Analýza přežití v lékařském datovém souboru
Načtěte do STATISTIKY datový soubor nadory_zaludku_upraveny_sta.
1. Najděte Kaplanův-Meierův odhad funkce přežití pro všechny pacienty, nakreslete graf a
vypočtěte medián doby přežití.
2. Najděte Kaplanovy-Meierovy odhady funkce přežití pro dvě skupiny pacientů rozlišených
podle nižšího a vyššího stadia (stadium 1 a 2 považujeme za nižší, stadium 3 a 4 za vyšší) a
nakreslete jejich grafy. Pro obě skupiny vypočtěte medián doby přežití. Vytvořte kontingenční
tabulku zachycující rozdělení úmrtí podle nižšího a vyššího stadia. Zjistěte, kolik procent
pacientů s nižším resp. vyšším stadiem zemřelo. Na hladině významnosti 0,05 testujte
hypotézu, že přežívání v těchto dvou skupinách se neliší.
3. Stejné úkoly jako v bodě 2 proveďte pro dvě skupiny pacientů rozlišených podle gradingu.
4. Stejné úkoly jako v bodě 2 proveďte pro dvě skupiny pacientů rozlišených podle relapsu.
5. Najděte Kaplanovy-Meierovy odhady funkce přežití pro 4 skupiny pacientů rozlišených
podle proměnné N (nodus) a nakreslete jejich grafy. Na hladině významnosti 0,05 testujte
hypotézu, že přežívání v těchto čtyřech skupinách se neliší. Zamítnete-li nulovou hypotézu,
zjistěte, které dvojice skupin pacientů se liší na hladině významnosti 0,05. Návod: při
provádění dvouvýběrových testů použijte Bonferroniho korekci, tzn., že hladinu významnosti
0,05 podělíte počtem porovnávaných skupin (v tomto případě 6
2
4
=





) a p-hodnotu
porovnáváte s 0,05/6.
6. Ze stránky http://www.math.muni.cz/veda-a-vyzkum/vyvijeny-software/274-matlabtoolbox.html
stáhněte balík kerns i nápovědu k němu. Pomocí funkce kshazard.m nakreslete
Kaplanův-Meierův odhad funkce přežití pro všechny pacienty (eventuálně pro vybrané
skupiny pacientů, jak jsou specifikovány v úkolech 2 – 5) a porovnejte tento graf s grafem
vytvořeným v systému STATISTICA.
7. Pomocí funkce kshazard.m nakreslete odhad rizikové funkce s různými typy jader a
různými šířkami vyhlazovacího okna pro všechny pacienty (eventuálně pro vybrané skupiny
pacientů, jak jsou specifikovány v úkolech 2 – 5) a pokuste se o interpretaci.