. DFS 38 344,1316 194,5000 42,00000 2149,000 423,4751 < □ ► - Gehanův -Wilcoxonův test Projekt do Zpracování klinických dat Testování hypotéz Testování hypotéz - GTV pod 10 x GTV nad 10 H0: funkce přežití je stejná u pacientů s GTV pod 10 jako u pacientů s GTV nad 10 H-i: funkce přežití není stejná u pacientů s GTV pod 10 jako u pacientů s GTV nad 10 Čas přežíván Gehanův Wilcoxonův test (tumory mozku-upraveny.sta v PS) WW = -696,0 Sčt = 1729E2 Prom =35752, Test. Statist. = -3,67830 p = ,00023 Skupina R1 R2 2,0000+ 10 a více 1,00000 1,00000 Gehanův -Wilcoxonův test Projekt do Zpracování klinických dat Testování hypotéz Testování hypotéz - pacienti kategorizovaní podle Diagnózy H0: funkce přežití jsou stejné ve všech sledovaných skupinách H-i: existuje aspoň jedna dvojice rozdílných funkcí přežití ivní podíl přežívajících (Kaplan-Meiec) > Ukončené -i 1 \ * -H-H . ____ř -h 1500 2000 - HG gliom " meningeom 2 test X Test, statist. = 25,24549 p-hodnota = 0,00001 ■0 0.0 Projekt do Zpracování klinických dat Riziková funkce Obsah Q Úprava datového souboru Q Popisné charakteristiky datového souboru Q Analýza přežití Q Testování hypotéz Riziková funkce Q Coxův model Projekt do Zpracování klinických dat Riziková tunkce Definice rizikové funkce Riziková funkce • je intenzita pravděpodobnosti úmrtí, • t.j. pravděpodobnost, že jedinec nepřežije krátký časový interval At za předpokladu, že přežil čas t. h(t) lim Aŕ^0+ P(ŕ +Aŕ|ŕ) Projekt do Zpracování klinických dat Riziková tunkce Odhad rizikové funkce 2500 3000 doba od zahájení léčby (ve dnech) 1 -O^O Projekt do Zpracování klinických dat Riziková tunkce Projekt do Zpracování klinických dat Coxův model Obsah Q Úprava datového souboru Q Popisné charakteristiky datového souboru Q Analýza přežití Q Testování hypotéz Q Riziková funkce Q Coxův model Projekt do Zpracování klinických dat Coxův model Coxův regresní model Parametrické odhady (tumory_mozku-upraveny.sta v projekt_2013.stw) Úroveň efektů Parametrický odhad Standardní chyba Chí-kvadrát p-hodnota 95% dolní mez IS 95% horní mez IS Poměr rizik Věk pacienta 0,05668 0,014054 16,26630 0,000055 0,02914 0,08423 1,05832 GTV kategorizovaný 10 a více 1,12317 0,364106 9,51567 0,002037 0,40954 1,83681 3,07460 Kl kategorizovaný 1 pod 70 2,66876 0,673027 15,72368 0,000073 1,34965 3,98787 14,42206 Diagnóza kategorie LG gliom -1,01340 0,779054 1,69209 0,193326 -2,54031 0,51352 0,36298 Diagnóza kategorie meningeom -3,42070 0,600934 32,40237 0,000000 -4,59851 -2,24289 0,03269 Diagnóza kategorie ostatní -2,08904 0,530308 15,51797 0,000082 -3,12842 -1,04965 0,12381 1 -o^o Projekt do Zpracování klinických dat Coxův model Děkujeme za pozornost.