Ekotoxikologie mikroorganismů

Organizační pokyny

Výuka předmětu probíhá blokově a to 29.4., 30.4., 5.5., 6.5. a 7.5., vždy od 12 do 15 hod v RCX1 v Centru pro výzkum toxických látek v prostředí, Kamenice 5, 3. patro.

Příslušná část osnovy obsahující podklady k přednáškám (PDF prezentací) bude přístupná vždy vtýdnu, kdy probíhá výuka.

Osnova kurzu

          

Konzultační hodiny

1) Úvod

  • o čem je ekotoxikologie – definice, koncepce a přístupy, interakce toxikantů s biologickými systémy, křivka dávka odpověď
  • mikroorganismy (připomenutí) – definice MO, evoluce, hlavní vlastnosti, metabolismus ...
  • mikroorganismy v ŽP – význam a výskyt, příbuzné obory – ekologie MO a environmentální mikrobiologie
  • ekotoxikologie MO jako obor – definice předmětu studia, vztahy k jiným disciplínám, specifika – důvody použití, význam a použitelnost, koncepční přístupy, škála standardizovaných metod ISO, OECD ...

2) MO a toxické látky

  • biodostupnost toxických látek pro MO v prostředí  - koncepce biodostupnosti, biodostupnost kovů a organických kontaminantů pro MO
  • vstup toxických látek do MO a povrchové bariéry - cytoplazmatická membrána, buněčná stěna, transportní mechanismy
  • interakce toxikantů s mikrobiálními buňkami, obrana MO proti toxikantům, toxicita, biodegradace polutantů - kovy, organické polutanty, další polutanty

3) Odběry MO

  • ze vzorků různých prostředí pro účely analýzy MO

4) Sledované parametry mikrobiální ekotoxikologie a působení toxických látek na ně 

  • členění a přehled metod
  • kvantifikace mikroorganismů v ekotoxikologii: mikroskopické techniky, barvení; izolační a kultivační techniky, možnosti a limitace; mikrobiální biomasa, definice, metodika, interpretace; růst mikroorganismů, kinetika, vztah s degradací
  • aktivity mikroorganismů v ekotoxikologii: biogeochemické cykly, závažnost mikrobiálních aktivit – důsledky jejich ovlivnění toxickými látkami
  • procesy spojené s cyklem uhlíku, mineralizace, respirace, metodika, standardní test půdní mikrobiologie, růstová kinetika sledovaná pomocí respirace, příklady
  • procesy spojené s cyklem dusíku, fixace dusíku, amonifikace, nitrifikace a celková mineralizace dusíku, denitrifikace, metody a příklady
  • enzymatické aktivity, dehydrogenázová aktivita, využití v jednoduchých testech
  • bioluminiscence mikroorganismů jako endpoint v ekotoxikologii, ATP a jeho využití v ekotoxikologii, anaerobní aktivity mikroorganismů
  • diverzita mikroorganismů a její použití v ekotoxikologii: diverzita mikroorganismů, význam, kontext se stavem ekosystému; mikrobiální společenstva, evoluční strategie, vztahy k jiným organismům – symbiózy, mykorhiza
  • genetické a molekulární techniky, extrakce NA ze vzorků prostředí, amplifikace s PCR, genové próby, jednotlivé metody (ARDRA, RFLP, DGGE apod.) – principy a využití
  • analýza PLFA, principy, interpretace, příklady
  • funkční diverzita, metoda Biolog, postupy, koncepce a interpretace, příklady
     

5) Hodnocení reálných společenstev mikroorganismů v prostředí

  • specifika z pohledu ekotoxikologie
  • půda
  • voda

6) Bioremediace

 

  
  • každé pondělí 10:00 - 12:00 nebo individuálně po e-mailové domluvě 

Kontakt na vyučujícího

Doc. RNDr. Jakub Hofman, Ph.D.

Centrum pro výzkum toxických látek v prostředí

Hlavní formou výuky je přednáška doprovázená prezentací v MS Powerpoint (ve studijní osnově převedeny do PDF). Koncepce přednášení klade větší důraz na porozumění principům, zákonitostem a souvislostem než na prosté memorování faktů. Studenti jsou dotazováni na aktuálně probírané téma, případně jsou prováděny malé ověřovací testy. Studenti jsou podporováni, aby sami kladli dotazy a byli v interakci s vyučujícím. Forma výuky je oživena e-learningovou podobou kurzu v is.muni.cz. K vybraným tématům je provedena diskuse se studenty.

Návštěva přednášek není povinná, ale silně doporučená pro porozumnění probíraným tématům. Během výuky jsou studenti ústně dotazování na již probrané učivo. Závěrečné hodnocení (na konci semestru) je provedno formou písemné zkoušky. Nejedná se o test jedné volby, ale o 50 otázek, z nichž řada vyžaduje popis, vysvětlení či schéma dotazovaného problému. Celkový součet bodů je 100%. K úspěšnému zvládnutí je potřeba dosáhnout alespoň 20%.

Lze silně doporučit paralelní zapsání laboratorních cvičení ke kurzu - Bi6420c.

K využití je také diskusní forum kurzu:

Diskusní fórum předmětu PřF:Bi6420
Předchozí
Následující