PyMol CheatSheet!
!
Rozhraní!
Externí rozhraní!
!
Interní rozhraní s prohlížečem!
A (action) ! - akce!
S (show) ! - zobraz!
H (hide) ! - skryj!
L (label) ! - popiš!
C (color) ! - barva!
Práce s myší!
Levé tlačítko ! - rotace!
Kolečko ! ! - posun!
Pravé tlačítko! - přiblížení
Otvírání souborů!
load <soubor> [, <název objektu>]
Příklady:!
load 3rfm.pdb, koefein
load caffeine.pse
!
Získání PDB z Protein Databank!
fetch <čtyřmístný kód>
Příklad:!
fetch 3rfm
!
Výraz výběr (v.v., selection-expression)!
! ! Klíč. slovo! Zkr.! Příklad! !
Index! ! id ? id 2257!
Symbol! symbol ? e. ? symbol C!
Název! ! name ? n. ? name CA
Název res.! resn ? r. ? resn GLY
Index residua! resi ? i. ? resi 10!
Řetězec! chain ? c. ? chain A
Sek. struktura!ss ss H+S+L+””
Všechno! all *! !
Nic! ! none!
Vodíky!! hydro h.
Heteroatomy! hetatm het !
A zároveň! and & e. C & n. CA!
Nebo! ! or | e. N | e. O
Spojování + e. N+O!
Negace! not ! ! resn HIS!
V! ! in h. in het!
V okolí!! ? around X r. CFF around 5
!
Základní příkazy! ! ! ! ! !
Přiblížení! !
zoom <objekt nebo výraz výběru>
Příklady:! !
zoom *
zoom chain A
zoom r. CFF
!Vytvoření výběru!
select <výraz výběru>
select <název>, <výraz výběru>
Příklady:!
select e. C
select kofein, r. CFF
Zobrazení! show! ! Skrytí! ! hide!
show <reprezentace>[, <objekt nebo výraz výběru>]
hide <reprezentace>[, <objekt nebo výraz výběru>]
Reprezentace: lines, sticks, cartoon,
ribbon, dots, spheres, surface, mesh!
Příklad:! hide lines; show cartoon
!Vytváření a mazaní!
create <název>, <v.v.> # vytv. nový obj.
extract <název>, <v.v.> # extr. do n. obj.
delete <objekt> # smaže celý objekt
remove <výraz výběru> # smaže výběr
!Barvy
color <barva>[, <objekt nebo výraz v.>]
bg_color <barva>
!Vodíky!
h_add [<objekt nebo výraz výběru>]
!Počet atomů!
count_atoms [<objekt nebo výraz výběru>]
!Tvorba obrázku!
ray [<šířka>, <výška>]
png <název souboru>
!Nastavení!
set <parametr>, <hodnota>[, <obj. | v. v.>]
Příklady:!
set valence, 1 # Zobraz dvoj. vazby.
set internal_gui, 0 # Skryj panel s obj.
!Nápověda!
help [<téma nebo příkaz>]
Příklady:!
help selection help set
!Ukládání!
save <název>.<typ> [, <obj. | v. v.>]
Typ: pdb (struktura), pse (prac. plocha), png
!Reinicializace !
reinit!
!Popisky!
label <výraz výběru>, <výraz>
Příklad:! label r. CFF, ID!
!
Autor: !Stanislav Geidl 

! (standag@chemi.muni.cz)
Hlavní menu
Textový výstup
Příkazová řádka
Příkazová řádka
Panel 

s objekty
Sekvence
Copyright © 2013 NCBR | http://ncbr.muni.cz/chemoinformatics/
Všechny aminokyseliny zde uvedené jsou v L- konfiguraci
alanin - A (ALA) arginin - R (ARG) asparagin - N (ASN) asparagová k. - D (ASP) cystein - C (CYS)
fenylalanin - F (PHE) glutamin - Q (GLN) glutamová k. - E (GLU) glycin - G (GLY) histidin - H (HIS)
isoleucin - I (ILE) leucin - L (LEU) lysin - K (LYS) methionin - M (MET) prolin - P (PRO)
serin - S (SER) threonin - T (THR) tryptofan - W (TRP) tyrosin - Y (TYR) valin - V (VAL)